青海省6種裂腹魚COI基因作為DNA條形碼的適用性初探
發(fā)布時間:2022-12-10 01:23
青海省裂腹魚魚類至少有20種,占土著魚類的40%以上,具有重要的生態(tài)價值。由于生態(tài)環(huán)境的惡化和人為因素的干擾,很多物種群已瀕臨滅絕?焖俸蜏(zhǔn)確的物種鑒定對于這些物種的保護至關(guān)重要,而基于形態(tài)學(xué)的傳統(tǒng)分類法很難滿足這一需求。因此,本研究通過DNA條形碼技術(shù)初步探討了在青海省裂腹魚物種鑒定中的適用性。本研究中,測序獲得了青海26尾裂腹魚(6個物種)的細(xì)胞色素c氧化酶亞基I (COI)基因,并經(jīng)GenBank數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對;基于K2P模型分析COI序列變異;運用貝葉斯法(BI)和最大似然法(ML)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果顯示,6種裂腹魚COI序列檢測得到15個單倍型,且各物種間無共享的單倍型。基于K2P模型,最大種內(nèi)遺傳距離和最小種間遺傳距離分別為(0.621±0.297)%和(2.792±0.644)%。種間平均遺傳距離為(12.205±1.307)%,約為種內(nèi)平均遺傳距離((0.327±0.162)%)的37倍,表明各物種的COI序列間已經(jīng)形成明顯"條形碼間隙"。AMOVA分析顯示,遺傳變異主要來自種間,約占97.05%;FST=0.970 54,p<0.01,說明各物種間分化程度極高。此外...
【文章頁數(shù)】:7 頁
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 COI基因序列分析
1.2 遺傳變異分析
1.3 系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 材料
3.2 DNA提取及PCR擴增
3.3 數(shù)據(jù)分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Identification of Sphaeroma terebrans via morphology and the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene[J]. Xiu-Feng LI,Chong HAN,Cai-Rong ZHONG,Jun-Qiu XU,Jian-Rong HUANG. 動物學(xué)研究. 2016(05)
[2]中國脊椎動物紅色名錄[J]. 蔣志剛,江建平,王躍招,張鶚,張雁云,李立立,謝鋒,蔡波,曹亮,鄭光美,董路,張正旺,丁平,羅振華,丁長青,馬志軍,湯宋華,曹文宣,李春旺,胡慧建,馬勇,吳毅,王應(yīng)祥,周開亞,劉少英,陳躍英,李家堂,馮祚建,王燕,王斌,李成,宋雪琳,蔡蕾,臧春鑫,曾巖,孟智斌,方紅霞,平曉鴿. 生物多樣性. 2016(05)
[3]基于線粒體控制區(qū)序列的黃河上游厚唇裸重唇魚種群遺傳結(jié)構(gòu)[J]. 蘇軍虎,張艷萍,婁忠玉,劉煥章,焦文龍,楊建寶,魏彥明. 生態(tài)學(xué)報. 2012(13)
[4]青海省土著魚類種類及保護對策[J]. 李柯懋,唐文家,關(guān)弘韜. 水生態(tài)學(xué)雜志. 2009(03)
[5]極邊扁咽齒魚線粒體DNA細(xì)胞色素b序列特征及其遺傳多樣性[J]. 晁燕,楊成. 青海大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2008(05)
[6]青海省土著魚類名錄[J]. 唐文家,王猛,李柯懋. 水產(chǎn)學(xué)雜志. 2005(01)
本文編號:3715771
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【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 COI基因序列分析
1.2 遺傳變異分析
1.3 系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 材料
3.2 DNA提取及PCR擴增
3.3 數(shù)據(jù)分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Identification of Sphaeroma terebrans via morphology and the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene[J]. Xiu-Feng LI,Chong HAN,Cai-Rong ZHONG,Jun-Qiu XU,Jian-Rong HUANG. 動物學(xué)研究. 2016(05)
[2]中國脊椎動物紅色名錄[J]. 蔣志剛,江建平,王躍招,張鶚,張雁云,李立立,謝鋒,蔡波,曹亮,鄭光美,董路,張正旺,丁平,羅振華,丁長青,馬志軍,湯宋華,曹文宣,李春旺,胡慧建,馬勇,吳毅,王應(yīng)祥,周開亞,劉少英,陳躍英,李家堂,馮祚建,王燕,王斌,李成,宋雪琳,蔡蕾,臧春鑫,曾巖,孟智斌,方紅霞,平曉鴿. 生物多樣性. 2016(05)
[3]基于線粒體控制區(qū)序列的黃河上游厚唇裸重唇魚種群遺傳結(jié)構(gòu)[J]. 蘇軍虎,張艷萍,婁忠玉,劉煥章,焦文龍,楊建寶,魏彥明. 生態(tài)學(xué)報. 2012(13)
[4]青海省土著魚類種類及保護對策[J]. 李柯懋,唐文家,關(guān)弘韜. 水生態(tài)學(xué)雜志. 2009(03)
[5]極邊扁咽齒魚線粒體DNA細(xì)胞色素b序列特征及其遺傳多樣性[J]. 晁燕,楊成. 青海大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2008(05)
[6]青海省土著魚類名錄[J]. 唐文家,王猛,李柯懋. 水產(chǎn)學(xué)雜志. 2005(01)
本文編號:3715771
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