為了評價(jià)兩種不同DNA提取方法引起的鯉魚腸道菌群結(jié)構(gòu)分析偏差。本研究分別以氧化鋯珠破壁法（ZBC）和使用QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit試劑盒法（QIA） 3次重復(fù)提取鯉魚腸道總DNA,檢測DNA含量、純度,進(jìn)一步采用Illumina Hi Seq測序平臺,利用高通量測序技術(shù)處理,來比較分析QIA組和ZBC組的菌群種類和結(jié)構(gòu)偏差。結(jié)果表明,從QIA和ZBC樣品分別獲得（67 045±10 777.22）條和（79 041±8 168.68）條有效序列,QIA組樣品OTU （Operational taxonomic unit）數(shù)量和Shannon多樣性指數(shù)均顯著高于ZBC組,且QIA組樣品間OTU重復(fù)性優(yōu)于ZBC組樣品間。鯉魚腸道菌群在門水平上排名前十的有:變形菌門（Proteobacteria）,梭桿菌門（Fusobacteria）,擬桿菌門（Bacteroidetes）,厚壁菌門（Firmicutes）,放線菌門（Actinobacteria）,芽單胞菌門（Gemmatimonadetes）,綠彎菌門（Chloroflexi）,浮霉菌門（Planctom... 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(08)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 兩種方法提取鯉魚腸道菌群基因組DNA比較
    1.2 Hi Seq測序概況及α多樣性分析
    1.3 鯉魚腸道菌群結(jié)構(gòu)組成分析
    1.4 β多樣性分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
    3.2 鯉魚腸道微生物總DNA提取
    3.3 16S r DNA基因的Illumina Hi Seq高通量測序
    3.4 測序數(shù)據(jù)分析
作者貢獻(xiàn)


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3638651