草魚為我國特有的草食性淡水養(yǎng)殖魚類,在我國淡水養(yǎng)殖魚類中占據重要地位。利用分子標記不但能更好地了解草魚種質資源,更能輔助草魚進行選育,縮短草魚優(yōu)良品系選育周期。本研究分別利用轉錄組、直接測序等方法進行草魚SNP開發(fā),并分別利用SNaPshot、差異片段長度AS-PCR等方法進行驗證,以期尋找出快速有效的SNP開發(fā)及檢測途徑,具體研究如下:1.基于草魚轉錄組的SNP開發(fā)及其特征分析通過NextSeq500技術獲得的草魚轉錄組數據中含有108452個SNP變異位點,共分布在37661個contigs中,其中轉換顛換比為3.12,轉換位點占總變異位點的65.67%。挑選其中60個位點,成功設計引物39組,利用SNaPshot技術進行SNP分型。結果顯示:共成功分型30個SNP位點,30個位點的平均有效等位基因數、觀測雜合度、期望雜合度和多態(tài)信息含量分別為1.66、0.3346、0.3758和0.2922;其中,7個位點表現為低度多態(tài)性,23個位點表現為中度多態(tài)性,未發(fā)現高度多態(tài)性位點;另外,對30個位點進行哈溫平衡分析,發(fā)現10個位點顯著偏離（P<0.05）哈溫平衡。表明利用轉錄組數據... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數】：67 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

a.高鹽法提取的基因組DNAFig2-1a.DNAextractedbyhigh-saltmethod

19圖 2-1b. 傳統(tǒng)酚氯仿法提取的基因組 DNAFig 2-1b.DNA extracted by traditional method魚轉錄組中 SNP 分析課題組利用 NextSeq500 技術得到 264839673bp 的草魚轉錄組，轉錄組中452 個 SNP 突變位點，突變率僅 0.0406%，這些突變位點共分布在 3766 中，平均每條 contig 中有 2.88 個。其中點突變位點 100309 個，占所有突 92.49%；轉換（71218 個）與顛換（22793 個）比為 3.12，轉換位點占總的 65.67%。預篩選用于本實驗的 60 個 SNP 位點及成功分型的 30 個 SN轉換顛換比分別為 3.28 和 5。

圖 3-1 草魚 MSTN-1 基因 3 個 SNPs 位點峰圖Fig. 3-1 The peak chart of three SNPs of MSTN-1 gene in grass carp注：圖中 Locus 1 和 2 處箭頭代表突變位置，Locus 3 兩箭頭之間為缺失片段的始末位置Notes：The arrows in Locus 1 and 2 represent the mutation positions; the arrows in Locus 3 representthe starting and ending positions of the deletion fragment2.2 草魚 MSTN-1 基因多態(tài)性分析使用其余 177 尾草魚基因組 DNA 對篩選出的 SNPs 位點進行驗證，剔除測序失敗的個體，共統(tǒng)計出 162 個有效個體在以上 3 個位點的堿基組成。軟件分析發(fā)現，在草魚 MSTN-1 基因 3 個 SNPs 位點中，均存在雜合型突變，無純合型突變；且 3 個位點的突變等位基因頻率均很低（表 3-2）。表 3-2 草魚 MSTN-1 基因 SNPs 位點基因型及基因頻率Tab. 3-2 Genotype and gene frequency of SNPs sites in grass carp MSTN-1 gene

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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[4]草魚RIG-I基因核苷酸多態(tài)性與草魚呼腸孤病毒感染的關聯研究[D]. 萬全元.西北農林科技大學 2014
[5]基于刺參轉錄組測序的SSR標記和防御機制相關SNP標記開發(fā)[D]. 高琳琳.大連海洋大學 2013
[6]IGF1在綿羊成肌細胞增殖與分化中的作用[D]. 安靜.新疆農業(yè)大學 2013
[7]草魚Mx2和MDA5基因多態(tài)性與草魚出血病抗性的關聯研究[D]. 王蘭.西北農林科技大學 2012
[8]草魚形態(tài)性狀對體質量影響效果分析及生長相關SNP位點篩選[D]. 李璽洋.華中農業(yè)大學 2012
[9]草魚肌肉生長抑制素2的克隆、功能分析以及Tgf2轉座子介導的魚類插入誘變研究[D]. 孫成飛.上海海洋大學 2012
[10]應用高分辨率熔解曲線開發(fā)大菱鲆SNP標記研究[D]. 劉慶明.上海海洋大學 2012



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