利用Roche454GS FLX高通量測(cè)序技術(shù)，進(jìn)行鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點(diǎn)篩選，獲得了51486條高質(zhì)量序列，利用MISA進(jìn)行SSR位點(diǎn)的搜索，共得到5641個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)。采用聚類(lèi)分析的方法對(duì)得到的5641個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)進(jìn)行類(lèi)比分析，得到247種多態(tài)性位點(diǎn)，其中完美型占52.22%，非完美型占20.24%，復(fù)合型占27.54%，（AC）n、（AG）n兩堿基重復(fù)類(lèi)型的比例是44%，重復(fù)次數(shù)在10次以上的占總數(shù)的87.5%。隨機(jī)選取11個(gè)位點(diǎn)的微衛(wèi)星引物，采用5個(gè)野生個(gè)體，利用熒光標(biāo)記和毛細(xì)管電泳進(jìn)行多樣性評(píng)價(jià)，4個(gè)位點(diǎn)偏離Hardy-Weinberg，不同位點(diǎn)得到的等位基因范圍為3⁸，平均等位基因數(shù)目為5。平均觀望雜合度（Ho）、平均期望雜合度（He）以及平均多態(tài)性信息含量（PIC）分別是0.5882、0.7882和0.67。本研究結(jié)果不僅表明454GS FLX提供了一種直觀、高效開(kāi)發(fā)微衛(wèi)星的方法，同時(shí)開(kāi)發(fā)的微衛(wèi)星位點(diǎn)將為鈍吻黃蓋鰈種群多樣性研究、家系識(shí)別和種質(zhì)鑒定提供有效的工具。利用17對(duì)微衛(wèi)星熒光引物（FAM, HEX, or TAM）分析了來(lái)自北朝鮮近海鈍吻黃蓋鰈... 

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【文章頁(yè)數(shù)】：59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 鈍吻黃蓋鰈研究綜述
        1.1.1 鈍吻黃蓋鰈形態(tài)特征
        1.1.2 鈍吻黃蓋鰈生活習(xí)性
        1.1.3 鈍吻黃蓋鰈分布概況
        1.1.4 鈍吻黃蓋鰈繁殖和養(yǎng)殖概況
        1.1.5 鈍吻黃蓋鰈研究進(jìn)展
    1.2 新一代測(cè)序技術(shù)發(fā)展?fàn)顩r
        1.2.1 新一代測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)
        1.2.2 新一代高通量測(cè)序技術(shù)
        1.2.3 新一代測(cè)序技術(shù)動(dòng)植物研究中的應(yīng)用
    1.3 分子標(biāo)記
        1.3.1 分子標(biāo)記的定義、分類(lèi)及應(yīng)用
        1.3.2 微衛(wèi)星（SSR）分子標(biāo)記
        1.3.3 微衛(wèi)星（SSR）分子標(biāo)記的應(yīng)用
            1.3.3.1 基因組連鎖圖構(gòu)建
            1.3.3.2 系譜認(rèn)證
            1.3.3.3 遺傳多樣性分析
    1.4 微衛(wèi)星的開(kāi)發(fā)方法
        1.4.1 構(gòu)建小片段基因組文庫(kù)
        1.4.2 通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索微衛(wèi)星序列
        1.4.3 利用近緣種的微衛(wèi)星序列
        1.4.4 構(gòu)建微衛(wèi)星 DNA 富集文庫(kù)篩選微衛(wèi)星標(biāo)記
        1.4.5 Roche 454 開(kāi)發(fā)方法
    1.5 研究的目的及意義
第二章 基于 Roche 454 GS FLX 的鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星標(biāo)記的開(kāi)發(fā)
    2.1 材料與方法
        2.1.1 樣品來(lái)源
        2.1.2 主要試劑和耗材
        2.1.3 鈍吻黃蓋鰈基于 Roche454 GS FLX 微衛(wèi)星富集文庫(kù)的構(gòu)建
            2.1.3.1 DNA 的提取，片段化和連接
            2.1.3.2 SSR 探針的合成，文庫(kù)變性
            2.1.3.3 SSR 文庫(kù)磁珠富集、清洗及洗脫
            2.1.3.4 SSR 富集及純化
            2.1.3.5 Roche 上機(jī)
            2.1.3.6 數(shù)據(jù)分析
            2.3.1.7 多態(tài)性檢測(cè)
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 高通量測(cè)序結(jié)果
        2.2.2 微衛(wèi)星位點(diǎn)片段分布大小的總體情況
        2.2.3 毛細(xì)管電泳熒光標(biāo)記檢測(cè)
        2.2.4 位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè)
    2.3 討論
        2.3.1 探針的選擇
        2.3.2 聚類(lèi)分析
        2.3.3 Roche454 開(kāi)發(fā)微衛(wèi)星位點(diǎn)的優(yōu)勢(shì)
第三章 鈍吻黃蓋鰈野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 樣品來(lái)源
        3.1.2 主要試劑和耗材
        3.1.3 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點(diǎn)的合成與擴(kuò)增
        3.1.4 數(shù)據(jù)分析
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 DNA 的提取純化及濃度測(cè)定
        3.2.2 微衛(wèi)星位點(diǎn)基因分型
        3.2.3 野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性
    3.3 討論
        3.3.1 鈍吻黃蓋鰈野生和養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性
        3.3.2 哈溫平衡
        3.3.3 群體遺傳結(jié)構(gòu)
        3.3.4 熒光標(biāo)記毛細(xì)管電泳技術(shù)
第四章 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點(diǎn)在近緣物種的通用性研究
    4.1 材料與方法
        4.1.1 樣品來(lái)源及 DNA 提取
        4.1.2 試驗(yàn)方法
        4.1.3 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點(diǎn)的跨種篩選與多樣性檢測(cè)
        4.1.4 數(shù)據(jù)分析
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 DNA 的提取純化及濃度測(cè)定
        4.2.2 鈍吻黃蓋鰈微衛(wèi)星位點(diǎn)對(duì)其它物種的通用性
        4.2.3 群體遺傳多樣性
    4.3 討論
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
發(fā)表學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[5]半滑舌鰨生長(zhǎng)相關(guān)基因的微衛(wèi)星及其在種群遺傳結(jié)構(gòu)分析中的應(yīng)用[J]. 馬騫,林琳,柳淑芳,鐘聲平,莊志猛,蘇永全,唐啟升.  漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2012(04)
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博士論文
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碩士論文
[1]圓斑星鰈（Verasper variegatus）微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及應(yīng)用[D]. 王佳實(shí).中國(guó)海洋大學(xué) 2009



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