為揭示中國(guó)大獺蛤（Lutraria maxima）遺傳多樣性現(xiàn)狀,基于線粒體Cytb和D-Loop序列,分析了北海、潿洲島、湛江、廈門(mén)、福州大獺蛤5個(gè)地理群體的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示:基于Cytb和D-Loop序列獲得的單倍型數(shù)分別為73和27,總體單倍型多樣性指數(shù)/核苷酸多樣性指數(shù)分別為0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子變異分析（analysis of molecular variance, AMOVA）結(jié)果顯示,99.68%（Cytb）和101.16%（D-Loop）變異來(lái)自群體內(nèi),0.32%（Cytb）和-1.16%（D-Loop）變異來(lái)自群體間;遺傳距離分別為0.001 8～0.002 9（Cytb）和0.000 8～0.002 0（D-Loop）,群體間分化指數(shù)F_st值分別為-0.008 0～0.010 1（Cytb）和-0.014 3～-0.007 2（D-Loop）,且均無(wú)顯著分化（P>0.05）。中性檢驗(yàn)Tajima’s D和Fu’s F... 

【文章來(lái)源】：海洋漁業(yè). 2020,42(02)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

基于Cytb(A)基因和D-Loop(B)序列構(gòu)建大獺蛤單倍型NJ樹(shù)

基于測(cè)序峰圖使用DNAstar軟件包[22]中的Seqman軟件對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析校對(duì),以確認(rèn)序列質(zhì)量,并與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中公布的大獺蛤mtDNA進(jìn)行對(duì)比,獲得不同大獺蛤群體的Cytb和D-Loop序列。MEGA7.0[23]計(jì)算Cytb和D-Loop序列的堿基組成并使用鄰接法(neighbor-joining,NJ)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),采用Bootstrap(重復(fù)次數(shù)1 000)檢驗(yàn)聚類(lèi)樹(shù)各分支置信度。DNAsp5[24]獲得Cytb和D-Loop序列的核苷酸多樣性指數(shù)(nucleotide diversity,Pi)、平均核苷酸差異數(shù)(average number of nucleotide differences,K)、單倍型數(shù)(number of haplotypes,H)、單倍型多樣性指數(shù)(haplotype diversity,Hd)及多態(tài)位點(diǎn)數(shù)(number of polymorphic sites,S)。運(yùn)用Arlequin3[25]計(jì)算群體間的遺傳分化系數(shù)和擴(kuò)張參數(shù)τ,并結(jié)合中性檢驗(yàn)和核苷酸不配對(duì)分布曲線來(lái)推測(cè)大獺蛤種群的歷史動(dòng)態(tài)情況;根據(jù)公式τ= 2ut和T=t×(代時(shí)),估算種群擴(kuò)張時(shí)間T[26]。其中u=μk,μ為研究序列變異速率,k為研究的序列長(zhǎng)度(bp);大獺蛤性成熟約為1年,則代時(shí)為1[18]。本研究中,Cytb和D-loop的變異速度分別為(1.0%～2.5%)/百萬(wàn)年[27]、(3%～10%)/百萬(wàn)年[28]。表1 大獺蛤5個(gè)群體的遺傳多樣性參數(shù)Tab.1 Genetic diversity parameters of five populations of L. maxima 群體Population Cytb樣本數(shù)Cytb samples D-Loop樣本數(shù)D-Loop samples 基因Gene S H Hd±SD Pi±SD K 廣西北海 32 31 Cytb 27 20 0.903 2±0.046 6 0.002 2±0.001 4 2.552 4 Beihai D-Loop 10 10 0.584 9±0.103 4 0.001 9±0.001 6 0.761 3 廣西潿洲島 33 31 Cytb 26 15 0.708 3±0.089 5 0.001 8±0.001 1 2.030 3 Wenzhou Island D-Loop 3 4 0.243 0±0.099 4 0.000 6±0.000 8 0.253 8 廣東湛江 32 32 Cytb 36 21 0.905 2±0.046 9 0.003 5±0.002 0 4.006 1 Zhanjiang D-Loop 5 6 0.389 1±0.106 4 0.001 0±0.001 1 0.425 4 福建廈門(mén) 31 32 Cytb 19 14 0.793 6±0.073 3 0.001 8±0.001 1 2.030 1 Xiamen D-Loop 6 7 0.437 5±0.107 2 0.001 2±0.001 2 0.487 9 福建福州 33 33 Cytb 36 20 0.850 4±0.062 7 0.002 2±0.001 3 2.507 6 Fuzhou D-Loop 13 12 0.562 5±0.105 1 0.002 5±0.001 9 0.897 7 總計(jì) 161 159 Cytb 89 73 0.834 5±0.030 3 0.002 3±0.001 4 2.631 3 Total D-Loop 25 27 0.445 6±0.049 8 0.001 4±0.001 3 0.562 7 注:S:多態(tài)位點(diǎn)數(shù);H:單倍型數(shù);Hd:單倍型多樣性指數(shù);Pi:核苷酸多樣性指數(shù);K:平均核苷酸差異數(shù)Note: S: number of polymorphic sites; H: number of haplotypes; Hd: haplotype diversity; Pi: nucleotide diversity; K: average number of nucleotide differences

表6 大獺蛤5個(gè)群體的中性檢驗(yàn)、擬合度檢驗(yàn)Tab.6 Neutrality test and test of goodness of fit in five populations of L. maxima 群體Population 基因Gene Tajima’s D Fu’s FS 擬合度檢驗(yàn) Goodness of fit D P FS P 偏離方差SSD P(SSD) 粗糙指數(shù) R P(R) BH Cytb -2.193 5 0.004 0 -16.561 7 0.000 0 0.000 8 0.890 0 0.026 9 0.760 0 D-Loop -2.188 0 0.001 0 -8.568 8 0.000 0 0.005 5 0.370 0 0.101 3 0.340 0 WZD Cytb -2.398 5 0.001 0 -9.305 8 0.000 0 0.470 5 0.000 0 0.027 7 1.000 0 D-Loop -1.543 8 0.031 0 -2.767 3 0.004 0 0.003 4 0.370 0 0.324 5 0.710 0 ZJ Cytb -1.997 2 0.009 0 -12.944 1 0.000 0 0.148 0 0.020 0 0.013 1 1.000 0 D-Loop -1.764 3 0.015 0 -4.436 0 0.002 0 0.004 0 0.390 0 0.168 1 0.410 0 XM Cytb -1.973 5 0.010 0 -8.108 6 0.000 0 0.006 6 0.580 0 0.036 3 0.730 0 D-Loop -1.889 1 0.010 0 -5.552 7 0.000 0 0.005 8 0.300 0 0.146 7 0.380 0 FZ Cytb -2.582 5 0.000 0 -16.373 9 0.000 0 0.001 2 0.940 0 0.013 7 0.990 0 D-Loop -2.330 7 0.000 0 -9.918 3 0.000 0 0.002 6 0.830 0 0.057 3 0.890 0 總計(jì)Total Cytb -2.229 0 0.004 8 -12.658 8 0.000 0 0.125 4 0.486 0 0.023 6 0.896 0 D-Loop -1.943 2 0.011 4 -6.248 6 0.001 2 0.004 3 0.452 0 0.159 6 0.546 0 注:BH、WZD、ZJ、XM、FZ分別代表廣西北海、廣西潿洲島、廣東湛江、福建廈門(mén)、福建福州Note:BH, WZD, ZJ, XM, FZ represent Beihai of Guangxi, Weizhou Island of Guangxi, Zhanjiang of Guangdong, Xiamen and Fuzhou of Fujian respectively3 討論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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