巖扇貝（Crassadoma gigantean）隸屬于軟體動(dòng)物門（Mollusca）、瓣鰓綱（Lamellibranchia）、珍珠貝目（Pterioida）、扇貝科（Pectinidae）、巖扇貝（Crassadoma）屬,原產(chǎn)于北美洲的太平洋海岸,巖扇貝營(yíng)底棲生活,適應(yīng)溫度范圍很廣,屬于廣溫種,巖扇貝有較大的閉殼肌,肉鮮美,風(fēng)味獨(dú)特,在市場(chǎng)上是很受歡迎的,供不應(yīng)求;此外因?yàn)樗L(zhǎng)快速,對(duì)環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng),因此,巖扇貝可以作為貝類育種的優(yōu)良候選品種加以引入。2012年,為有效緩解我國(guó)扇貝育種品種短缺、病害頻發(fā)、產(chǎn)量低、死亡率高等問(wèn)題,巖扇貝作為優(yōu)良品種被引入我國(guó)。巖扇貝作為我國(guó)引進(jìn)的一個(gè)新品種。為了彌補(bǔ)中國(guó)國(guó)內(nèi)鹽度對(duì)巖扇貝的影響研究的空白,利用從加拿大引進(jìn)的幼年巖扇貝,進(jìn)行了本次實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)包括鹽度變化對(duì)巖扇貝SOD、Na⁺/K⁺-ATP和谷胱甘肽還原酶三種酶活性影響的測(cè)定和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析兩部分。在第一部分鹽度變化對(duì)巖扇貝SOD、Na⁺/K⁺-ATP和谷胱甘肽還原酶三種酶活性影響的測(cè)定實(shí)驗(yàn)中又分為鹽度... 

【文章來(lái)源】：大連海洋大學(xué)遼寧省

【文章頁(yè)數(shù)】：76 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

巖扇貝外部特征

圖 3-1.測(cè)序分析流程圖Fig. 3-1. sequencing analysis flow chart3.4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和過(guò)濾通過(guò)基址調(diào)用分析，將高通量測(cè)序（hiseq 等排序平臺(tái)）得到的原始圖像數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換成原始的未過(guò)濾序列（reads）。我們稱它們?yōu)樵紨?shù)據(jù)或原始讀取。測(cè)序質(zhì)量的評(píng)定一般包含堿基測(cè)序錯(cuò)誤率檢測(cè)及 A/T/G/C 含量分布的檢查，原始排序數(shù)據(jù)將包括連接器、信息、低質(zhì)量的基、未檢測(cè)到的基（以 N 表示），對(duì)后續(xù)的信息分析造成很大干擾，為了保證信息分析的質(zhì)量，我們需要過(guò)濾，1)過(guò)濾掉包含聯(lián)合序列的 reads；2) 當(dāng)單端測(cè)序 read 中含有的 N 的含量超過(guò)該條read 長(zhǎng)度比例的 10% 時(shí)，過(guò)濾掉該 read 以及跟該 read 構(gòu)成 paired-end 對(duì)的 read；3) 當(dāng)單端測(cè)序 read 中含有的低質(zhì)量（<=5）堿基數(shù)超過(guò)該條 read 長(zhǎng)度比例的 50%時(shí)，過(guò)濾掉該 read 以及跟該 read 構(gòu)成 paired-end 對(duì)的 read，過(guò)濾以后的數(shù)據(jù)我們稱為 clean reads，是之后一系列分析的基礎(chǔ)。

圖 3-2 表達(dá)水平飽和度分布曲線示意Fig 3-2 shows the horizontal saturation distribution curve3.5.6 差異表達(dá)分析通過(guò)進(jìn)行差異分析，最終得到差異表達(dá)的基因總量為 1089 個(gè)。其中上調(diào)和下調(diào)基因分別有 349 條和 740 條。圖 3-3 即為具體的基因表達(dá)情況，圖中的紅色點(diǎn)和藍(lán)色點(diǎn)分別表示上調(diào)和下調(diào)的顯著差異基因，而黑色點(diǎn)則代表無(wú)顯著差異基因。此外，橫縱坐標(biāo)分別代表不同鹽度時(shí)的表達(dá)差異倍數(shù)以及基因表達(dá)量變化差異的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]基因分類及基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析方法的研究[D]. 蔡立軍.湖南大學(xué) 2007
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碩士論文
[1]山羊胚胎附植階段子宮轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及附植相關(guān)基因的篩選[D]. 靳方圓.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]不同因子對(duì)巖扇貝攝食率、耗氧率和排氨率的影響[D]. 梁偉鋒.大連海洋大學(xué) 2016
[3]巖扇貝與深海扇貝營(yíng)養(yǎng)成分分析及與三種養(yǎng)殖扇貝的比較[D]. 王昊.大連海洋大學(xué) 2016
[4]環(huán)境因子對(duì)貝類幾種免疫因子影響的研究[D]. 時(shí)少坤.上海海洋大學(xué) 2013
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本文編號(hào)：3511213