隆線溞線粒體基因組序列的測(cè)定與分析
發(fā)布時(shí)間:2021-10-24 00:45
隆線溞(Daphnia carinata)為節(jié)肢動(dòng)物門(Arthropoda)、甲殼綱(Crustacea)、鰓足亞綱(Branchiapoda)、枝角目(Clasocera)、溞科(Daphniidae)動(dòng)物,在淡水生態(tài)系統(tǒng)中占有重要位置,絕大多數(shù)生活于池塘、湖泊以及江河中。溞屬動(dòng)物物種形態(tài)鑒定標(biāo)準(zhǔn)仍存在許多模糊不清之處,利用分子生物學(xué)手段可有效重估不同溞屬動(dòng)物形態(tài)型的分類地位,并揭示形態(tài)相似種群的真正變異。本文旨在測(cè)定隆線溞線粒體基因組序列,分析其基因組成和結(jié)構(gòu)特征,進(jìn)而為研究溞屬動(dòng)物的分子系統(tǒng)進(jìn)化提供依據(jù)。本研究采用LA-PCR和普通PCR方法,獲得隆線溞線粒體基因組序列,并對(duì)序列進(jìn)行了組裝和注釋,拼接后得到了14747bp的隆線溞mtDNA序列。這段序列A、T、G、C堿基的含量分別為33.8%、36.5%、14.4%、15.3%, GC-Skew值為-0.009,AT-Skew值為-0.027。通過序列同源性和結(jié)構(gòu)分析,鑒定了36個(gè)基因,包括13個(gè)蛋白編碼基因、21個(gè)tRNA基因和2個(gè)rRNA,推測(cè)到未能擴(kuò)增到的基因包括tRNAIle、tRNAMet以及控制區(qū)。在13個(gè)蛋白質(zhì)編...
【文章來源】:淮北師范大學(xué)安徽省
【文章頁數(shù)】:50 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
溞屬雌體模式圖
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)圖
隆線溞基因組DNA的提取M,λ-HindIIIdigestDNAMarker;1,基因組總DNAFig.3-1TheextractedgenomeDNAofD.carinata
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]百宜黑雞與興義矮腳雞線粒體DNA控制區(qū)遺傳多樣性分析[J]. 王文濤,陳彬,陽光遠(yuǎn),傅筑蔭. 中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2011(06)
[2]百宜黑雞與長(zhǎng)順綠殼蛋雞線粒體DNA控制區(qū)全序列分析[J]. 王文濤,陽光遠(yuǎn),陳彬. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(05)
[3]貝葉斯推論及其在百合目分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用[J]. 陳士超,楊紅,李珊,祝建,傅承新. 云南植物研究. 2007(02)
[4]線粒體基因組全序列研究與動(dòng)物分子系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系[J]. 李耀東,邵嘉會(huì). 青海醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2006(01)
[5]揚(yáng)子鱷的線粒體全基因組與鱷類系統(tǒng)發(fā)生[J]. 吳孝兵,王義權(quán),周開亞,朱偉銓,聶繼山,王朝林. 科學(xué)通報(bào). 2003(18)
[6]四種臂尾輪蟲線粒體COⅠ基因部分序列及系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[J]. 鮑蕾,牛翠娟,馬蕊,李慶芬. 動(dòng)物學(xué)研究. 2003(03)
[7]形目12種鳥類線粒體細(xì)胞色素b基因序列差異及其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[J]. 陳曉芳,王翔,袁曉東,湯敏謙,李玉祥,郭玉梅,李慶偉. 遺傳學(xué)報(bào). 2003(05)
[8]家蠶線粒體基因組全序列測(cè)定與分析[J]. 魯成,劉運(yùn)強(qiáng),廖順堯,李斌,向仲懷,韓華,王學(xué)剛. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2002(02)
[9]分子進(jìn)化樹的構(gòu)建[J]. 呂寶忠. 動(dòng)物學(xué)研究. 1993(02)
[10]動(dòng)物線粒體DNA多態(tài)性的研究概況[J]. 張亞平,施立明. 動(dòng)物學(xué)研究. 1992(03)
碩士論文
[1]鰱、鳙鰓部寄生鰱中華鳋線粒體基因組研究[D]. 彭國(guó)祥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào):3454239
【文章來源】:淮北師范大學(xué)安徽省
【文章頁數(shù)】:50 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
溞屬雌體模式圖
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)圖
隆線溞基因組DNA的提取M,λ-HindIIIdigestDNAMarker;1,基因組總DNAFig.3-1TheextractedgenomeDNAofD.carinata
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]百宜黑雞與興義矮腳雞線粒體DNA控制區(qū)遺傳多樣性分析[J]. 王文濤,陳彬,陽光遠(yuǎn),傅筑蔭. 中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2011(06)
[2]百宜黑雞與長(zhǎng)順綠殼蛋雞線粒體DNA控制區(qū)全序列分析[J]. 王文濤,陽光遠(yuǎn),陳彬. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(05)
[3]貝葉斯推論及其在百合目分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用[J]. 陳士超,楊紅,李珊,祝建,傅承新. 云南植物研究. 2007(02)
[4]線粒體基因組全序列研究與動(dòng)物分子系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系[J]. 李耀東,邵嘉會(huì). 青海醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2006(01)
[5]揚(yáng)子鱷的線粒體全基因組與鱷類系統(tǒng)發(fā)生[J]. 吳孝兵,王義權(quán),周開亞,朱偉銓,聶繼山,王朝林. 科學(xué)通報(bào). 2003(18)
[6]四種臂尾輪蟲線粒體COⅠ基因部分序列及系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[J]. 鮑蕾,牛翠娟,馬蕊,李慶芬. 動(dòng)物學(xué)研究. 2003(03)
[7]形目12種鳥類線粒體細(xì)胞色素b基因序列差異及其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[J]. 陳曉芳,王翔,袁曉東,湯敏謙,李玉祥,郭玉梅,李慶偉. 遺傳學(xué)報(bào). 2003(05)
[8]家蠶線粒體基因組全序列測(cè)定與分析[J]. 魯成,劉運(yùn)強(qiáng),廖順堯,李斌,向仲懷,韓華,王學(xué)剛. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2002(02)
[9]分子進(jìn)化樹的構(gòu)建[J]. 呂寶忠. 動(dòng)物學(xué)研究. 1993(02)
[10]動(dòng)物線粒體DNA多態(tài)性的研究概況[J]. 張亞平,施立明. 動(dòng)物學(xué)研究. 1992(03)
碩士論文
[1]鰱、鳙鰓部寄生鰱中華鳋線粒體基因組研究[D]. 彭國(guó)祥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào):3454239
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