以海口、南通、青島、泉州、湛江5個(gè)地理群體98尾龍頭魚為研究對象,通過PCR擴(kuò)增獲得序列長度為1 046bp的線粒體ND2基因全序列,共檢測到變異位點(diǎn)19個(gè),其中18個(gè)單一變異位點(diǎn),1個(gè)簡約信息位點(diǎn)。98條序列共定義了19個(gè)單倍型,平均單倍型多樣性（Hd）為0.366±0.063 8,平均核苷酸多樣性（Pi）為0.000 427±0.000 424。群體間平均遺傳距離在0.000 228～0.000 607之間,遺傳分化指數(shù)FST值均小于0.05,群體間沒有顯著的遺傳分化。AMOVA結(jié)果顯示,龍頭魚遺傳變異主要來自于種群內(nèi)（99.68%）。單倍型系統(tǒng)發(fā)育樹顯示,19個(gè)單倍型之間不存在明顯的亞種分化。整體的中性檢驗(yàn)結(jié)果均為負(fù)值且顯著偏離中性,表明5個(gè)地理群體龍頭魚歷史上曾經(jīng)歷過種群擴(kuò)張。參考ND2基因2.5%～3.6%每百萬年的變異速率,估算出群體分化擴(kuò)張時(shí)間大致為（1.87～1.30）萬年前的第四紀(jì)更新世晚期。 

【文章來源】：浙江海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,39(02)北大核心

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

基于線粒體ND2基因序列構(gòu)建的單倍型鄰接樹

龍頭魚Harpodon nehereus，俗稱蝦潺、狗母魚、豆腐魚等，屬燈籠魚目Myctophiformes，龍頭魚科Harpodontidae，龍頭魚屬Harpodon，為近岸暖水性小型經(jīng)濟(jì)魚類，主要棲息于大陸架水域下層，廣泛分布于西太平洋及印度洋海域，主要包括日本、韓國及中國沿海海域[1]，我國尤以浙江舟山及樂清一帶分布較廣且產(chǎn)量較高，主要生產(chǎn)季節(jié)龍頭魚漁獲物所占比例高達(dá)70%以上[2]。20世紀(jì)70年代以來，隨著帶魚、大黃魚、烏賊等主要漁業(yè)資源的衰退，龍頭魚等次要的經(jīng)濟(jì)種類數(shù)量逐漸增加，并以其獨(dú)特的商業(yè)價(jià)值與營養(yǎng)價(jià)值逐漸被人們挖掘與喜愛[3]。目前國內(nèi)外關(guān)于龍頭魚的研究多集中在外部形態(tài)特征[4]、漁業(yè)生物學(xué)特性[5-7]、資源數(shù)量分布[8-10]、攝食習(xí)性[11]和食品加工[12-15]等方面，而遺傳背景相關(guān)研究報(bào)道較少，僅見線粒體基因組全序列[16]和分子標(biāo)記技術(shù)開發(fā)應(yīng)用[17-20]。NADH脫氫酶第二亞基(NADH dehydrogenase subunit 2,ND2)是線粒體電子傳遞復(fù)合體的重要組分，也是線粒體上13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因之一[21]，因具有進(jìn)化速率適中且包含豐富的遺傳信息等優(yōu)點(diǎn)，目前被廣泛運(yùn)用于魚類遺傳關(guān)系和系統(tǒng)分類地位的研究[21-24]，顯示出其良好的分子標(biāo)記特性。了解和掌握漁業(yè)種群結(jié)構(gòu)及其變化規(guī)律，是開展資源開發(fā)管理的基礎(chǔ)和前提，而遺傳結(jié)構(gòu)則是種群結(jié)構(gòu)的內(nèi)在體現(xiàn)，綜合反映了種群大小組成、繁育系統(tǒng)、隔離程度及遷移格局的時(shí)空[25]。本研究以線粒體ND2基因?yàn)榉肿訕?biāo)記，對我國5個(gè)地理種群的龍頭魚遺傳結(jié)構(gòu)和變異進(jìn)行了比較分析，了解群體之間的遺傳分化和種群歷史動(dòng)態(tài)，旨在揭示我國近海龍頭魚種質(zhì)資源現(xiàn)狀，為保護(hù)并合理開發(fā)利用龍頭魚資源提供參考資料。1 材料與方法

對5個(gè)群體共98尾龍頭魚線粒體ND2基因序列進(jìn)行比對分析，共獲得有效長度為1 046 bp的龍頭魚ND2基因序列，未發(fā)現(xiàn)堿基的插入與缺失。全部位點(diǎn)中，變異位點(diǎn)(variable sites)19個(gè)，單一可變位點(diǎn)(singleton variable sites)18個(gè)，簡約信息位點(diǎn)(parsimony informative sites)1個(gè)。18個(gè)堿基發(fā)生了轉(zhuǎn)換，主要發(fā)生在A-G之間；2處堿基發(fā)生顛換，均為A-T；轉(zhuǎn)換數(shù)高于顛換數(shù)，與線粒體基因組DNA進(jìn)化過程中轉(zhuǎn)換頻率高于顛換的規(guī)律一致[34]。4種堿基平均含量分別為：T 29.2%、C 34.9%、A 24.4%、G 11.6%。其中G堿基的含量偏低，表現(xiàn)出明顯的反G偏倚。A+T的含量為53.6%，略高于G+C的含量，與大多數(shù)脊椎動(dòng)物線粒體DNA堿基G+C含量位于37%～50%之間的情況一致[35]。從密碼子堿基組成情況來看，不同群體間也存在較大差異，表現(xiàn)出強(qiáng)烈的偏倚性。第1密碼子中，C、A堿基使用頻率較T、G高；第2密碼子中，堿基的使用明顯偏向T和C；第3密碼子中C堿基含量最高，而G堿基含量顯著偏低(圖2)。98尾個(gè)體共定義了19種單倍型，各單倍型分布情況如表2所示。其中Hap1出現(xiàn)頻率最高，其次為Hap3，由�？�、青島和湛江3個(gè)群體共享，其余每種單倍型均為一個(gè)群體所獨(dú)有。5個(gè)地理群體中，單倍型類型最多的為湛江群體(8種)，最少的是泉州群體，僅有2種單倍型(Hap1和Hap13)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]浙江南部近海龍頭魚的生物學(xué)特征及其空間分布格局[D]. 杜曉雪.上海海洋大學(xué) 2018
[2]基于線粒體ND2基因序列的華南地區(qū)斑鱧遺傳多樣性研究[D]. 阮燕如.暨南大學(xué) 2014
[3]中國野生烏鱧（Channa argus）遺傳多樣性分析[D]. 高志遠(yuǎn).暨南大學(xué) 2013
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[6]中國野生香魚（Plecoglossus altivelis）遺傳多樣性分析[D]. 樂小亮.暨南大學(xué) 2010
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本文編號：3452390