以臺灣海峽11目38科66屬85種355個魚類樣品為研究對象,選取線粒體COⅠ基因中長為313 bp的序列為微型條形碼,探討微型DNA條形碼技術在魚類分類鑒定中的適用性。共獲取355條基因序列,序列中T、C、A、G堿基的平均含量占比分別為29.50%、30.10%、24.90%和15.50%;AT含量占比均高于50%。樣品種內(nèi)、種間、屬間、科間和目間的K2P （Kimrua-2-Parameter）遺傳距離分別為0.37%、18.10%、22.10%、25.40%和27.80%,遺傳距離隨著分類階元的提高而增大,種間遺傳距離是種內(nèi)遺傳距離的49倍,表明該微型DNA條形碼可用于魚類的分類鑒定,可有助于漁業(yè)資源調(diào)查和生物多樣性保護。 

【文章來源】：應用海洋學學報. 2020,39(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

樣品采樣站位分布示意圖

利用DNA條形碼進行物種鑒定的效率取決于種間差異和種內(nèi)差異，通過分析物種間的遺傳差異找到劃分物種的閾值，然而，物種間的劃分還沒有統(tǒng)一的標準閾值[11,24]。近年來，種間的最小差異和種內(nèi)的最大差異常被用作DNA條形碼間隔，它比平均種內(nèi)和種間差異更加有效[25-26]。本研究中，種內(nèi)的最大K2P遺傳距離為1.23%，種間的最小K2P遺傳距離為3.60%，兩者存在間隔區(qū)域，表明該序列可以用于魚類物種分類鑒定，種內(nèi)和種間的平均K2P遺傳距離為0.37%和18.10%。臺灣海峽魚類COⅠ基因遺傳距離種間為種內(nèi)的29倍[27]、澳大利亞魚類為25倍[1]、加拿大魚類為27倍[20]，本研究中魚類樣品的種間遺傳距離是種內(nèi)的49倍，明顯高于COⅠ基因序列，也表明該序列在魚類物種鑒定中的有效性。通過鄰接法構建的系統(tǒng)發(fā)育樹，大部分同物種樣品首先聚合在一起，同形態(tài)分類學相符，表明該微型DNA條形碼分類鑒定結果同形態(tài)分類學一致。在初次構建NJ系統(tǒng)發(fā)育樹(圖2)時我們檢測到形態(tài)鑒定為海鰻(Muraenesox cinereus)的樣品，未聚合到一起，并且存在較大的遺傳分化，K2P遺傳距離為5.99%,3條海鰻序列共形成兩個分支，其中一條與尖尾鰻(Uroconger lepturus)首先聚合到一支，且同尖尾鰻的K2P遺傳距離為0.00%。除這條序列外，另外2個樣品間的遺傳距離為0.00%。我們重新對該樣品進行形態(tài)學鑒定分類，確認該樣品為尖尾鰻幼體。類似情況也發(fā)生在西里伯蛇鰻(Ophichthus celebicus)中，其中一個樣品被錯誤鑒定為裸鰭蟲鰻(Muraenichthys gymnopterus)。形態(tài)學鑒定錯誤、基因污染以及分類學知識的不充足都會導致類似的結果[28]。另一方面，因為許多樣品的形態(tài)學特征在不同的階段都會發(fā)生改變，因此條形碼和物種鑒定的參考數(shù)據(jù)庫需要大量的標本，包括卵、幼體和成魚。偶然的錯誤鑒定是不可避免的，這個例子反映了DNA條形碼可以對形態(tài)鑒別的錯誤進行糾正，是形態(tài)鑒定的一個補充。DNA條形碼數(shù)據(jù)庫的建立必需同時將形態(tài)特征與分子特征結合，才可以用來更好地描述和廣泛地識別物種。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3360009