溶藻弧菌屬于革蘭氏陰性菌,是一種海生生物重要的條件性致病菌,并且往往與許多包括魚類、蝦類、珊瑚類和甲殼類等在內(nèi)的海水養(yǎng)殖動物流行性病害有關(guān)。溶藻弧菌也是一種人類的致病性細(xì)菌,尤其容易通過海產(chǎn)品的感染導(dǎo)致耳炎和傷口感染。在近些年,溶藻弧菌由于引起水產(chǎn)養(yǎng)殖魚類發(fā)病并且造成了重大的經(jīng)濟(jì)損失而受到廣泛的研究。細(xì)菌對魚類組織表面的粘附是細(xì)菌感染致病初始階段的重要步驟。腸和受傷的表皮是弧菌入侵魚體的重要門戶。由于魚體表面布滿了粘液且細(xì)菌對粘液的粘附作用是多種致病菌感染的先決條件,因此,細(xì)菌的粘附能力是一種重要的毒力因子。細(xì)菌對宿主的粘附能力受到細(xì)菌本身、粘附底物和環(huán)境因子等諸多的影響。細(xì)菌的粘附受到多種基因的調(diào)控。盡管已經(jīng)證實(shí)一些基因與細(xì)菌粘附有關(guān),但是這種針對粘附的調(diào)控機(jī)制仍未可知。雖然最近已經(jīng)獲得了溶藻弧菌全基因組,但是其轉(zhuǎn)錄組情況仍未可知。本研究通過在脅迫條件下長期培養(yǎng)溶藻弧菌并測定其粘附能力,對獲得的粘附弱化菌株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄測序和分析,以期望能夠更好地理解溶藻弧菌粘附的基因調(diào)控機(jī)制。通過利用影響粘附能力的理化因子對溶藻弧菌進(jìn)行脅迫誘導(dǎo)和粘附篩選,我們獲得了三種重金屬和一種低pH誘導(dǎo)下的粘附顯著... 

【文章來源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 轉(zhuǎn)錄組測序的發(fā)展與應(yīng)用
        1.1.1 轉(zhuǎn)錄組與轉(zhuǎn)錄組學(xué)
        1.1.2 測序技術(shù)的發(fā)展
        1.1.3 轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用
    1.2 溶藻弧菌粘附作用相關(guān)研究現(xiàn)狀及分析
        1.2.1 溶藻弧菌的生物學(xué)特性和流行病學(xué)
        1.2.2 粘附研究進(jìn)展
        1.2.3 細(xì)菌粘附研究方法
    1.3 本研究的目的與意義
    1.4 主要研究內(nèi)容
第2章 脅迫培養(yǎng)條件下致病性溶藻弧菌粘附弱化菌株的篩選
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)用菌和魚
        2.1.2 主要試劑和儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法與步驟
        2.2.1 大黃魚表皮粘液的制備和蛋白含量測定
        2.2.2 溶藻弧菌毒力檢測
        2.2.3 致病性溶藻弧菌脅迫培養(yǎng)處理
        2.2.4 溶藻弧菌對大黃魚粘液的粘附作用測定
        2.2.5 數(shù)據(jù)處理
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 粘液蛋白含量測定
        2.3.2 溶藻弧菌對大黃魚的半致死濃度LD50
        2.3.3 初次脅迫培養(yǎng)后溶藻弧菌對大黃魚粘液粘附作用的影響
        2.3.4 二次和三次脅迫培養(yǎng)后溶藻弧菌對大黃魚粘液粘附作用的影響
    2.4 討論
第3章 基于鏈特異性測序的溶藻弧菌粘附作用轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.1 測序菌株
        3.1.2 主要試劑和儀器
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 樣品準(zhǔn)備與文庫構(gòu)建
        3.2.2 Illumina測序和數(shù)據(jù)處理
        3.2.3 功能注釋和DEGs的富集性分析
        3.2.4 實(shí)驗(yàn)流程和信息分析流程圖
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 測序質(zhì)量評估
        3.3.2 Reads的比對參考和差異表達(dá)基因的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)
        3.3.3 差異基因的基因本體論（Gene ontology，GO）劃分
        3.3.4 差異基因的直系同源基因聚簇
        3.3.5 KEGG通路注釋
        3.3.6 ABC轉(zhuǎn)運(yùn)子家族基因與粘附分析
    3.4 討論
第4章 結(jié)論與展望
    4.1 結(jié)論
    4.2 展望
致謝
參考文獻(xiàn)


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]擬南芥種子發(fā)育過程小RNA深度測序數(shù)據(jù)的分析[D]. 陳冬菊.福建農(nóng)林大學(xué) 2011



本文編號：3350276