大黃魚（Larimichthys crocea）又名黃魚、黃花魚,分類上屬硬骨魚綱（Osteichthyes）,鱸形目（Perciformes）,石首魚科（Sciaenidae）,黃魚屬（Larimichthys）。是我國(guó)單一品種養(yǎng)殖產(chǎn)量最高的海水魚,也是我國(guó)六大優(yōu)勢(shì)出口水產(chǎn)品之一。腸道微生物是生物體的重要組成部分,是宿主的“外在器官”。了解大黃魚腸道微生物的群落結(jié)構(gòu)、動(dòng)態(tài)變化及其影響因素對(duì)于促進(jìn)我國(guó)大黃魚產(chǎn)業(yè)的持續(xù)、健康發(fā)展具有重要意義。本研究采用不依賴于培養(yǎng)的PCR-DGGE、構(gòu)建克隆文庫(kù)和高通量測(cè)序以及傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)等四種方法,首次對(duì)不同發(fā)育生長(zhǎng)時(shí)期大黃魚腸道及相應(yīng)時(shí)期的養(yǎng)殖水體和飼料中細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)及相互之間的關(guān)系進(jìn)行了研究,研究結(jié)果如下:1.不同發(fā)育時(shí)期的大黃魚腸道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)存在明顯的差異。生長(zhǎng)早期大黃魚比一齡魚腸道細(xì)菌的多樣性高。梭桿菌門（Fusobacteria）主要存在于一齡魚,而α-變形桿菌綱（α-Proteobacteria）主要存在于生長(zhǎng)早期;擬桿菌門（Bacteroidetes）在早期和一齡大黃魚腸道中豐度都不高;構(gòu)建克隆文庫(kù)的方法研究結(jié)果表明26日齡的腸道中... 

【文章來(lái)源】：集美大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：95 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 魚類腸道微生物的研究概況
        1.1.1 腸道微生物的組成
        1.1.2 腸道細(xì)菌的形成、特性及影響因素
        1.1.3 腸道細(xì)菌的生理功能
        1.1.4 腸道微生物的研究方法
        1.1.5 魚類腸道微生物的研究進(jìn)展
    1.2 大黃魚的研究概況
    1.3 本研究的目的和意義
第2章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 樣品來(lái)源及相關(guān)信息
        2.1.2 主要藥品試劑
        2.1.3 主要儀器設(shè)備
        2.1.4 引物
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)流程
        2.2.2 樣品的采集、保存與處理
        2.2.3 總DNA的提取
        2.2.4 16S rRNA基因克隆文庫(kù)的構(gòu)建
        2.2.5 變性梯度凝膠電泳（DGGE）
        2.2.6 腸道細(xì)菌的分離培養(yǎng)及分子鑒定
        2.2.7 序列分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建
        2.2.8 腸道樣品高通量測(cè)序
第3章 結(jié)果和分析
    3.1 不同發(fā)育階段養(yǎng)殖大黃魚腸道、飼料及養(yǎng)殖水體細(xì)菌 16S rRNA基因克隆文庫(kù)的構(gòu)建與分析
        3.1.1 克隆文庫(kù)RFLP結(jié)果分析
        3.1.2 OTUs和多樣性指數(shù)分析
        3.1.3 各克隆文庫(kù)細(xì)菌構(gòu)成
        3.1.4 系統(tǒng)進(jìn)化分析
    3.2 大黃魚腸道細(xì)菌的分離培養(yǎng)
        3.2.1 菌落形態(tài)記錄、分類和計(jì)數(shù)
        3.2.2 細(xì)菌的分離與純化
        3.2.3 RFLP分析
        3.2.4 OTUs分析
        3.2.5 序列比對(duì)和系統(tǒng)進(jìn)化分析
    3.3 不同發(fā)育階段養(yǎng)殖大黃魚腸道、飼料及養(yǎng)殖水體中細(xì)菌 16S rRNA基因的DGGE圖譜分析
        3.3.1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
        3.3.2 DGGE圖譜與聚類分析
        3.3.3 序列分析
    3.4 一齡和12日齡養(yǎng)殖大黃魚腸道樣品細(xì)菌 16S rRNA基因V4--V5區(qū)的高通量測(cè)序
        3.4.1 細(xì)菌多樣性統(tǒng)計(jì)分析
        3.4.2 腸道細(xì)菌群落不同分類層次的組成與分布
第4章 討論
    4.1 大黃魚腸道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)
    4.2 大黃魚不同發(fā)育階段腸道細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)及動(dòng)態(tài)變化
    4.3 大黃魚養(yǎng)殖水體及飼料中細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)
    4.4 不同研究方法的比較
第5章 小結(jié)
    5.1 不同發(fā)育階段養(yǎng)殖大黃魚腸道、飼料及養(yǎng)殖水體細(xì)菌 16S rRNA基因克隆文庫(kù)的構(gòu)建與分析
    5.2 大黃魚腸道細(xì)菌的分離培養(yǎng)
    5.3 不同發(fā)育階段養(yǎng)殖大黃魚腸道、飼料及養(yǎng)殖水體中細(xì)菌 16S rRNA基因的DGGE圖譜分析
    5.4 一齡和12日齡養(yǎng)殖大黃魚腸道樣品細(xì)菌 16S rRNA基因V4-V5區(qū)的高通量測(cè)序62致謝
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
在學(xué)期間發(fā)表論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]宏基因組學(xué)技術(shù)在微生物功能酶開發(fā)中的應(yīng)用[J]. 金浩,李柏林,潘迎捷,歐杰,陳蘭明.  生物技術(shù)通報(bào). 2012(09)
[2]斑馬魚腸道細(xì)菌的分離與生理生化特性[J]. 呂愛軍,楊正行,劉歡,胡秀彩,張艷華,程超.  中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2010(24)
[3]來(lái)自大黃魚（Pseudosciaena crocea）腸道的弧菌拮抗菌的篩選與鑒定[J]. 王娟,封永輝,蔡立勝,王建,曲憲成,張慶華.  海洋與湖沼. 2010(05)
[4]鯉魚腸道細(xì)菌的分離及其生理生化特性研究[J]. 胡秀彩,李會(huì),呂愛軍.  中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2010(14)
[5]對(duì)新捕獲與流通過(guò)程中大黃魚新鮮度與細(xì)菌種群的研究[J]. 郭全友,楊憲時(shí),許鐘,李學(xué)英.  食品與機(jī)械. 2010(04)
[6]鯽魚腸道細(xì)菌菌群初步分析[J]. 侯進(jìn)慧,陳宏偉,曹澤虹,高兆建,蔡侃.  食品科學(xué). 2010(11)
[7]鮸魚弧菌病病原菌(哈維氏弧菌)的分離與鑒定[J]. 張鳳萍,彭志蘭,張健,柳敏海,傅榮兵,羅海忠.  微生物學(xué)報(bào). 2010(03)
[8]圓白鯧消化道菌群PCR-DGGE基因指紋圖譜構(gòu)建[J]. 周志剛,石鵬君,姚斌,何夙旭.  上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào). 2008(02)
[9]青石斑魚腸道菌群研究[J]. 覃映雪,王曉林,鄢慶枇,王赟,葉冬鳳.  海洋水產(chǎn)研究. 2007(05)
[10]PCR-DGGE對(duì)長(zhǎng)江河口八種野生魚類腸道菌群多樣性的比較研究[J]. 李可俊,管衛(wèi)兵,徐晉麟,張延,趙立平.  中國(guó)微生態(tài)學(xué)雜志. 2007(03)

碩士論文
[1]不同生長(zhǎng)階段大黃魚的蛋白質(zhì)和蛋/能比營(yíng)養(yǎng)研究[D]. 林淑琴.中國(guó)海洋大學(xué) 2013
[2]養(yǎng)殖魚腸道菌群分子生態(tài)的研究[D]. 黃光祥.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[3]草魚早期發(fā)育階段細(xì)菌群落的研究[D]. 祝東梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[4]大黃魚兩株病原弧菌拮抗菌的研究[D]. 郭國(guó)軍.集美大學(xué) 2007
[5]草魚腸道菌群的變化和免疫機(jī)能的關(guān)系[D]. 李莉.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2003



本文編號(hào)：3290322