氨氮和亞硝酸氮是養(yǎng)殖水體中主要的環(huán)境限制因子,在水產(chǎn)養(yǎng)殖過程中,隨著集約化養(yǎng)殖的推廣應(yīng)用,導(dǎo)致水體氨氮和亞硝酸氮濃度升高,嚴(yán)重影響對蝦的生長、蛻皮、代謝和排泄等正常生理功能,導(dǎo)致對蝦對病原微生物抵抗力下降,進(jìn)而引發(fā)疾病的爆發(fā)。盡管水體中高濃度的氨氮和亞硝酸氮對對蝦有毒性影響,但仍有些對蝦能夠生存下來,它們可能存在某些特定的適應(yīng)策略以應(yīng)對氨氮和亞硝酸氮應(yīng)激,然而其潛在的分子機(jī)制尚不明確。因此,本研究選用已選育出的凡納濱對蝦氨氮耐受（LV-AT）和敏感（LV-AS）家系,亞硝酸氮耐受（LV-NT）和敏感（LV-NS）家系為研究對象,基于轉(zhuǎn)錄組和代謝組測序分析耐受程度不同的家系在應(yīng)對脅迫的代謝產(chǎn)物和基因表達(dá)的差異,并結(jié)合病理組織學(xué)和生理生化指標(biāo)的差異,綜合分析凡納濱對蝦氨氮和亞硝酸氮耐受機(jī)制,為氨氮和亞硝酸氮耐受品系的培育提供一定的分子基礎(chǔ)。同時,通過與未處理的對照組（LV-C）相比較,綜合解析凡納濱對蝦氨氮和亞硝酸脅迫產(chǎn)生的應(yīng)激反應(yīng),以期為深入探究凡納濱對蝦氨氮和亞硝酸氮應(yīng)激反應(yīng)機(jī)制提供一定的理論基礎(chǔ),并為評估氨氮和亞硝酸氮對水生生物的環(huán)境影響提供分子水平的支持。本文主要研究結(jié)果如下:1.... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級別】：碩士

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Trinity組裝程序原理圖（Grabherretal2011）

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位論文20圖2-2HISAT2分析流程圖Fig.2-2HISAT2analysisflowchart2.10.6差異表達(dá)分析獲得各轉(zhuǎn)錄本或基因表達(dá)量信息后，通過如下流程對不同樣品組中的表達(dá)量進(jìn)行差異表達(dá)分析、差異表達(dá)基因功能注釋和功能富集等生物信息學(xué)分析：（1）采用DESeq軟件進(jìn)行樣品組間的差異表達(dá)分析，獲得兩個條件之間的差異表達(dá)基因集。在差異表達(dá)分析過程中采用了公認(rèn)有效的Benjamini-Hochberg方法對原有假設(shè)檢驗得到的顯著性P值（P-value）進(jìn)行校正，并最終采用校正后的P值，即FDR（Falsediscoveryrate）作為差異表達(dá)基因篩選的關(guān)鍵指標(biāo)，以降低對大量基因的表達(dá)值進(jìn)行獨(dú)立的統(tǒng)計假設(shè)檢驗帶來的假陽性。在篩選過程中，將FDR小于0.05且差異倍數(shù)FC（Foldchange）大于等于2作為篩選標(biāo)準(zhǔn)。其中，F(xiàn)C表示兩組間表達(dá)量的比值。隨后，采用R對差異表達(dá)基因進(jìn)行聚類分析和維恩圖分析標(biāo)膠組間的重疊關(guān)系；

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位論文263.1.2差異表達(dá)分析根據(jù)設(shè)置的FDR<0.05和FC>2閾值篩選氨氮脅迫后差異表達(dá)的基因，分析結(jié)果表明，在肝胰腺中，與LV-C相比，在LV-AT中篩選出612個DEGs，其中上調(diào)101個，下調(diào)511個；在LV-AS中篩選出1004個DEGs，其中上調(diào)287個，下調(diào)379個；LV-AS與LV-AT相比鑒定出166個DEGs，其中上調(diào)87個，下調(diào)79個（圖3-1A）。維恩分析表明，在LV-AT和LV-AS中的DEGs，一共有532個基因出現(xiàn)一致的表達(dá)，其中45個上調(diào)，477個下調(diào)（圖3-1A）。在鰓中，與LV-C相比，在LV-AT中篩選出313個DEGs，其中上調(diào)7個，下調(diào)306個；在LV-AS中篩選出379個DEGs，其中上調(diào)30個，下調(diào)349個；LV-AS與LV-AT相比鑒定出93個DEGs，其中上調(diào)61個，下調(diào)32個（圖3-1B），維恩分析表明，一共有306個DEGs在LV-AT和LV-AS中出現(xiàn)一致的表達(dá)，其中上調(diào)3個，下調(diào)303個（圖3-1B）。這表明氨氮脅迫后，大部分DEGs顯著下調(diào)，這些DEGs可能影響對蝦的正常生理功能，LV-AT和LV-AS相比，表現(xiàn)出不同的差異表達(dá)模式，這表明這兩個家系可能不同的氨氮應(yīng)激機(jī)制。圖3-1氨氮脅迫后差異表達(dá)分析氨氮脅迫后肝胰腺（A）和鰓（B）中DEGs的數(shù)量和維恩圖分析。“↑”和“↓”分別表示基因表達(dá)上調(diào)和下調(diào)。Fig.3-1Identificationofdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)afterammoniaexposure.

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3285573