貝類種類繁多,分布范圍廣泛,棲息環(huán)境多種多樣,外部的形態(tài)結(jié)構(gòu)以及生理解剖特點可以作為其分類的依據(jù)。然而,由于環(huán)境的變化,這些外部的分類特征具有極大的可塑性,這就給傳統(tǒng)的利用形態(tài)特征對貝類進(jìn)行分類鑒定帶來了諸多困難。DNA條形碼技術(shù)（DNA barcoding）是利用分子生物學(xué)技術(shù)對物種進(jìn)行分類的方法,主要是通過PCR擴(kuò)增和測序獲得一段標(biāo)準(zhǔn)同源序列,再將該序列進(jìn)行多重序列比對和聚類分析,從而將某一個物種準(zhǔn)確地歸為某一特定類群中的分類鑒定技術(shù)。雖然關(guān)于COI、12S、16S、18S和28S等基因作為DNA條形碼的研究已有很多,但對條形碼數(shù)據(jù)分析總結(jié)的研究依然很少,本研究挑選了具有代表性的新腹足目、簾蛤目、貽貝目和珍珠貝目的種類進(jìn)行條形碼數(shù)據(jù)分析,從而使實現(xiàn)條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的篩選驗證,以便應(yīng)用。首先,通過對新腹足目、簾蛤目、貽貝目、和珍珠貝目的COI、16S、18S和28S基因部分序列的分析,進(jìn)行DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的篩選�；贑OI基因的序列分析發(fā)現(xiàn),科間差異在基本集中在30%-70%之間,屬間差異集中在20%-50%之間,種內(nèi)差異集中在0.0%-7.5%之間,說明COI基因可以區(qū)到不同科、... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：92 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 引言
    1 DNA條形碼技術(shù)
        1.1 DNA條形碼的概念、原理
        1.2 DNA條形碼的標(biāo)準(zhǔn)
        1.3 DNA條形碼的優(yōu)勢
        1.4 DNA條形碼的分析流程
        1.5 DNA條形碼的分析方法
        1.6 DNA條形碼在海洋生物中的應(yīng)用
            1.6.1 DNA條形碼在魚類中的應(yīng)用
            1.6.3 DNA條形碼在貝類中的應(yīng)用
    2 分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)
        2.1 分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)的研究方法
        2.2 核苷酸序列的比對和系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建
第二章 貝類DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的篩選
    1 研究內(nèi)容
    2 方法
    3 結(jié)果與分析
        3.1 COI作為貝類DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的分析
            3.1.1 新腹足目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.1.1.1 新腹足目的科間間差異
                3.1.1.4 骨螺科的種內(nèi)差異
            3.1.2 簾蛤目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.1.2.1 簾蛤目各科間COI基因條形碼差異
                3.1.2.2 簾蛤目各科屬間COI基因條形碼差異
                3.1.2.3 簾蛤科文蛤?qū)賰?nèi)COI基因條形碼差異
                3.1.2.3 簾蛤科的種內(nèi)差異
                3.1.3.2 珍珠貝目的種內(nèi)差異
            3.1.4 貽貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.1.4.1 貽貝目的種間差異
                3.1.4.2 貽貝目的種內(nèi)差異
            3.1.5 總結(jié)
        3.2 16S作為貝類DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的分析
            3.2.1 簾蛤目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.2.1.1 簾蛤目的科間差異
                3.2.1.3 文蛤?qū)賰?nèi)差異
                3.2.1.4 簾蛤科的種內(nèi)差異
            3.2.2 貽貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.2.2.1 貽貝科的屬間差異
                3.2.2.2 貽貝科的種內(nèi)差異
            3.2.3 珍珠貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.2.3.1 珍珠貝目的種間差異
                3.2.3.2 珍珠貝目的種內(nèi)差異
            3.2.4 新腹足目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.2.4.1 新腹足目的科間差異
                3.2.4.2 新腹足目各科屬間差異
                3.2.4.3 骨螺科的屬內(nèi)差異
                3.2.4.4 骨螺科的種內(nèi)差異
            3.2.5 總結(jié)
        3.3 18S作為貝類DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的分析
            3.3.1 簾蛤目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.3.1.1 簾蛤目的科間差異
                3.3.1.2 簾蛤目各科的屬間差異
                3.3.1.3 簾蛤目的種內(nèi)差異
            3.3.2 珍珠貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.3.2.1 珍珠貝目的種間差異
                3.3.2.2 珍珠貝目的種內(nèi)差異
            3.3.3 貽貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.3.3.1 貽貝目的種間差異
                3.3.3.2 貽貝目的種內(nèi)差異
            3.3.4 新腹足目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.3.4.1 新腹足目的科間差異
                3.3.4.2 新腹足目各科的屬間差異
                3.3.4.3 新腹足目的種內(nèi)差異
            3.3.5 總結(jié)
        3.4 28S作為貝類DNA條形碼標(biāo)準(zhǔn)基因的分析
            3.4.1 簾蛤目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.4.1.1 簾蛤目的科間差異
                3.4.1.2 簾蛤目各科的屬間差異
                3.4.1.3 簾蛤科的種內(nèi)差異
            3.4.2 貽貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.4.2.1 貽貝科的屬間差異
                3.4.2.2 貽貝科的種內(nèi)差異
            3.4.3 珍珠貝目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.4.3.1 珍珠貝目的種間差異
                3.4.3.2 珍珠貝目的種內(nèi)差異
            3.4.4 新腹足目的種間差異和種內(nèi)差異
                3.4.4.1 新腹足目的科間差異
                3.4.4.2 新腹足目各科的屬間差異
                3.4.4.3 骨螺科的種內(nèi)差異
            3.4.5 總結(jié)
    4 討論
第三章 貝類COI和 16S基因部分序列及系統(tǒng)分類分析
    1 研究內(nèi)容
    2 實驗材料與方法
        2.1 實驗材料
        2.2 DNA提取與PCR擴(kuò)增
        2.3 測序和數(shù)據(jù)處理
    3 實驗結(jié)果與分析
        3.1 COI基因部分序列的分析
        3.2 16S 基因部分序列的分析
    4 討論
第四章 魁蚶不同地理群體的遺傳多樣性及種群結(jié)構(gòu)
    1 材料與方法
        1.1 實驗材料
        1.2 基因組DNA提取和PCR擴(kuò)增
        1.3 測序和數(shù)據(jù)處理
    2 結(jié)果與分析
        2.1 COI、12S、18S和 28S序列的堿基組成及變異分析
        2.2 遺傳多樣性分析
    3 討論
        3.1 魁蚶五個群體的遺傳多樣性
        3.2 基于COI、12S、18S和 28S序列特征進(jìn)行群體鑒定和遺傳多樣性分析的可行性
參考文獻(xiàn)
作者簡介
碩士期間成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于線粒體COI序列探討安徽長江流域黃鱔群體遺傳分化[J]. 胡玉婷,江河,潘庭雙,凌俊,段國慶.  東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2016(02)
[2]基于線粒體COI基因的毛蚶群體遺傳多樣性[J]. 田吉騰,侯丫,劉志鴻,楊愛國,吳彪,周麗青,董春光.  海洋科學(xué). 2016(01)
[3]利用微衛(wèi)星標(biāo)記的魁蚶混交家系鑒定[J]. 孫楠,李琪,于紅,孔令鋒.  中國海洋大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2015(09)
[4]采用DNA條形碼技術(shù)對廈門海域魚卵、仔稚魚種類的鑒定[J]. 周美玉,陳驍,楊圣云.  海洋環(huán)境科學(xué). 2015(01)
[5]基于COⅠ基因的西南大西洋部分經(jīng)濟(jì)魚類DNA條形碼鑒定[J]. 張馨月,劉巖,張秀梅,高天翔.  水生生物學(xué)報. 2014(06)
[6]海南珠母貝屬Pinctada6個種的分類鑒定[J]. 溫海洋,石耀華,顧志峰,戰(zhàn)欣,王愛民.  熱帶生物學(xué)報. 2014(01)
[7]國內(nèi)動物DNA條形碼研究進(jìn)展評述[J]. 姚雪楠,劉越,薛堃,馮曉曉,張水仙,馬徐,李軍德.  中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報. 2013(06)
[8]魁蚶4個地理群體遺傳多樣性微衛(wèi)星分析[J]. 田吉騰,劉志鴻,楊愛國,吳彪,周麗青.  漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2013(06)
[9]浙江沿海斑尾刺蝦虎魚的DNA條形碼[J]. 顧翠平,高鵬,陳永久.  浙江海洋學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版). 2013(06)
[10]中國簾蛤目16種經(jīng)濟(jì)貝類DNA條形碼及分子系統(tǒng)發(fā)育的研究[J]. 王琳楠,閆喜武,秦艷杰,聶鴻濤,牛泓博,張國范.  大連海洋大學(xué)學(xué)報. 2013(05)

博士論文
[1]珍珠貝亞目和蚶目DNA條形碼與系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究[D]. 馮艷微.中國海洋大學(xué) 2012

碩士論文
[1]中國近海蚶總科（Arcoidea）貝類的系統(tǒng)發(fā)育及泥蚶（Tegillarca granosa）不同群體遺傳多樣性研究[D]. 劉春芳.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2014
[2]中國沿海頭足類DNA條形碼與分子系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 代麗娜.中國海洋大學(xué) 2012
[3]圍胸總目、短尾次目（甲殼動物亞門）DNA條形碼研究[D]. 原帥.山西師范大學(xué) 2012



本文編號：3253272