發(fā)布時(shí)間：2021-06-05 15:23

　　魚類擁有先天免疫系統(tǒng)和獲得性免疫系統(tǒng),但其更加依賴先天免疫系統(tǒng)以抵抗病原微生物（諸如病菌和病毒）的入侵。青魚是傳統(tǒng)的“四大家魚”之一,也是我國(guó)重要的淡水經(jīng)濟(jì)魚類。自然水體和養(yǎng)殖水體中細(xì)菌、病毒或者寄生蟲引起的疾病對(duì)青魚的健康養(yǎng)殖造成了嚴(yán)重的威脅。為了闡明青魚先天免疫機(jī)制,本論文對(duì)病原微生物刺激條件下青魚組織全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)序分析,同時(shí)對(duì)先天免疫相關(guān)IKKε/TBK1/IRF信號(hào)通路進(jìn)行了闡釋。本論文內(nèi)容之一是采用第三代測(cè)序技術(shù)對(duì)青魚進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,并通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析,主要研究結(jié)果如下:借助Pacbio Sequel測(cè)序系統(tǒng),將草魚呼腸孤病毒（GCRV）以及遲緩愛德華氏菌（Edwardsiella tarda）刺激之后的青魚脾臟、肝臟和腎臟總RNA逆轉(zhuǎn)錄之后等量混合測(cè)序,得到的總reads數(shù)5663655條,總數(shù)據(jù)量為10.9 G。通過(guò)對(duì)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行質(zhì)量控制,得到高質(zhì)量的Isform 7183條,低質(zhì)量的Isform 49942條。結(jié)合之前得到的青魚二代轉(zhuǎn)錄組信息,從兩種質(zhì)量的Isform中篩選出35608條Unigene。通過(guò)BUSCO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行數(shù)據(jù)的完整性評(píng)估... 

【文章來(lái)源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：132 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序樣品RNA電泳圖

圖 2-2 原始序列長(zhǎng)度分布圖Figure 2-2 Length distribution of original sequence質(zhì)控 subreads 質(zhì)量較低且有嵌合體，經(jīng)過(guò) ccs、classify、，最終得到低質(zhì)量 Isoform 序列和準(zhǔn)確度大于 本次研究低質(zhì)量 Isoform 序列共 49942 條，最短低長(zhǎng)低質(zhì)量 Isoform 長(zhǎng)度 14754 bp，平均長(zhǎng)度為 24 7183 條，最短高質(zhì)量 Isoform 長(zhǎng)度 277 bp，最長(zhǎng)，平均長(zhǎng)度為 2519 bp。表 2-2 高、低質(zhì)量（hq、lq）Isoform 序列長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)表Table 2-2 Sequence length of high quality and low quality Iso列總堿基數(shù)（bp）最短序列 最長(zhǎng)序列

圖 2-3 高質(zhì)量（hq）全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度分布圖Figure 2-3 Distribution of high quality full length transcript圖 2-4 低質(zhì)量（lq）全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度分布圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3212418