免疫系統(tǒng)是機(jī)體執(zhí)行免疫應(yīng)答及免疫功能的重要系統(tǒng),機(jī)體內(nèi)很多蛋白受外界刺激后,會(huì)激活免疫系統(tǒng)。TRIM家族和USP家族蛋白在生命的多個(gè)過程中發(fā)揮著重要作用。三結(jié)構(gòu)域蛋白（Tripartite motif Protein,TRIM）是一種結(jié)構(gòu)保守的蛋白,在許多生物過程中發(fā)揮重要作用,例如細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期調(diào)節(jié)、細(xì)胞對(duì)病毒的應(yīng)答和炎癥反應(yīng)等。本研究選用免疫器官脾臟及TRIM47鯉魚中高表達(dá)組織腦作為實(shí)驗(yàn)材料,通過對(duì)敲除TRIM47斑馬魚的腦和脾進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,闡明TRIM47在斑馬魚中可能發(fā)揮的作用,以及研究USP5蛋白在天然免疫中發(fā)揮的作用及其機(jī)制探討。為進(jìn)一步了解硬骨魚類的天然免疫提供一定的理論基礎(chǔ)。主要內(nèi)容如下:1. 敲除TRIM47斑馬魚腦和脾的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析本研究采用CRISPR/Cas9技術(shù)敲除了斑馬魚的TRIM47基因,收集TRIM47^-/-（TRIM47敲除）和WT（野生型）斑馬魚的腦和脾臟進(jìn)行RNA-seq分析,鑒定差異表達(dá)基因（Difference Expression Genes,DEGs）。在這項(xiàng)研究中與野生型斑馬魚相比在敲除組鑒定出271個(gè)腦和... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

USP5預(yù)測(cè)四泛素結(jié)合位點(diǎn)的示意圖(Ningetal2019)

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文5圖1.2SVCV及其基因組示意圖(Ashrafetal2016)Figure1.2SchematicofSVCVanditsgenome(Ashrafetal2016)對(duì)于SVCV的檢測(cè)，現(xiàn)在已有多種針對(duì)SVCV的檢測(cè)方法，細(xì)胞培養(yǎng)以及酶聯(lián)免疫吸附和PCR結(jié)合法是其中最經(jīng)典的方法(王姝等2014)；還有使用SYBRGreenⅠ作為熒光染料的熒光定量(RT-PCR)法取檢測(cè)病毒，間接ELISA法，焦磷酸測(cè)序檢測(cè)法，流式細(xì)胞篩選法，數(shù)字RT-PCR法以及病毒核酸適配體篩選分析法(安偉等2015;高隆英等2002;劉瑤等2017;王津津等2015;吳斌等2015;于力等2017)。目前，大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用最廣泛的是細(xì)胞培養(yǎng)與PCR結(jié)合法以及熒光定量檢測(cè)法檢測(cè)SVCV。

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文61.5基因敲除技術(shù)的應(yīng)用近年來，有著設(shè)計(jì)簡(jiǎn)單、效率高、操作方便、成本低并且可同時(shí)進(jìn)行多位點(diǎn)編輯等優(yōu)勢(shì)的CRISPR/Cas9技術(shù),已成為當(dāng)今最熱的新一代基因編輯技術(shù)。CRISPR(聚簇有規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列)/Cas9(CRISPR相關(guān))基因組編輯系統(tǒng)已成為基礎(chǔ)生物醫(yī)學(xué)研究和治療應(yīng)用中最強(qiáng)大的平臺(tái)之一(Lietal2018)。簇狀規(guī)則間隔的回文重復(fù)序列(CRISPR)是指細(xì)菌基因組中的序列。當(dāng)與一系列CRISPR相關(guān)(Cas)蛋白結(jié)合使用時(shí)，可提供針對(duì)入侵病毒的保護(hù)。Cas9是一種內(nèi)切核酸酶的相關(guān)蛋白，可以切割兩條DNA鏈。通過人工合成單鏈，Cas9通過一段RNA定向至其靶標(biāo)，即為合成單向?qū)NA(sgRNA)；與基因組DNA結(jié)合的RNA片段為18–20個(gè)核苷酸。為了進(jìn)行切割，必須在指導(dǎo)RNA的3"端放置一個(gè)2至5個(gè)核苷酸的特定DNA序列(確切的序列取決于產(chǎn)生Cas9的細(xì)菌)：這稱為原間隔子相鄰基序。DNA切割后的修復(fù)可能通過兩種途徑進(jìn)行：非同源末端連接，通常會(huì)導(dǎo)致DNA的隨機(jī)插入/缺失，或同源指導(dǎo)的修復(fù)，其中將DNA的同源片段用作修復(fù)模板。后者允許精確的基因組編輯：具有所需序列改變的DNA同源部分可以與Cas9核酸酶和sgRNA一起提供，理論上允許精確到單個(gè)堿基對(duì)(如圖1.3Redmanetal2016)。圖1.3基因敲除示意圖(Redmanetal.2016)Figure1.3Geneknockoutschematic(Redmanetal.2016)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]鯉春病毒血癥病毒焦磷酸測(cè)序檢測(cè)技術(shù)的建立[J]. 劉瑤,尹偉力,張四化,岳志芹,孫濤.  水產(chǎn)科學(xué). 2017(04)
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[3]流式細(xì)胞儀在快速測(cè)定鯉春病毒血癥病毒滴度中的應(yīng)用[J]. 王津津,賈鵬,史秀杰,于力,阮周曦,鄭曉聰,何俊強(qiáng),蘭文升,宋思靜,劉葒.  中國動(dòng)物檢疫. 2015(09)
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[5]數(shù)字RT-PCR檢測(cè)鯉春病毒血癥的方法建立與應(yīng)用[J]. 吳斌,申翠翠,張晨曦,胡德聰,肇慧君,張琳.  中國動(dòng)物檢疫. 2015(07)
[6]鯉春病毒血癥監(jiān)測(cè)方法的應(yīng)用研究[J]. 王姝,曹歡,王小亮,王靜波,徐立蒲.  檢驗(yàn)檢疫學(xué)刊. 2014(06)
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[8]用RT-PCR法快速檢測(cè)鯉春病毒血癥病毒基因[J]. 高隆英,史秀杰,劉葒,江育林.  水生生物學(xué)報(bào). 2002(05)

博士論文
[1]斑馬魚tnni1b基因敲除導(dǎo)致心臟房室瓣膜發(fā)育異常的機(jī)制研究[D]. 蔡陳.華中科技大學(xué) 2018



本文編號(hào)：3210239