哈氏弧菌為華南沿海海水養(yǎng)殖地區(qū)常見的病原菌,對不同類型的海水養(yǎng)殖品種均造成了十分嚴(yán)重的危害。為了研究華南海水養(yǎng)殖地區(qū)哈氏弧菌的分子流行病學(xué)特征,探索哈氏弧菌致病機(jī)理,毒力基因分布情況、建立病原菌的快速檢測方法、研究毒力菌株的耐藥性以及基因組特征,為華南海水養(yǎng)殖地區(qū)的哈氏弧菌病害防治提供依據(jù),本文開展了哈氏弧菌感染實(shí)驗(yàn),分子分型以及特異性檢測生物標(biāo)記篩選、藥敏實(shí)驗(yàn)、毒力菌株全基因組序列分析等實(shí)驗(yàn),結(jié)果如下:1、成魚養(yǎng)殖場分離的46株哈氏弧菌經(jīng)RAPD及ERIC-PCR分型,均獲得一類主要的遺傳型菌株。其中,通過ERIC分型獲得的18株菌株命名為ERIC-1型菌株。以1×107CFU/mL菌液濃度分別對斜帶石斑魚（Epinepheluscoioides）攻毒感染,結(jié)果所有18株ERIC-1型菌株在2-6 h內(nèi)均致感染石斑魚死亡,表明它們具有強(qiáng)毒性,均為毒力菌株。并且,該類菌株對斜帶石斑魚的致死時間均短于哈氏弧菌毒力菌株已有的相關(guān)報道,表明在我國南方海水養(yǎng)殖區(qū)域流行的水產(chǎn)動物哈氏弧菌病原具有相似的遺傳背景,且很可能是一類有別于其他地區(qū)哈氏弧菌致病菌株的新的遺傳型。2、以哈氏弧菌致病菌株GDH... 

【文章來源】：海南大學(xué)海南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：134 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 哈氏弧菌及其危害
        1.1.1 哈氏弧菌命名
        1.1.2 哈氏弧菌的主要特征
        1.1.3 哈氏弧菌引起的疾病
        1.1.4 哈氏弧菌致病機(jī)理
        1.1.5 哈氏弧菌的防治
    1.2 細(xì)菌分型及哈氏弧菌分型
        1.2.1 細(xì)菌分型的定義
        1.2.2 細(xì)菌分型方法
            1.2.2.1 表型分型方法
            1.2.2.2 分子分型方法
        1.2.3 哈氏弧菌分型
        1.2.4 毒力菌株生物標(biāo)記篩選
    1.3 測序技術(shù)的發(fā)展
    1.4 哈氏弧菌全基因組測序
    1.5 本研究的目的意義
2 哈氏弧菌分型、致病菌篩選及菌落形態(tài)分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)儀器及試劑
        2.1.2 菌株
        2.1.3 石斑魚
        2.1.4 細(xì)菌DNA提取
        2.1.5 RAPD引物篩選
        2.1.6 RAPD-PCR分型
        2.1.7 ERIC-PCR分型
        2.1.8 聚類分析
        2.1.9 致病菌確定
        2.1.10 致病菌菌落形態(tài)描述
    2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.2.1 RAPD引物篩選
        2.2.2 RAPD分型
        2.2.3 ERIC-PCR分型
        2.2.4 毒性實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.2.5 重分離菌株RAPD鑒定
        2.2.6 致病菌的菌落形態(tài)
    2.3 討論
3 哈氏弧菌致病菌株的毒力基因PCR分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 細(xì)菌及引物
        3.1.2 毒力基因PCR分析
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 致病菌株中毒力相關(guān)基因分布
        3.2.2 非致病菌株中毒力相關(guān)基因分布
    3.3 討論
4 哈氏弧菌致病菌株P(guān)CR快速檢測方法建立
    4.1 材料與方法
        4.1.1 菌株
        4.1.2 生物標(biāo)記的確定
        4.1.3 引物設(shè)計篩選
        4.1.4 引物特異性驗(yàn)證
        4.1.5 引物靈敏度檢測
        4.1.6 序列
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 生物標(biāo)記克隆測序
        4.2.2 引物設(shè)計
        4.2.3 引物特異性驗(yàn)證
        4.2.4 引物靈敏度檢測
    4.3 討論
5 哈氏弧菌致病菌株GDH11385毒力特征及致病機(jī)理研究
    5.1 材料與方法
        5.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        5.1.2 菌株GDH11385對水產(chǎn)動物的毒性
            5.1.2.1 對不同水產(chǎn)動物的毒性檢測
            5.1.2.2 菌液的毒性來源檢測
            5.1.2.3 對斜帶石斑魚的LD_(50)測定
            5.1.2.4 感染石斑魚的組織病理學(xué)觀察
            5.1.2.5 不同感染方式對感染效果的影響
        5.1.3 哈氏弧菌對小白鼠的毒性檢測
            5.1.3.1 菌液制備
            5.1.3.2 腹腔注射感染
            5.1.3.3 病原確定
            5.1.3.4 感染患病小白鼠組織病理學(xué)檢查
            5.1.3.5 對小白鼠的LD_(50)計算
    5.2 結(jié)果
        5.2.1 哈氏弧菌GDH11385對不同水產(chǎn)動物的毒性
            5.2.1.1 對多種水產(chǎn)動物感染結(jié)果
            5.2.1.2 菌懸液毒性來源檢測結(jié)果
            5.2.1.3 對斜帶石斑魚的LD_(50)測定
            5.2.1.4 感染患病石斑魚的組織病理檢查
            5.2.1.5 不同感染方式對感染效果的影響
        5.2.2 哈氏弧菌對小白鼠的毒性檢測結(jié)果
            5.2.2.1 哈氏弧菌對小白鼠的感染結(jié)果
            5.2.2.2 感染患病小白鼠組織病理檢查
            5.2.2.3 菌株GDH11385對小白鼠的LD_(50)值測定
    5.3 討論
6 石斑魚育苗池弧菌調(diào)查及ERIC-1型菌株耐藥性分析
    6.1 材料與方法
        6.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        6.1.2 細(xì)菌分離鑒定
        6.1.3 細(xì)菌毒性鑒定
        6.1.4 ERIC分子分型
        6.1.5 藥敏實(shí)驗(yàn)
        6.1.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計
    6.2 結(jié)果
        6.2.1 細(xì)菌分離及感染結(jié)果
        6.2.2 ERIC-PCR分型
        6.2.3 藥敏實(shí)驗(yàn)
    6.3 討論
7 哈氏弧菌GDH11385菌株全基因序列測定及生物信息學(xué)分析
    7.1 材料與方法
        7.1.1 哈氏弧菌菌株
        7.1.2 哈氏弧菌的16s rDNA測序鑒定
        7.1.3 哈氏弧菌的基因組DNA提取及質(zhì)控
        7.1.4 細(xì)菌全基因組測序
            7.1.4.1 測序流程
            7.1.4.2 Pacbio RS Ⅱ建庫測序
            7.1.4.3 基因組序列的拼接組裝
            7.1.4.4 基因組成份分析
        7.1.5 基因的預(yù)測及注釋
            7.1.5.1 軟件預(yù)測分析
            7.1.5.2 基因的功能分析
            7.1.5.3 RNA分析
        7.1.6 哈氏弧菌毒力基因分析
            7.1.6.1 毒力島
            7.1.6.2 毒力因子
            7.1.6.3 水平轉(zhuǎn)移基因分析
            7.1.6.4 分泌系統(tǒng)基因簇分析
        7.1.7 比較基因組分析
    7.2 結(jié)果
        7.2.1 哈氏弧菌基因組DNA的提取及質(zhì)控
        7.2.2 哈氏弧菌系統(tǒng)給進(jìn)化地位
        7.2.3 Pacbio RSII測序結(jié)果統(tǒng)計分析
            7.2.3.1 測序數(shù)據(jù)原始統(tǒng)計
            7.2.3.2 哈氏弧菌GDH11385全基因組拼接組裝分析
            7.2.3.3 哈氏弧菌GDH11385基因預(yù)測與基因功能分析
            7.2.3.4 基因功能GO分類
            7.2.3.5 水平基因轉(zhuǎn)移分析
            7.2.3.6 基因島分析
            7.2.3.7 毒力基因
            7.2.3.8 細(xì)菌分泌系統(tǒng)
        7.2.4 哈氏弧菌GDH11385比較基因組分析
            7.2.4.1 哈氏弧菌比較
            7.2.4.2 與哈氏弧菌QT520全基因組比較分析
    7.3 討論
全文總結(jié)
主要創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
博士期間主要成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]海水養(yǎng)殖魚哈維弧菌分離株的耐藥譜型分析[J]. 曾德乾,馮娟,徐力文,蘇友祿,郭志勛.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2015(01)
[3]華南地區(qū)海水養(yǎng)殖魚類主要弧菌病原的分離與鑒定[J]. 崔婧,范雪亭,劉文竹,李紅月,周永燦,王世鋒,謝珍玉.  海南大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2014(03)
[4]海南養(yǎng)殖方斑東風(fēng)螺暴發(fā)性疾病病原分離鑒定及藥敏分析[J]. 劉巧紅,王世鋒,蔡巖,張晗,謝珍玉,郭偉良,馮永勤,周永燦.  漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展. 2014(01)
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博士論文
[1]哈氏弧菌種特異性分子標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)及其在哈氏弧菌快速診斷和免疫防治中的應(yīng)用[D]. 孫鯤.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2009

碩士論文
[1]海水養(yǎng)殖魚哈維弧菌分離株多位點(diǎn)序列分析及耐藥譜型研究[D]. 曾德乾.上海海洋大學(xué) 2014
[2]華南地區(qū)魚類病原哈維氏弧菌分型及其防治策略研究[D]. 崔婧.海南大學(xué) 2014
[3]湛江港網(wǎng)箱養(yǎng)殖海區(qū)水質(zhì)因子與細(xì)菌數(shù)量的關(guān)系及弧菌屬細(xì)菌的分布[D]. 鄺英朋.廣東海洋大學(xué) 2011
[4]牛結(jié)核病病原學(xué)調(diào)查及分子流行病學(xué)研究[D]. 杜艷芬.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2009



本文編號：3200164