半滑舌鰨和牙鲆是我國重要的水產(chǎn)養(yǎng)殖品種。這兩種鲆鰈魚雌雄個(gè)體的體型和生長速度差異極大，是研究性二態(tài)性的理想模型。之前的研究主要集中在遺傳標(biāo)記開發(fā)、遺傳圖譜構(gòu)建、生長及免疫相關(guān)功能基因克隆和性別決定與分化機(jī)制等，基因序列信息比較匱乏，到目前為止，NCBI數(shù)據(jù)庫中關(guān)于這兩種鲆鰈魚類的EST序列分別只有10,128條和16,275條。近些年來迅速發(fā)展的高通量測序技術(shù)使得對非模式生物組學(xué)水平的研究成為可能。本文利用454焦磷酸測序技術(shù)和Illumina測序技術(shù)分別對半滑舌鰨和牙鲆進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序，并進(jìn)行了初步分析。1)半滑舌鰨使用454焦磷酸測序技術(shù)對6個(gè)半滑舌鰨10種組織進(jìn)行了一個(gè)run的測序，總共得到約75萬的讀序，平均長度為235bp。經(jīng)過數(shù)據(jù)預(yù)處理后，得到了超過58萬的讀序，平均長度為206bp，占原始數(shù)據(jù)的77.9%。使用Newbler對讀序進(jìn)行組裝，得到62,632個(gè)isotigs，以及未參與組裝的98,262個(gè)讀序作為singlet，將二者聚類得到150,039個(gè)序列，作為unigene。isotigs長度范圍為100-1,665bp，平均長度為272bp，N50為303bp。i... 

【文章來源】：中國海洋大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：110 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    0 引言
    1 高通量測序技術(shù)的研究進(jìn)展
        1.1 454 焦磷酸測序技術(shù)
            1.1.1 454 測序的技術(shù)原理與工作流程
            1.1.2 454 測序的優(yōu)缺點(diǎn)
        1.2 Illumina 測序技術(shù)
            1.2.1 Illumina 測序的技術(shù)原理與工作流程
            1.2.2 Illumina 測序的優(yōu)缺點(diǎn)
        1.3 SOLiD 測序技術(shù)
            1.3.1 SOLiD 測序的技術(shù)原理與工作流程
            1.3.2 SOLiD 測序的優(yōu)缺點(diǎn)
        1.4 其它的測序技術(shù)
            1.4.1 PacBio 公司的單分子測序
            1.4.2 全基因組學(xué)公司連接測序法
            1.4.3 Ion Torrent 測序法
    2 高通量測序在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中的應(yīng)用
        2.1 蛋白編碼基因注釋
        2.2 基因表達(dá)譜
        2.3 分子標(biāo)記開發(fā)
        2.4 非編碼 RNA 檢測
        2.5 降解組測序
        2.6 轉(zhuǎn)錄本重排
        2.7 單細(xì)胞測序
    3 從頭開始（de novo）的轉(zhuǎn)錄組分析流程與常用方法
        3.1 質(zhì)量控制與預(yù)處理
        3.2 序列組裝
            3.2.1 基于基因組參考序列的轉(zhuǎn)錄組組裝
            3.2.2 從頭開始（de Novo）的轉(zhuǎn)錄組組裝策略
        3.3 基因注釋
            3.3.1 Blastx 注釋
            3.3.2 GO 分析
            3.3.3 KEGG 通路分析
        3.4 分子標(biāo)記檢測
        3.5 基因表達(dá)水平估計(jì)
    4 硬骨魚類基因組學(xué)研究進(jìn)展
        4.1 硬骨魚類的全基因組測序研究進(jìn)展
        4.2 硬骨魚類的轉(zhuǎn)錄組研究
        4.3 本研究的目的和意義
第二章 半滑舌鰨轉(zhuǎn)錄組的測序
    0 引言
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)動物
            1.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑與試劑盒
            1.1.3 儀器
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 RNA 提取
            1.2.2 RNA 純化
            1.2.3 RNA 檢測
            1.2.4 cDNA 第一鏈的合成
            1.2.5 cDNA 第二鏈的合成
            1.2.6 cDNA 純化
            1.2.7 瓊脂糖凝膠電泳回收
            1.2.8 均一化
            1.2.9 超聲打斷
            1.2.10 連接接頭
            1.2.11 測序
    2 結(jié)果
        2.1 RNA 提取
        2.2 文庫制備
        2.3 測序結(jié)果
    3 分析與討論
        3.1 文庫構(gòu)建
        3.2 測序方法
        3.3 測序質(zhì)量
第三章 半滑舌鰨轉(zhuǎn)錄組的生物信息學(xué)分析
    0 引言
    1 材料與方法
        1.1 軟件
        1.2 網(wǎng)址
        1.3 方法與軟件參數(shù)
            1.3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
            1.3.2 序列拼接
            1.3.3 聚類
            1.3.4 Blastx 注釋
            1.3.5 GO 注釋
            1.3.6 KEGG 注釋
            1.3.7 微衛(wèi)星篩選
            1.3.8 SNP 篩選
            1.3.9 轉(zhuǎn)座元件篩選
            1.3.10 組織特異序列篩選
    2 結(jié)果
        2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.2 序列拼接
        2.3 功能注釋
        2.4 分子標(biāo)記篩選
        2.5 轉(zhuǎn)座元件分析
        2.6 組織特異序列篩選
    3 分析與討論
        3.1 序列拼接
        3.2 功能注釋
            3.2.1 Blastx 注釋
            3.2.2 GO 注釋
            3.2.3 KEGG 通路分析
        3.3 分子標(biāo)記篩選
        3.4 轉(zhuǎn)座元件分析
        3.5 組織特異序列
第四章 牙鲆轉(zhuǎn)錄組的測序
    0 引言
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)動物
            1.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
            1.1.3 儀器
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 RNA 提取
            1.2.2 RNA 純化
            1.2.3 RNA 檢測
            1.2.4 測序文庫構(gòu)建
            1.2.5 Solexa 測序
    2 結(jié)果
        2.1 RNA 提取
        2.2 測序結(jié)果
    3 分析與討論
        3.1 454 焦磷酸測序與 Illumina 測序文庫構(gòu)建方法的比較
        3.2 454 焦磷酸測序與 Illumina 測序產(chǎn)出比較
第五章 牙鲆轉(zhuǎn)錄組的信息學(xué)分析
    0 引言
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        1.3 實(shí)驗(yàn)方法
            1.3.1 cDNA 合成
            1.3.2 PCR
            1.3.3 PCR 產(chǎn)物回收
            1.3.4 連接、轉(zhuǎn)化與測序
        1.4 軟件與網(wǎng)址
        1.5 網(wǎng)址
        1.6 方法與軟件參數(shù)
            1.6.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
            1.6.2 序列拼接
            1.6.3 Blastx 注釋
            1.6.4 GO 注釋
            1.6.5 KEGG 通路分析
            1.6.6 蛋白編碼框預(yù)測
            1.6.7 轉(zhuǎn)座元件分析
            1.6.8 可變剪切預(yù)測
            1.6.9 基因復(fù)制預(yù)測
    2 結(jié)果
        2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.2 序列拼接
        2.3 基因注釋
        2.4 編碼區(qū)預(yù)測
        2.5 轉(zhuǎn)座元件分析
        2.6 可變剪切分析
        2.7 基因加倍分析
    3 分析與討論
        3.1 454 焦磷酸測序與 Illumina 測序的選擇
        3.2 可變剪切
        3.3 基因加倍
第六章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄1 半滑舌鰨 454 焦磷酸測序文庫構(gòu)建所有接頭序列
致謝
個(gè)人簡歷
發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）策略及其數(shù)據(jù)在分子標(biāo)記開發(fā)上的應(yīng)用[J]. 李小白,向林,羅潔,胡標(biāo)林,田勝平,謝鳴,孫崇波.  中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2013(05)
[2]Sequence polymorphism of two major histocompatibility（MH）classⅡB genes and their association with Vibrio anguillarum infection in half-smooth tongue sole（Cynoglossus semilaevis）[J]. 李春梅,張全啟,于燕,李朔,鐘其旺,孫業(yè)盈,王志剛,齊潔,翟介明,王旭波.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(06)
[3]程序化設(shè)計(jì)的簡并引物克隆半滑舌鰨CYP17基因[J]. 陳彩芳,溫海深,何峰,董雙林.  中國海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2009(06)
[4]半滑舌鰨染色體核型分析[J]. 周麗青,楊愛國,柳學(xué)周,杜偉,莊志猛.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2005(03)



本文編號：3164033