柔魚（Ommastrephes batramii）、阿根廷滑柔魚（Illex argentinus）與莖柔魚（Dosidicus gigas）資源豐富且分布廣泛，是我國遠洋魷魚釣的主要捕撈對象。了解和掌握3種大洋性柔魚類的群體遺傳多樣性現(xiàn)狀及種群遺傳結(jié)構(gòu)是開展?jié)O業(yè)資源評估和科學(xué)管理的基礎(chǔ)。而開展分子系統(tǒng)地理學(xué)研究則有助于加強對3種柔魚類系統(tǒng)地理格局形成機制的理解以及進化歷程的揭示。為此，本文采用線粒體DNA（mtDNA）標記與微衛(wèi)星DNA（SSR）標記對北太平洋柔魚、西南大西洋阿根廷滑柔魚與東太平洋莖柔魚的種群遺傳結(jié)構(gòu)及分子系統(tǒng)地理學(xué)進行研究。研究結(jié)果如下：（1）采用磁珠富集法構(gòu)建了柔魚部分基因組微衛(wèi)星富集文庫，共檢測到68個陽性克隆，其中60個陽性克隆含有SSR。合成40對SSR引物對北太平洋柔魚進行PCR擴增，篩選出8個高度多態(tài)性SSR位點（PIC=0.726–0.958）。采用高通量測序技術(shù)平臺Illumina solexa構(gòu)建了莖柔魚pair-end （PE）文庫，共檢索到12503條含有SSR的contigs序列，有5177個位點可以設(shè)計引物。隨機合成100對引物對莖柔魚進行... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：154 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 分子系統(tǒng)地理學(xué)及其在頭足類中的應(yīng)用
        1.2.1 分子系統(tǒng)地理學(xué)的建立與發(fā)展
        1.2.2 頭足類分子系統(tǒng)地理學(xué)的研究進展
            1.2.2.1 頭足類的種群遺傳結(jié)構(gòu)
            1.2.2.2 頭足類系統(tǒng)地理格局
            1.2.2.3 影響頭足類系統(tǒng)地理格局的因素
            1.2.2.4 系統(tǒng)演化關(guān)系—從系統(tǒng)進化的角度探討頭足類的分布格局
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀及存在問題
        1.3.1 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.2 存在的問題
    1.4 研究內(nèi)容與意義
        1.4.1 研究內(nèi)容
        1.4.2 技術(shù)路線
        1.4.3 研究目的與意義
第二章 柔魚類 SSR 標記的分離、鑒定及通用性檢測
    2.1 柔魚 SSR 標記的分離與鑒定
        2.1.1 材料與方法
            2.1.1.1 實驗材料
            2.1.1.2 基因組 DNA 的提取
            2.1.1.3 微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建
            2.1.1.4 測序、引物設(shè)計及 SSR 標記的篩選
            2.1.1.5 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            2.1.1.6 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            2.1.1.7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        2.1.2 結(jié)果
            2.1.2.1 基因組 DNA 酶切與 SSR 目的片段的檢測
            2.1.2.2 陽性克隆的篩選與鑒定
            2.1.2.3 測序結(jié)果與 SSR 標記的篩選
            2.1.2.4 SSR 位點多態(tài)性
    2.2 莖柔魚 SSR 標記的分離與鑒定
        2.2.1 材料與方法
            2.2.1.1 實驗材料
            2.2.1.2 基因組 DNA 的提取
            2.2.1.3 PE 文庫的制備與測序
            2.2.1.4 引物設(shè)計及 SSR 標記的篩選
            2.2.1.5 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            2.2.1.6 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            2.2.1.7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        2.2.2 結(jié)果
            2.2.2.1 SSR 在莖柔魚基因組中的分布
            2.2.2.2 SSR 位點的多態(tài)性
    2.3 3種柔魚類 SSR 標記的通用性檢測
        2.3.1 材料與方法
            2.3.1.1 實驗材料
            2.3.1.2 基因組 DNA 的提取
            2.3.1.3 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            2.3.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            2.3.1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        2.3.2 結(jié)果
    2.4 討論
        2.4.1 SSR 標記的獲得方法
        2.4.2 SSR 標記的通用性檢測
        2.4.3 無效等位基因
第三章 北太平洋柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
    3.1 基于 mtDNA 標記的北太平洋柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
        3.1.1 材料與方法
            3.1.1.1 實驗材料
            3.1.1.2 基因組 DNA 的提取
            3.1.1.3 PCR 擴增
            3.1.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化與測序
            3.1.1.5 數(shù)據(jù)分析
        3.1.2 結(jié)果
            3.1.2.1 序列分析
            3.1.2.2 種群遺傳結(jié)構(gòu)
            3.1.2.3 群體歷史動態(tài)
    3.2 基于 SSR 標記的北太平洋柔魚種群遺傳結(jié)構(gòu)研究
        3.2.1 材料與方法
            3.2.1.1 實驗材料
            3.2.1.2 基因組 DNA 的提取
            3.2.1.3 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            3.2.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            3.2.1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        3.2.2 結(jié)果
            3.2.2.1 SSR 位點的多態(tài)性及群體的遺傳多樣性
            3.2.2.2 群體遺傳分化與種群遺傳結(jié)構(gòu)
    3.3 討論
        3.3.1 群體遺傳多樣性
        3.3.2 種群遺傳結(jié)構(gòu)與管理單元的劃分
        3.3.3 柔魚的生活史特征及棲息地海洋環(huán)境條件
        3.3.4 群體歷史動態(tài)
第四章 西南大西洋阿根廷滑柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
    4.1 基于線粒體 DNA 標記的阿根廷滑柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
        4.1.1 材料與方法
            4.1.1.1 實驗材料
            4.1.1.2 基因組 DNA 的提取
            4.1.1.3 PCR 擴增
            4.1.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化與測序
            4.1.1.5 數(shù)據(jù)分析
        4.1.2 結(jié)果
            4.1.2.1 序列分析
            4.1.2.2 群體遺傳多樣性
            4.1.2.3 群體遺傳分化
            4.1.2.4 群體歷史動態(tài)
    4.2 阿根廷滑柔魚 2 個產(chǎn)卵群遺傳變異的微衛(wèi)星分析
        4.2.1 材料與方法
            4.2.1.1 實驗材料
            4.2.1.2 基因組 DNA 的提取
            4.2.1.3 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            4.2.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            4.2.1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        4.2.2 結(jié)果
            4.2.2.1 SSR 位點多態(tài)性與群體遺傳多樣性
            4.2.2.2 群體間遺傳分化
    4.3 討論
        4.3.1 群體遺傳多樣性與遺傳分化
        4.3.2 阿根廷滑柔魚生活史特征及棲息地海洋環(huán)境條件
        4.3.3 群體歷史動態(tài)
第五章 東太平洋莖柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
    5.1 基于線粒體 DNA 標記的東太平洋莖柔魚分子系統(tǒng)地理學(xué)研究
        5.1.1 材料與方法
            5.1.1.1 實驗材料
            5.1.1.2 基因組 DNA 的提取
            5.1.1.3 PCR 擴增
            5.1.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化與測序
            5.1.1.5 數(shù)據(jù)分析
        5.1.2 結(jié)果
            5.1.2.1 序列分析
            5.1.2.2 群體遺傳多樣性
            5.1.2.3 群體間遺傳分化
            5.1.2.4 群體歷史動態(tài)
    5.2 基于 SSR 標記的莖柔魚赤道海域群體與秘魯外海群體遺傳變異分析
        5.2.1 材料與方法
            5.2.1.1 實驗材料
            5.2.1.2 基因組 DNA 的提取
            5.2.1.3 微衛(wèi)星 PCR 擴增
            5.2.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化及其分子量數(shù)據(jù)的讀取
            5.2.1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析
        5.2.2 結(jié)果
            5.2.2.1 SSR 位點的多態(tài)性
            5.2.2.2 群體遺傳多樣性及群體間遺傳分化
    5.3 秘魯外海莖柔魚大型群與中型群的遺傳變異分析
        5.3.1 材料與方法
            5.3.1.1 實驗材料
            5.3.1.2 基因組 DNA 的提取
            5.3.1.3 PCR 擴增
            5.3.1.4 PCR 產(chǎn)物的純化、測序及分子量數(shù)據(jù)的讀取
            5.3.1.5 數(shù)據(jù)分析
        5.3.2 結(jié)果
            5.3.2.1 Cytb 與 COⅠ基因片段序列分析
            5.3.2.2 群體遺傳多樣性
            5.3.2.3 群體間遺傳分化
    5.4 討論
        5.4.1 群體遺傳多樣性
        5.4.2 種群遺傳結(jié)構(gòu)及管理單元的劃分
        5.4.3 莖柔魚的生活史特征及棲息地海洋環(huán)境條件
        5.4.4 群體歷史動態(tài)
第六章 柔魚類分子系統(tǒng)學(xué)研究
    6.1 分子系統(tǒng)學(xué)及其在頭足類中的應(yīng)用
    6.2 柔魚類分子系統(tǒng)學(xué)研究
        6.2.1 材料與方法
            6.2.1.1 樣本采集與基因組 DNA 的提取
            6.2.1.2 PCR 擴增及測序
            6.2.1.3 數(shù)據(jù)分析
        6.2.2 結(jié)果
            6.2.2.1 序列分析
            6.2.2.2 種間分化時間
        6.2.3 討論
第七章 主要結(jié)論與展望
    7.1 主要結(jié)論
    7.2 存在的問題與展望
參考文獻
博士期間科研情況
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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[2]阿根廷滑柔魚2個產(chǎn)卵群體遺傳變異的微衛(wèi)星分析[J]. 劉連為,陳新軍,許強華,傅建軍.  海洋漁業(yè). 2013(02)
[3]A comparison of fishery biology of jumbo flying squid, Dosidicus gigas outside three Exclusive Economic Zones in the Eastern Pacific Ocean[J]. 劉必林,陳新軍,易倩.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2013(03)
[4]分子系統(tǒng)學(xué)研究進展[J]. 陳軍,李琪,孔令鋒.  生命科學(xué). 2013(05)
[5]細角螺微衛(wèi)星DNA富集文庫構(gòu)建及特征分析[J]. 李清薈,陳曉姣,黎中寶,曹媛鈺,陳麗娜,戴剛.  海洋科學(xué). 2013(04)
[6]頭足綱線粒體基因組結(jié)構(gòu)分析[J]. 趙娜娜,孟學(xué)平,申欣,程漢良,閻斌倫,鄭立波,朱笑琳,劉兆普.  水產(chǎn)科學(xué). 2013(03)
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博士論文
[1]西北太平洋兩種鮐屬魚類的分子系統(tǒng)地理學(xué)研究[D]. 程嬌.中國海洋大學(xué) 2013
[2]西北太平洋兩種海洋魚類的分子系統(tǒng)地理學(xué)研究及分子標記在褐牙鲆增殖放流中的應(yīng)用[D]. 宋娜.中國海洋大學(xué) 2011
[3]太平洋鯡和大頭鱈的群體遺傳學(xué)研究[D]. 劉名.中國海洋大學(xué) 2010
[4]中國明對蝦和日本囊對蝦遺傳多樣性及對蝦科系統(tǒng)學(xué)初步研究[D]. 李玉龍.中國海洋大學(xué) 2009

碩士論文
[1]3種重要經(jīng)濟頭足類微衛(wèi)星標記的分離及特性研究[D]. 左仔榮.中國海洋大學(xué) 2012
[2]東南太平洋莖柔魚種群結(jié)構(gòu)及其空間異質(zhì)性分析[D]. 賈濤.上海海洋大學(xué) 2011



本文編號：3153975