泥東風(fēng)螺（Babylonia lutosa）俗稱黃螺,在中國主要分布于海南、廣西、廣東和福建等地,為廣鹽性、廣溫性貝類。因其肉質(zhì)鮮美,營養(yǎng)豐富,近幾年已成為國內(nèi)十分暢銷的優(yōu)質(zhì)海產(chǎn)貝類,并以其生長快、價格高等優(yōu)點,已開發(fā)成海水養(yǎng)殖新種類。但因環(huán)境變化及過度捕撈使野生泥東風(fēng)螺資源銳減,我國農(nóng)業(yè)部設(shè)立公益性科研專項項目以期恢復(fù)和保護(hù)泥東風(fēng)螺資源。本研究利用新一代高通量測序技術(shù)獲得泥東風(fēng)螺的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從中發(fā)掘EST-SSR標(biāo)記及含有EST-SSR序列的生長相關(guān)基因,并測定了泥東風(fēng)螺線粒體全基因組序列；然后利用開發(fā)的EST-SSR標(biāo)記和線粒體標(biāo)記基因測序?qū)σ吧后w進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳多樣性分析,以開發(fā)的標(biāo)記對人工養(yǎng)殖Fl代群體進(jìn)行生長性狀與EST-SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析,尋找生長相關(guān)的分子標(biāo)記,以期為泥東風(fēng)螺種質(zhì)資源保護(hù)、人工增殖效果評估和分子標(biāo)記輔助選育提供參考。主要研究結(jié)果如下研究結(jié)果如下：1、基于高通量測序的泥東風(fēng)螺轉(zhuǎn)錄組分析利用高通量測序技術(shù)從泥東風(fēng)螺腹足和肝胰腺混合RNA樣本中獲得119,113條高質(zhì)量Unigenes,篩選得到13,962個EST-SSR,共有109,359個Unige... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組測序流程

細(xì)胞組分（ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、生物學(xué)過程進(jìn)（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ）行分類，通過ＧＯ注釋’??對可Ｗ對比上的基因進(jìn)行總的功能分類分析。ＫＥＧＧ分析通過網(wǎng)上的ＫＥＧＧ自動注釋??服務(wù)（ＫＡＡＳ）來實現(xiàn)［１２１］。對泥東風(fēng)螺的轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程見圖２－２。??１９??

?＼?Ｊ??圖２－２轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐ化ｍｅ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２結(jié)果與分析??２．１?ＲＮＡ提取和轉(zhuǎn)錄組文庫的構(gòu)建??獲得高質(zhì)量的ＲＮＡ是構(gòu)建高質(zhì)量４５４文庫的重要前提。試驗提取的３只泥東風(fēng)螺??的腹足和肝族腺組織總ＲＮＡ用１％瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計檢測。瓊脂糖凝??膠電泳檢測可見Ｈ條明顯條帶，紫外分光光度計ＯＤ２６０／２８０比值在１．８？２．２之間。結(jié)??果表明，ＲＮＡ提取質(zhì)量較好，總ＲＮＡ有較好的完整性，無明顯降解，蛋白質(zhì)和ＤＮＡ??污染很少，可Ｗ用于下步試驗。??２．２序列拼接和分析??對構(gòu)建的ｃＤＮＡ文庫的進(jìn)行高通量測序共獲得：測序共獲得５，０１５，２３６，０６４?ｂｐ數(shù)??據(jù)量，ＧＣ?含量為?５０．５４％其中?ｒｅａｄｓ?數(shù)?２４，８２９，４６０?條，ＣｙｃｌｅＱ２０?達(dá)到?１００％；ｄｅｎｏｖｏ?組??裝后共獲得１１９，１１３條Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，其中長度在１?ｋｂ?（＾上Ｕｎｉｇｅｎｅｓ有１６，８７７?條，Ｎ５０??２０??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]三角魴轉(zhuǎn)錄組分析與不同地理種群遺傳多樣性研究[D]. 聶竹蘭.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
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碩士論文
[1]雞TBC1D1基因的SNPs及其與屠宰性狀的關(guān)聯(lián)性研究[D]. 彭星.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
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本文編號：3062800