泥東風螺（Babylonia lutosa）俗稱黃螺,在中國主要分布于海南、廣西、廣東和福建等地,為廣鹽性、廣溫性貝類。因其肉質(zhì)鮮美,營養(yǎng)豐富,近幾年已成為國內(nèi)十分暢銷的優(yōu)質(zhì)海產(chǎn)貝類,并以其生長快、價格高等優(yōu)點,已開發(fā)成海水養(yǎng)殖新種類。但因環(huán)境變化及過度捕撈使野生泥東風螺資源銳減,我國農(nóng)業(yè)部設立公益性科研專項項目以期恢復和保護泥東風螺資源。本研究利用新一代高通量測序技術獲得泥東風螺的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從中發(fā)掘EST-SSR標記及含有EST-SSR序列的生長相關基因,并測定了泥東風螺線粒體全基因組序列；然后利用開發(fā)的EST-SSR標記和線粒體標記基因測序?qū)σ吧后w進行遺傳結構與遺傳多樣性分析,以開發(fā)的標記對人工養(yǎng)殖Fl代群體進行生長性狀與EST-SSR標記的關聯(lián)分析,尋找生長相關的分子標記,以期為泥東風螺種質(zhì)資源保護、人工增殖效果評估和分子標記輔助選育提供參考。主要研究結果如下研究結果如下：1、基于高通量測序的泥東風螺轉(zhuǎn)錄組分析利用高通量測序技術從泥東風螺腹足和肝胰腺混合RNA樣本中獲得119,113條高質(zhì)量Unigenes,篩選得到13,962個EST-SSR,共有109,359個Unige... 

【文章來源】：湖南農(nóng)業(yè)大學湖南省

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組測序流程

細胞組分（ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、生物學過程進（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ）行分類，通過ＧＯ注釋’??對可Ｗ對比上的基因進行總的功能分類分析。ＫＥＧＧ分析通過網(wǎng)上的ＫＥＧＧ自動注釋??服務（ＫＡＡＳ）來實現(xiàn)［１２１］。對泥東風螺的轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程見圖２－２。??１９??

?＼?Ｊ??圖２－２轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐ化ｍｅ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２結果與分析??２．１?ＲＮＡ提取和轉(zhuǎn)錄組文庫的構建??獲得高質(zhì)量的ＲＮＡ是構建高質(zhì)量４５４文庫的重要前提。試驗提取的３只泥東風螺??的腹足和肝族腺組織總ＲＮＡ用１％瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計檢測。瓊脂糖凝??膠電泳檢測可見Ｈ條明顯條帶，紫外分光光度計ＯＤ２６０／２８０比值在１．８？２．２之間。結??果表明，ＲＮＡ提取質(zhì)量較好，總ＲＮＡ有較好的完整性，無明顯降解，蛋白質(zhì)和ＤＮＡ??污染很少，可Ｗ用于下步試驗。??２．２序列拼接和分析??對構建的ｃＤＮＡ文庫的進行高通量測序共獲得：測序共獲得５，０１５，２３６，０６４?ｂｐ數(shù)??據(jù)量，ＧＣ?含量為?５０．５４％其中?ｒｅａｄｓ?數(shù)?２４，８２９，４６０?條，ＣｙｃｌｅＱ２０?達到?１００％；ｄｅｎｏｖｏ?組??裝后共獲得１１９，１１３條Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，其中長度在１?ｋｂ?（＾上Ｕｎｉｇｅｎｅｓ有１６，８７７?條，Ｎ５０??２０??

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]雞TBC1D1基因的SNPs及其與屠宰性狀的關聯(lián)性研究[D]. 彭星.四川農(nóng)業(yè)大學 2013
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本文編號：3062800