脊尾白蝦（Exopalaemon carinicauda）屬甲殼綱、十足目、長臂蝦科、白蝦屬,是一種中小型底棲蝦類。本研究利用脊尾白蝦轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),對脊尾白蝦微衛(wèi)星序列的特征進(jìn)行分析;篩選獲得具有遺傳多態(tài)性的微衛(wèi)星標(biāo)記;利用具有多態(tài)性的微衛(wèi)星標(biāo)記對3個脊尾白蝦近交系群體進(jìn)行遺傳多樣性分析,其主要研究成果如下:1.基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的脊尾白蝦微衛(wèi)星序列的簡單分析本實(shí)驗(yàn)室對脊尾白蝦眼柄和血液轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測序,選取其中微衛(wèi)星序列進(jìn)行拼接與篩選[1],從166,433條序列中共找到11633條微衛(wèi)星序列,其中,二核苷酸的核心重復(fù)最多,約占總數(shù)的53.75%;根據(jù)微衛(wèi)星核心重復(fù)序列的完美性程度進(jìn)行分類,發(fā)現(xiàn)完美型微衛(wèi)星是脊尾白蝦微衛(wèi)星序列中的優(yōu)勢類型;二核苷酸重復(fù)是比較活躍的重復(fù)類型。微衛(wèi)星核心重復(fù)序列的長短與其重復(fù)次數(shù)呈負(fù)相關(guān)。2.脊尾白蝦微衛(wèi)星標(biāo)記的分離及評價本研究通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)脊尾白蝦的微衛(wèi)星標(biāo)記,參照微衛(wèi)星側(cè)翼序列設(shè)計(jì)引物,篩選出多態(tài)性微衛(wèi)星引物。本實(shí)驗(yàn)中,自行設(shè)計(jì)了241對微衛(wèi)星引物,具有多態(tài)性的有33對。33個位點(diǎn),平均等位基因數(shù)為6.70（3¹1）,平均觀測... 

【文章來源】：上海海洋大學(xué)上海市

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 脊尾白蝦的生物學(xué)特征
        1.1.1 生物學(xué)形態(tài)
        1.1.2 生活環(huán)境
        1.1.3 生長與繁殖
        1.1.4 研究概況
    1.2 微衛(wèi)星標(biāo)記
        1.2.1 微衛(wèi)星原理
        1.2.2 微衛(wèi)星標(biāo)記特點(diǎn)
        1.2.3 微衛(wèi)星標(biāo)記分離方法
        1.2.4 微衛(wèi)星標(biāo)記在水生生物上的應(yīng)用
    1.3 近交系動物
        1.3.1 近交系動物的定義及特點(diǎn)
        1.3.2 近交系的研究進(jìn)展
    1.4 選題依據(jù)及研的究目的意義
第二章 脊尾白蝦轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 轉(zhuǎn)錄組信息的獲取
        2.1.2 微衛(wèi)星序列獲得
        2.1.3 轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星序列的簡單分析
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 脊尾白蝦轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星完美型程度的分析
        2.2.2 脊尾白蝦轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星序列重復(fù)類型的分析
        2.2.3 脊尾白蝦轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星重復(fù)單元堿基組成、重復(fù)次數(shù)及變異分析
    2.3 討論
第三章 脊尾白蝦微衛(wèi)星標(biāo)記的分離與檢測
    3.1 材料與方法
        3.1.1 試驗(yàn)材料
        3.1.2 主要儀器設(shè)備
        3.1.3 藥品與試劑
        3.1.4 主要溶液的配制
        3.1.5 試驗(yàn)方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 微衛(wèi)星引物的設(shè)計(jì)
        3.2.2 脊尾白蝦基因組DNA的提取結(jié)果
        3.2.3 引物PCR初步篩選
        3.2.4 微衛(wèi)星多態(tài)性引物分析
    3.3 討論
        3.3.1 快速銀染法
        3.3.2 人工讀帶的局限性
        3.3.3 微衛(wèi)星序列的篩選
        3.3.4 微衛(wèi)星標(biāo)記的多態(tài)性特征
第四章 脊尾白蝦近交系3個家系的遺傳多樣性評估
    4.1 材料與方法
        4.1.1 試驗(yàn)材料
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器和試劑
        4.1.3 微衛(wèi)星引物
        4.1.4 基因組DNA的提取
        4.1.5 脊尾白蝦近交系檢測方法
        4.1.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 總?cè)后w的遺傳變異
        4.2.2 家系間的遺傳變異
        4.2.3 世代間的遺傳變異
        4.2.4 近交程度
        4.2.5 遺傳距離與系統(tǒng)聚類
    4.3 討論
        4.3.1 脊尾白蝦近交群體的遺傳變異
        4.3.2 近交系的標(biāo)志位點(diǎn)
        4.3.3 近交系中特殊位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
碩士期間所得成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]脊尾白蝦抗細(xì)胞凋亡因子DAD1基因的克隆及其組織表達(dá)分析[J]. 段亞飛,劉萍,李吉濤,李健,高保全,陳萍.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2014(01)
[2]脊尾白蝦（Exopalaemon carinicauda）組織蛋白酶D基因的克隆及其表達(dá)分析[J]. 段亞飛,劉萍,李吉濤,李健,陳萍,高保全,徐文斐,王有昆.  海洋與湖沼. 2013(03)
[3]脊尾白蝦血細(xì)胞全長cDNA文庫的構(gòu)建及EST序列分析[J]. 段亞飛,劉萍,李吉濤,李健,陳萍.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2013(02)
[4]脊尾白蝦組織蛋白酶L基因的克隆及其表達(dá)分析[J]. 段亞飛,劉萍,李吉濤,李健,高保全,陳萍.  動物學(xué)研究. 2013(01)
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[6]脊尾白蝦3個野生群體ITS1序列分析及其親緣關(guān)系分析[J]. 馬朋,劉萍,李健.  水產(chǎn)學(xué)報. 2012(08)
[7]脊尾白蝦生物學(xué)特性與人工繁育的研究進(jìn)展[J]. 梁俊平,李健,劉萍,李吉濤,陳萍.  中國農(nóng)學(xué)通報. 2012(17)
[8]脊尾白蝦（Exopalaemon carinicauda）3個野生群體mtDNA 16S rRNA序列差異及長臂蝦科系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系[J]. 馬朋,劉萍,李健,李吉濤,高保全.  海洋與湖沼. 2012(01)
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[10]454測序技術(shù)在微生物生態(tài)學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 段曌,肖煒,王永霞,賴泳紅,崔曉龍.  微生物學(xué)雜志. 2011(05)

博士論文
[1]脊尾白蝦全人工繁育及繁殖相關(guān)基因的研究[D]. 梁俊平.中國海洋大學(xué) 2013
[2]白斑綜合征病毒（WSSV）三種重要囊膜蛋白的重組表達(dá)及在病害防控中的作用[D]. 孫玉苗.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2012
[3]稀有鮈鯽近交系的遺傳質(zhì)量檢測[D]. 邵燕.中國科學(xué)院研究生院（水生生物研究所） 2007
[4]DNA指紋技術(shù)在中國三種實(shí)驗(yàn)用小型豬分子遺傳檢測中的應(yīng)用[D]. 陳丙波.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005

碩士論文
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[2]基于轉(zhuǎn)錄組測序的四種鱖屬魚類微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)[D]. 瞿春梅.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[3]草魚親子親子關(guān)系的微衛(wèi)星鑒定[D]. 任昆.上海海洋大學(xué) 2013
[4]脊尾白蝦微衛(wèi)星引物篩選及群體遺傳多樣性分析[D]. 賈舒雯.中國海洋大學(xué) 2012
[5]夏南牛和皮南牛微衛(wèi)星標(biāo)記研究及生長發(fā)育模型的建立[D]. 劉博.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[6]脊尾白蝦微衛(wèi)星分離及其遺傳多樣性分析[D]. 朱曉宇.浙江大學(xué) 2010
[7]近交系紅鯽C1HD的RAPD和微衛(wèi)星標(biāo)記的分析[D]. 田智.南華大學(xué) 2007
[8]三角帆蚌微衛(wèi)星的分離及其遺傳多樣性分析[D]. 劉瑾.浙江大學(xué) 2007
[9]應(yīng)用21個微衛(wèi)星座位對廣西巴馬小型豬五個近交系群體的遺傳學(xué)分析[D]. 葉香塵.廣西大學(xué) 2006
[10]中國對蝦微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選[D]. 徐鵬.中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所） 2002



本文編號：2964692