南方鲇（Silurus meridionalis）又稱大口鲇,隸屬于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridae）,是我國特有的一種重要經(jīng)濟魚類。目前關(guān)于南方鲇的研究大多集中在繁殖生物學(xué)、比較解剖學(xué)、生理生態(tài)學(xué)等方面,而遺傳學(xué)方面的研究卻相對較少,更沒有其遺傳連鎖圖譜的相關(guān)報道。本研究借助RAD-seq技術(shù),開發(fā)了大量的SNP標(biāo)記并構(gòu)建了南方鲇高密度遺傳連鎖圖譜,這將為南方鲇數(shù)量性狀定位、比較基因組、經(jīng)濟性狀相關(guān)遺傳機制的解析、分子標(biāo)記輔助選育等研究提供有力工具;同時也為進(jìn)一步從基因組水平上解析鲇形目魚類生長、發(fā)育、繁殖、系統(tǒng)進(jìn)化、環(huán)境適應(yīng)機制等生物學(xué)問題提供重要基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。主要研究內(nèi)容如下:1、本研究以兩尾野生南方鲇作為親本,以其繁殖的100尾子代個體（F1代）作為作圖群體,對總共102個個體（父母本各一尾,100尾F1代個體）進(jìn)行RAD測序。選取EcoRI限制性內(nèi)切酶對作圖群體基因組進(jìn)行酶切,然后再構(gòu)建RAD文庫及高通量測序,以此來大批量的篩選SNP標(biāo)記。本研究根據(jù)親本的RAD數(shù)據(jù)總共篩選出了77,634個高質(zhì)量的多態(tài)SNP位點,其中42,447個SNP來自于堿基間的... 

【文章來源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1 遺傳圖譜構(gòu)建概述
        1.1 遺傳圖譜構(gòu)建的理論基礎(chǔ)
        1.2 遺傳圖譜構(gòu)建方法
        1.3 遺傳圖譜應(yīng)用
    2 單核苷酸多態(tài)性（SNP）及其應(yīng)用
        2.1 SNP的起源和突變機制
        2.2 SNP的優(yōu)勢
        2.3 SNP的應(yīng)用
    3 簡化基因組測序技術(shù)概述
        3.1 降低代表性測序
        3.2 RAD測序
        3.3 改進(jìn)的RAD測序技術(shù)
        3.4 降低覆蓋度測序分型
    4 魚類遺傳圖譜構(gòu)建研究進(jìn)展
        4.1 模式魚類遺傳圖譜研究
        4.2 養(yǎng)殖魚類遺傳圖譜
        4.3 鲇形目魚類遺傳圖譜
    5 本研究目的和意義
第2章 南方鲇高通量SNP標(biāo)記的開發(fā)及驗證
    1 引言
    2 材料與方法
        2.1 作圖群體的構(gòu)建
        2.2 基因組DNA提取
        2.3 DNA濃度與純度的檢測
        2.4 RAD測序文庫的構(gòu)建及測序
        2.5 RAD測序數(shù)據(jù)的預(yù)處理和SNP分型
        2.6 Sanger測序驗證分型準(zhǔn)確性
    3 結(jié)果
        3.1 作圖群體的選擇與基因組DNA的提取
        3.2 RAD測序及初始數(shù)據(jù)的過濾
        3.3 SNP識別及基因型分型
        3.4 Sanger測序驗證分型準(zhǔn)確性
    4 討論
        4.1 利用RAD測序技術(shù)開發(fā)SNP標(biāo)記
        4.2 Sanger測序驗證分型準(zhǔn)確性
        4.3 利用高通量測序技術(shù)進(jìn)行標(biāo)記開發(fā)的策略
    5 小結(jié)
第3章 南方鲇高密度遺傳圖譜的構(gòu)建及利用JOINMAP 4.0 對遺傳圖譜的驗證
    第1節(jié) 南方鲇高密度遺傳圖譜的構(gòu)建
        1 引言
        2 材料與方法
            2.1 實驗材料
            2.2 實驗方法
        3 結(jié)果
            3.1 高密度遺傳圖譜的構(gòu)建
            3.2 基因組長度估計和圖譜覆蓋度估計
        4 討論
        5 小結(jié)
    第2節(jié) 利用JOINMAP 4.0 對遺傳圖譜的驗證
        1 引言
        2 材料與方法
            2.1 實驗材料
            2.2 實驗方法
        3 結(jié)果
            3.1 經(jīng)標(biāo)記篩選后得到的遺傳圖譜
            3.2 用JoinMap作圖得到的遺傳圖譜
        4 討論
            4.1 經(jīng)標(biāo)記篩選后的遺傳圖譜與之前所構(gòu)遺傳圖譜的比較
            4.2 兩種作圖軟件所構(gòu)遺傳圖譜的比較
        5 小結(jié)
結(jié)論與展望
    1 研究結(jié)論
    2 展望
參考文獻(xiàn)
縮略表
致謝
在校期間科研實踐情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]南方鲇幼魚運動代謝的個體變異和重復(fù)性及其饑餓響應(yīng)[J]. 曾令清,彭韓柳依,王健偉,龐旭,曹振東,付世建.  水產(chǎn)學(xué)報. 2015(01)
[2]鏡鯉體長性狀的QTL定位分析[J]. 張?zhí)炱?張曉峰,譚照君,曹柱,王宣朋,李文升,儲志遠(yuǎn),孫效文.  遺傳. 2011(11)
[3]大口鲇微衛(wèi)星標(biāo)記在三個鲇形目魚類種群間適用性研究[J]. 吳旭東,連總強,侯玉霞,李力,肖偉.  水生生物學(xué)報. 2011(04)
[4]黃顙魚遺傳圖譜構(gòu)建及生長相關(guān)性狀的QTL定位[J]. 葛學(xué)亮,尹洪濱,畢冰,孫中武.  水產(chǎn)學(xué)報. 2010(02)
[5]南方鲇和鲇線粒體DNA 16SrRNA基因片段的RFLP對比分析[J]. 王慶容,王乾興,李學(xué)英,王大忠.  遵義師范學(xué)院學(xué)報. 2008(01)
[6]水產(chǎn)養(yǎng)殖動物遺傳連鎖圖譜及QTL定位研究進(jìn)展[J]. 常玉梅,孫效文.  動物學(xué)研究. 2006(05)
[7]飼料碳水化合物水平對南方鲇生長的影響[J]. 付世建,謝小軍.  水生生物學(xué)報. 2005(04)
[8]分子標(biāo)記的種類及其發(fā)展[J]. 黎裕,賈繼增,王天宇.  生物技術(shù)通報. 1999(04)
[9]南方鲇繼饑餓后的恢復(fù)生長[J]. 鄧?yán)?張波,謝小軍.  水生生物學(xué)報. 1999(02)
[10]南方鲇的繁殖生物學(xué)研究：性腺發(fā)育及周年變化[J]. 張耀光,謝小軍.  水生生物學(xué)報. 1996(01)

博士論文
[1]櫛孔扇貝（Chlamys farreri）高密度圖譜構(gòu)建和基因組框架圖繪制[D]. 付曉騰.中國海洋大學(xué) 2014

碩士論文
[1]黃顙魚（Pelteobagrus fulvidraco）SRAP遺傳圖譜的構(gòu)建[D]. 辛文婷.東北林業(yè)大學(xué) 2009



本文編號：2907272