弧唇裂腹魚Schizothorax curvilabiatus隸屬于鯉科(Cyprinidae)裂腹魚亞科(Schizothoracinae)裂腹魚屬(Schizothorax),分布在雅魯藏布江下游干支流及察隅河,為西藏特有魚類。本研究首先利用特異性位點擴(kuò)增片段測序技術(shù)(SLAF-seq)構(gòu)建了弧唇裂腹魚的SLAF文庫,開發(fā)了大量的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點,分析了兩個弧唇裂腹魚群體的遺傳多樣性和親緣關(guān)系,同時挖掘了受選擇基因的功能,分析了造成上述結(jié)果的原因,獲得的主要結(jié)論如下:1.實驗選擇RsaⅠ+HaeⅢ的內(nèi)切酶組合來酶切弧唇裂腹魚基因組,將日本晴水稻(Oryza sativa ssp.japonica)作為對照組,利用Illumina測序平臺對20條弧唇裂腹魚測序,本實驗共獲得379129個SLAF標(biāo)簽,標(biāo)簽的平均測序深度為147.94x,其中,多態(tài)性SLAF標(biāo)簽有156262個,共獲得506990個SNP位點。2.從實驗獲得的506990個SNP位點中,根據(jù)完整度(INT)≥0.5,次要基因型頻率(MAF)0.05過濾,篩選出154224個高一致性的SNP位點用于群體遺傳學(xué)分析。墨脫群體和易貢湖群體的觀測等位基因數(shù)、期望等位基因數(shù)、觀測雜合度、期望雜合度、Nei’s多樣性指數(shù)、香農(nóng)指數(shù)、多態(tài)性信息含量分別為:2.0000、1.6077、0.3577、0.3586、0.4061、0.5371、0.2877和2.0000、1.5149、0.2867、0.3149、0.3283、0.4842、0.2569。3.通過使用上述SNP位點對兩個弧唇裂腹魚群體進(jìn)行連鎖不平衡分析、系統(tǒng)發(fā)育分析、主成分分析、群體聚類分析、選擇性清除分析,得知墨脫群體的遺傳多樣性高于易貢湖群體,兩群體之間僅產(chǎn)生了中等程度的遺傳分化,親緣關(guān)系較近,且兩群體間還可能存在少數(shù)個體的雙向交流。4.通過將選擇性清除得到的受選擇基因注釋到KOG、GO、KEGG數(shù)據(jù)庫并進(jìn)行富集分析,得知KOG功能分類中占有的基因數(shù)目最多的蛋白功能類別為信號轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制,GO功能注釋富集顯示兩群體間變異基因最多的條目為細(xì)胞代謝過程,KEGG通路功能注釋富集表明了兩群體間最大的差異在于蛋白質(zhì)的消化和吸收上。我們推測兩群體所生活的環(huán)境中餌料豐度可能存在差距,是導(dǎo)致了易貢湖弧唇裂腹魚的群體遺傳多樣性低于墨脫群體的主要原因,這種差距也可能是導(dǎo)致墨脫的弧唇裂腹魚個體上溯至易貢湖的原因之一。
【學(xué)位單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

產(chǎn)生高密度的標(biāo)記，僅需有充分且分布均勻的 SNP 遺傳標(biāo)大而廉價的 SLAF- seq 簡化基因組測序技術(shù)應(yīng)運而生。外對于弧唇裂腹魚的研究幾乎沒有，本章實驗利用 SLAF-seq簡化基因組測序并開發(fā) SNP，填補(bǔ)弧唇裂腹魚的研究空白，魚種質(zhì)資源提供基礎(chǔ)。方法料弧唇裂腹魚樣本于 2018 年 10 月采集，主要分布區(qū)域雅魯藏29.45°N，95.42°E，海拔 720-739m）采集樣本 5 尾（MT1-M藏布江一級支流）的一級支流易貢藏布易貢湖段（30.21°N，00m）采集樣本 15 尾（YG1-YG15），采樣點圖如圖 2-2。取中，帶回實驗室后及時保存于-20℃冰箱中備用。

圖 2-2 弧唇裂腹魚采樣點Fig 2-2Sampling locations of Schizothorax curvilabiatus.2 基因組 DNA 的制備采用改進(jìn)的酚-氯仿法提取基因組 DNA，紫外分光光度法與瓊脂糖凝膠電泳檢提取質(zhì)量，測定基因組 DNA 的濃度。將提取的基因組 DNA 置于-20℃冰箱中備。.2.1 基因組 DNA 的提取稱取弧唇裂腹魚尾鰭組織 0.1 g，放入盛有 300 μL 組織提取液（Tris-Cl 10 mM，TA 0.1 M，SDS 0.5%，pH = 8.0）的 1.5 mL 離心管中，充分剪碎至勻漿狀態(tài) ，加 300 μL 組織提取液和 5 μL 蛋白酶 K（20 mg /mL），充分混勻，于 55℃水浴鍋化至澄清。加入 300 μLTris-飽和酚和 300 μL 氯仿抽提，充分混合 10 min，13000

圖 2-3 簡化基因組測序流程Fig 2-3 Specific-locus amplified fragment sequencing process方案與測序數(shù)據(jù)的評估日本晴水稻（Oryza sativa ssp. japonica）基因組（http://rapdb.dn對照組（Control），進(jìn)行相同程序的測序，以確定酶切方案實施件用于比對測序獲得的日本晴水稻的 reads 與參考基因組，計算不s 數(shù)量占總 reads 的比例（一條序列兩端在參考基因組上的比對跨 reads 占總 reads 的比例 paired-end mapped reads、一條序列兩端比對跨度小于50 bp或大于1 kb的reads占總reads的比例single-e比對到基因組上的 reads 占總 reads 的比例 unmapped reads），以效率是評價簡化基因組實驗是否成功的一個關(guān)鍵指標(biāo)�；蚪M上如環(huán)狀結(jié)構(gòu)域、連續(xù)酶切位點等）、基因組 DNA 樣品純度較低因素都可能影響限制性內(nèi)切酶的活性，導(dǎo)致部分酶切位點未被切
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本文編號：2835437