熊本牡蠣(Crassostrea sikamea)在日本、中國(guó)、韓國(guó)等地有自然分布,并被引種至美國(guó)進(jìn)行養(yǎng)殖。在我國(guó),熊本牡蠣是第四種牡蠣經(jīng)濟(jì)物種。隨著養(yǎng)殖規(guī)模的擴(kuò)大,利用少數(shù)個(gè)體進(jìn)行多代繁育可能會(huì)導(dǎo)致養(yǎng)殖群體遺傳多樣性降低,群體抗逆性下降,種質(zhì)資源退化等問(wèn)題出現(xiàn)。因此,開發(fā)熊本牡蠣的微衛(wèi)星引物,對(duì)于熊本牡蠣種質(zhì)資源的調(diào)查和遺傳多樣性進(jìn)行調(diào)查,對(duì)于熊本牡蠣的良種選育,促進(jìn)其養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展有十分重要的現(xiàn)實(shí)意義。(1)利用高通量測(cè)序的方法,從熊本牡蠣基因組中開發(fā)出20對(duì)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星引物。用臺(tái)山市下川島野生群體共28個(gè)個(gè)體對(duì)引物進(jìn)行了評(píng)價(jià),共擴(kuò)增出330個(gè)等位基因,等位基因數(shù)范圍為6~39,平均等位基因數(shù)為16.5;有效等位基因數(shù)(Ne)范圍為1.3529~33.3617;觀測(cè)雜合度(Ho)范圍為0.2000~1.0000;期望雜合度(He)范圍為0.2656~0.9877;香農(nóng)-威納指數(shù)(I)范圍為0.6483~3.5858;多態(tài)信息含量(PIC)范圍為0.2545~0.9692,共有16個(gè)位點(diǎn)符合Hardy-Weinberg平衡。利用這些位點(diǎn)對(duì)一個(gè)養(yǎng)殖群體進(jìn)行了遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)平均等位基因數(shù)為10.25;平均有效等位基因數(shù)(Ne)為5.8434。觀測(cè)雜合度(Ho)平均值為0.6391;期望雜合度(He)平均值為0.7636;Shannon-wiener指數(shù)(I)平均值為1.7914;多態(tài)信息含量(PIC)平均值為0.7207。發(fā)現(xiàn)熊本牡蠣養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性低于野生群體,但仍然維持在高度多態(tài)水平。本研究結(jié)果說(shuō)明在熊本牡蠣人工繁育過(guò)程中,使用大數(shù)量的親本進(jìn)行繁育,可有效防止選育群體的遺傳多樣性降低,但人工選育對(duì)選育群體的遺傳多樣性也產(chǎn)生了一定的影響。另外分析了這些引物在近緣種葡萄牙牡蠣、太平洋牡蠣、香港牡蠣、有明牡蠣、僧帽牡蠣、咬齒牡蠣以及舌骨牡蠣中的通用性情況,發(fā)現(xiàn)XB1-6、XB1-39、XB1-45三個(gè)位點(diǎn)在8個(gè)物種中均能擴(kuò)增出目的條帶,XB1-41僅能在熊本牡蠣中擴(kuò)增出目的條帶。(2)利用磁珠富集的方法,從熊本牡蠣中開發(fā)出18對(duì)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星引物。用珠海野生群體共26個(gè)個(gè)體對(duì)引物進(jìn)行了評(píng)價(jià),18個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記在野生群體中表現(xiàn)出較高的多態(tài)性。共擴(kuò)增出266個(gè)等位基因,每個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的等位基因數(shù)范圍為2~33,平均等位基因數(shù)為14.7778。有效等位基因數(shù)范圍為1.9600~26.8889;觀測(cè)雜合度(Ho)范圍為0.0714~0.9583;期望雜合度(He)范圍為0.5017~0.0.9852;Shannon-wiener指數(shù)(I)范圍為0.6829~3.4061;多態(tài)信息含量(PIC)范圍為0.3699~0.9615。其中10個(gè)位點(diǎn)偏離哈溫平衡,這可能與純合子過(guò)剩、奠基者效應(yīng)和無(wú)效等位基因等因素有關(guān)。這些引物具有較高的多態(tài)性,可用于后續(xù)對(duì)熊本牡蠣個(gè)體鑒定、群體遺傳多樣性研究、遺傳結(jié)構(gòu)分析、構(gòu)建遺傳圖譜等方面的研究。
【學(xué)位單位】：重慶師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

體（A）共提取 40 個(gè)個(gè)體的基因組 D體進(jìn)行群體遺傳多樣性分析。熊本牡因組 DNA，經(jīng)鑒定有 2 個(gè)非熊本牡蠣傳多樣性分析。及篩選結(jié)果引物：第一批 96 對(duì)引物（標(biāo)記為 XB92 對(duì)引物。進(jìn)行初步篩選后，共得到態(tài)性好、缺失少、擴(kuò)增出來(lái)的條帶穩(wěn)1 為位點(diǎn) XB2-12 和 XB2-10 初篩聚丙

重慶師范大學(xué)碩士學(xué)位論文 第二章 高通量測(cè)序開發(fā)熊本牡蠣微衛(wèi)星標(biāo)記MK359124 (GA)16TTGCATCTAACCGTTTACTATCG CAAATTTGAATATTTCTACATCMK359125 (CA)16CAAAAATTATGAAATTCAAGGCG ATAAGTCGAATGCTCTGCTTCAMK359126 (GAT)10TGCAAAAATAACACTAACGATGG TCATCATCATCATTTACCTTCCMK359127 (AC)14CGACACCTTTAAGATGCCTAGTG ATGGTAAACTTCCCAGATGCT

圖 3 位點(diǎn) XB1-39 近緣種通用性檢測(cè)Fig. 3 The results of transferability of locus XB1-39 in in related species of C. sikamea圖 4 位點(diǎn) XB1-41 近緣種通用性檢測(cè)Fig. 4 The results of transferability of locus XB1-41 in in related species of C. sikamea表 3 20 對(duì)引物近緣種通用性檢測(cè)Tab. 3 Thetransferability in related species of 20 loci聚丙烯酰電泳條帶大�。╞p）
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本文編號(hào)：2835226