【摘要】：巖扇貝(Crassadoma gigantea,Rock scallop)隸屬于軟體動物門、雙殼綱(Bivalvia)、扇貝目、扇貝科,最早發(fā)現(xiàn)于北美太平洋沿岸地區(qū),因具有個體大、生長速度快、抗逆性強、肉嫩味美等優(yōu)點,在國際市場備受青睞。為有效緩解國內(nèi)扇貝養(yǎng)殖品種少、病害頻發(fā)、產(chǎn)量低、死亡率高等問題,巖扇貝作為優(yōu)良品種于2012年被引進我國。目前,國內(nèi)外對巖扇貝分子遺傳學的研究較少。因此,本研究采用高通量轉(zhuǎn)錄組測序的方法和RNA-Seq技術(shù)對巖扇貝閉殼肌、鰓、外套膜及內(nèi)臟團的DNA混合物進行轉(zhuǎn)錄組文庫測序和分析。利用獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)巖扇貝微衛(wèi)星分子標記,為其遺傳多樣性分析和分子遺傳學研究奠定基礎(chǔ)。1.通過Illumina總共得到80,832,518條原始讀段,去除低質(zhì)量序列、rRNA和接頭序列后,得到77,306,198條(95.64%)干凈讀段。利用這些讀段進行組裝,共獲得到了158,855條轉(zhuǎn)錄本和96007條unigenes。利用生物信息學軟件,從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫19182條序列中獲得24795個微衛(wèi)星位點,其中每條序列包含微衛(wèi)星位點大于1的序列數(shù)量為4148,占比21.6%。二堿基重復5602個,三堿基重復1924個,四堿基重復186個,分別占微衛(wèi)星序列總數(shù)的22.6%,7.8%和0.8%。從中選取97對微衛(wèi)星序列設計引物,42個引物擴增出目的產(chǎn)物,利用30個巖扇貝個體檢測微衛(wèi)星的多態(tài)性,其中12個證明是有多態(tài)性的位點。進一步分析結(jié)果顯示等位基因數(shù)從3到9不等,平均為3.25個等位基因;觀測雜合度和期望雜合度分別為0.033~0.923和0.254~0.820,其中2個微衛(wèi)星位點顯著偏離哈迪溫伯格平衡(PHWE0.01)。2.本文采用PCR擴增和序列測定等技術(shù),對巖扇貝線粒體DNA 16S rRNA和COI基因片段進行了初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613bp-634bp之間,A,T,G,C的平均含量分別為26.5%,29.7%,24.5%和19.3%。COI基因片段的大小為660bp,堿基A,T,G,C的平均含量分別為17%,40%,27%和15%。16S在巖扇貝中擴增偏向使用以U或G結(jié)尾的密碼子,總使用度分別為12.76和8.02。其中GUU的同義密碼子使用度大于2,為16S在巖扇貝中偏好行使用次數(shù)最多的。COI系統(tǒng)進化樹表明與巖扇貝親緣關(guān)系最近的是櫛孔扇貝Azumapecten farreri,其次是Chlamys islandica。16S系統(tǒng)進化樹親緣關(guān)系由近到遠依次是Patinopecten caurinus,Mizuhopecten yessoensis,Chlamys islandica。轉(zhuǎn)錄組測序平臺展示了對巖扇貝物種快速開發(fā)分子資源的能力。這些新的多態(tài)性微衛(wèi)星標記對進一步的種群研究和保護遺傳學提供基礎(chǔ)資料。
【學位授予單位】：大連海洋大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S917.4
【圖文】：

人們生活水平顯著提高，對海產(chǎn)品的需求量增大，因此大多數(shù)人們選定到味道鮮美且富含高蛋白和氨基酸的貝類上。然而自然生長的貝類產(chǎn)量并種供不應求的局面刺激下，大部分地區(qū)的養(yǎng)殖海區(qū)對櫛孔扇貝 (Chlamys farr貝 (Patiopecten yesoensis)、海灣扇貝 (Argopecten irradians)等經(jīng)濟種類進行了密度養(yǎng)殖，從而引發(fā)了一系列問題:扇貝種質(zhì)退化、成貝產(chǎn)品規(guī)格較小，肉柱率病大面積死亡等，使得整個貝類養(yǎng)殖業(yè)經(jīng)濟效益下降。這些問題都直接或間接國貝類養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。

人們生活水平顯著提高，對海產(chǎn)品的需求量增大，因此大多數(shù)人們選定到味道鮮美且富含高蛋白和氨基酸的貝類上。然而自然生長的貝類產(chǎn)量并種供不應求的局面刺激下，大部分地區(qū)的養(yǎng)殖海區(qū)對櫛孔扇貝 (Chlamys farr貝 (Patiopecten yesoensis)、海灣扇貝 (Argopecten irradians)等經(jīng)濟種類進行了密度養(yǎng)殖，從而引發(fā)了一系列問題:扇貝種質(zhì)退化、成貝產(chǎn)品規(guī)格較小，肉柱率病大面積死亡等，使得整個貝類養(yǎng)殖業(yè)經(jīng)濟效益下降。這些問題都直接或間接國貝類養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。

釋文庫至 1.5ng/μl，隨后使用 Agilent 2100 對文庫的 insert size 進行檢測，insert size 符合期后，使用 Q-PCR 方法對文庫的有效濃度進行準確定量(文庫有效濃度 ＞2nM)，以保文庫質(zhì)量。庫檢合格后，把不同文庫按照有效濃度及目標下機數(shù)據(jù)量的需求 pooling 后行 Illumina HiSeq 測序。1.3 轉(zhuǎn)錄組生物信息分析流程測序得到的原始讀段（雙末端序列）進行數(shù)據(jù)評估、過濾，然后組裝得到該物種的igene 文庫，再利用 unigene 序列進行基因結(jié)構(gòu)注釋、表達分析和功能注釋等。轉(zhuǎn)錄組物信息分析流程如圖 2-1，2-2：

【參考文獻】

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本文編號：2773507