發(fā)布時間：2020-07-18 03:01

【摘要】：本文是基于線粒體DNA(mtDNA)對黃海脊腹褐蝦(Crangon affinis)和東海中國毛蝦(Acetes chinensis)群體的遺傳多樣性展開研究,并基于mtDNA COI基因部分片段建立DNA條形碼以鑒別東海10種常見蝦類(包含櫻蝦類的中國毛蝦)。為了了解黃海脊腹褐蝦群體的遺傳結(jié)構(gòu)及遺傳多樣性,我們在該海域的4個采樣點共采集到83個個體,并測得515 bp的線粒體16S rRNA基因序列。通過序列分析,共發(fā)現(xiàn)9個單倍型,6個多態(tài)位點,整體單倍型多樣度和核苷酸多樣度均較低,它們的值分別為0.6556±0.0403和0.0003±0.0005。構(gòu)建NJ系統(tǒng)發(fā)育樹,結(jié)果顯示黃海脊腹褐蝦并未出現(xiàn)世系分化。AMOVA分子方差分析結(jié)果和各采樣點間的兩兩遺傳分化指數(shù)F_(ST)分析結(jié)果均顯示黃海脊腹褐蝦群體間遺傳差異不顯著,這表明黃海脊腹褐蝦群體應(yīng)作為同一個漁業(yè)管理單元。核苷酸不配對分布分析及Tajima’s D和Fu’s Fs中性檢驗方法均顯示脊腹褐蝦經(jīng)歷過群體擴張,其擴張時間和群體擴張倍數(shù),分別為36.6(23.4~57.5)萬年前和760萬倍�；诰�粒體DNA 16S rRNA及COI基因部分片段,我們對東海中國毛蝦的群體遺傳結(jié)構(gòu)及遺傳多樣性進(jìn)行研究。(1)通過對4個采樣點的中國毛蝦共75個個體所獲得的線粒體16S rRNA長度為528 bp基因片段進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)4個單倍型,6個多態(tài)位點,整體單倍型多樣度和核苷酸多樣度均較低,它們的值分別為0.2800±0.0618和0.0020±0.0015;構(gòu)建單倍型鄰接樹,該有根樹顯示東海中國毛蝦不存在世系分支,AMOVA分子方差分析和各群體間的兩兩遺傳分化指數(shù)F_(ST)分析顯示B組與其它三組差異顯著;核苷酸不配對分布分析及兩個中性檢驗顯示中國毛蝦群體較為穩(wěn)定。(2)對4個采樣點的中國毛蝦所獲得的線粒體COI長度為658 bp基因片段進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)9個單倍型,32個多態(tài)位點,單倍型多樣度和核苷酸多樣度與其它蝦類相比也較低,其中世系Ⅰ的單倍型多樣度和核苷酸多樣度為0.4175±0.0729和0.0007±0.0007,世系Ⅱ的單倍型多樣度和核苷酸多樣度為0.2279±0.1295和0.0004±0.0005;構(gòu)建單倍型NJ系統(tǒng)發(fā)育樹,該有根樹顯示東海中國毛蝦存在不同的世系分支,AMOVA分子方差分析和各群體間的兩兩遺傳分化指數(shù)F_(ST)分析顯示B組與其它三組差異顯著;核苷酸不配對分布分析及兩個中性檢驗均顯示中國毛蝦群體經(jīng)歷過群體擴張事件,我們推算出世系Ⅰ和Ⅱ群體擴張時間分別為2.78(0.76~5.26)萬年前和15.20(1.97~17.73)萬年前,而世系Ⅰ和Ⅱ群體擴張倍數(shù),分別為400萬倍和160萬倍。通過對兩個不同的線粒體基因片段的比較,我們支持COI基因可能比16S rRNA基因要敏感,更適合作為海洋甲殼類生物群體遺傳多樣性分析的分子標(biāo)記。本文還擴增東海常見蝦類的線粒體COI基因,結(jié)合NCBI東海蝦類的線粒體COI序列,建立基于線粒體COI基因部分片段的DNA條形碼。在本研究中,10種蝦類的種間遺傳距離最小值為0.065(凹管鞭蝦和高脊管鞭蝦),而最大值為0.361(高脊管鞭蝦和安氏白蝦),符合Hebert等所推薦的物種鑒定最小種間遺傳距離。另外,我們計算出蝦類種間平均遺傳距離是種內(nèi)平均遺傳距離的17倍。通過分析,我們認(rèn)為更為合理和有效的DNA條形碼應(yīng)該是建立在一定樣本數(shù)量的基礎(chǔ)上,以確保不低估種內(nèi)差異的同時也不高估種間差異。此項研究有助于之后的特異性引物的設(shè)計以及為種類的快速鑒定提供基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：浙江海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：S917.4
【圖文】：

圖 1-1 脊腹褐蝦Fig 1.1 Crangon affinis脊腹褐蝦為雌雄異體，雌性腹部抱卵，常生活于沙質(zhì)或泥沙質(zhì)海底，喜潛入海沙中，為冷溫性蝦類[27-29]。該蝦類分布于東海北部和黃海等海域，且在冬春季北0 30′以北的海域數(shù)量較多，是拖蝦作業(yè)的兼捕對象[25,29]。其常被加工為飼料、蝦可鮮銷[25]。目前，國內(nèi)學(xué)者僅通過對不同海域進(jìn)行漁業(yè)資源調(diào)查，從而對脊腹褐蝦的資源有所了解，而國外學(xué)者僅限于對脊腹褐蝦的繁殖力、生長及攝食進(jìn)行過相關(guān)研究琳等[30]對舟山漁場春季的蝦類種類組成進(jìn)行研究，李華琳等[31]采用底拖網(wǎng)對遼寧島西南海域春、秋兩季的游泳動物進(jìn)行資源調(diào)查，以及逄志偉等[32]對黃海進(jìn)行漁源和環(huán)境綜合調(diào)查，都認(rèn)定脊腹褐蝦為優(yōu)勢種；Hong 等[33]研究了洛東江口脊腹雌雄比例、體長及卵徑；Natsukari 等[34]研究了日本脊腹褐蝦的懷卵量與甲殼長的。隨著分子生物技術(shù)的不斷發(fā)展，越來越多海洋生物的研究從宏觀走向了微觀。線粒體 DNA 的分子標(biāo)記技術(shù)已成功地應(yīng)用到諸多蝦類群體遺傳學(xué)的研究中，然

第一章 前 言，第 1 觸角鞭雌雄異型，第 2 觸角鞭特長且呈紅色，末 2 對步 2-5 個紅點[25]。春季，毛蝦從 50 m 水深以東的越冬場朝西月在沿岸低鹽淺水海域繁殖產(chǎn)卵，秋季逐漸向外側(cè)海域移動動習(xí)性，白天棲息于近底層，夜間密集于表層，適溫范圍在 ~ 32[25,36-37]。

圖 2-1 脊腹褐蝦采樣圖Fig 2.1 The sampling locations of Crangon affinis表 2-1 脊腹褐蝦樣品信息及 16S rRNA 的單倍型和核苷酸多樣度Tab 2.1 The sample information, haplotype (h) and nucleotide (π) diversity indices ofCrangon affinis采樣地點采樣時間樣品數(shù)量單倍型數(shù)目單倍型多樣度 核苷酸多樣度 平均堿基差異A 2018.12 27 5 0.6410±0.0792 0.0003±0.0005 0.1490±0.2178B 2018.10 15 4 0.7143±0.0807 0.0003±0.0005 0.1340±0.2105C 2018.10 25 5 0.6967±0.0651 0.0003±0.0005 0.1607±0.2275D 2018.11 16 5 0.6500±0.1083 0.0005±0.0006 0.2512±0.2974Total 83 9 0.6556±0.0403 0.0003±0.0005 0.1675±0.2276

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本文編號：2760308