發(fā)布時間：2020-07-09 17:34

【摘要】：鰻弧菌屬弧菌科,是全世界范圍內(nèi)海水養(yǎng)殖業(yè)中重要的魚類致病菌,能感染魚類患弧菌病。鑒于鰻弧菌對海水養(yǎng)殖業(yè)巨大危害,各國著重研究鰻弧菌毒力機制并開發(fā)相應(yīng)疫苗預(yù)防弧菌病。本實驗室從山東沿海感染弧菌病的鱸魚上分離出鰻弧菌MVM425強毒株,通過基因缺失和質(zhì)粒敲除構(gòu)建了鰻弧菌減毒活疫苗株MVAV6203,經(jīng)免疫效力評價表明該減毒活疫苗株具有良好的免疫保護率。本課題通過454、Illumina Solexa高通量測序及PCR法拼接,完成了鰻弧菌MVAV6203基因組測序。MVAV6203基因組含有兩條染色體,基因組平均GC含量為44.5%,其中大染色體Chr1為3,097,087 bp基因組精細圖,小染色體Chr2為2個super-contig組成的基因組草圖,大小約950 kb,Chr1含有2838個基因,Chr2約含有1000個基因�；蚪M序列分析表明Chr1基因組中含有溶血素、鞭毛蛋白、外膜蛋白等毒力相關(guān)基因,溫度、滲透壓應(yīng)激性和抗藥性等環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)基因大多存在于Chr2。在鰻弧菌MVAV6203基因組Chr2中發(fā)現(xiàn)超級整合子結(jié)構(gòu),大小約為60 kb,含有50～80個基因盒,基因盒大多編碼假定蛋白,部分基因盒攜帶博來霉素抗性基因和超級整合子穩(wěn)定性相關(guān)的RelBE毒素-抗毒素系統(tǒng)編碼基因。通過弧菌屬比較基因組學(xué)發(fā)現(xiàn),鰻弧菌MVAV6203與霍亂弧菌、創(chuàng)傷弧菌等弧菌進化距離很近,V.anguillarum毒力調(diào)控、致病機制及耐藥性研究可能與其他弧菌相類似。比較基因組學(xué)分析還對一系列弧菌屬中同源蛋白進行分類,獲得1895個弧菌屬同源蛋白。
【學(xué)位授予單位】：華東理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S941.4
【圖文】：

利用鐵結(jié)合蛋白的非特異性的防御機制。在霍亂弧菌、銅綠假單胞菌和痢疾桿菌屬中也逡逑分別發(fā)現(xiàn)了邋ｖｉｂｒｉｏｂａｃｔｉｎ、ｐｙｏｃｈｅｌｉｎ和ａｅｒｏｂａｃｔｉｎ等鐵載體類似的毒力因子『１６］。ｐＪＭｌ質(zhì)逡逑粒示意圖及鐵攝取系統(tǒng)模型如圖１．２所示。逡逑Ａ邐Ｂ邋Ｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎ－Ｆｅ邋Ａｎｇｕｉｂａｃｔｉｎ逡逑ｒｔ－邋＾邋４邐，＜」丨逡逑Ｉ邋＼邐Ｊ邋Ｊ邐／邐＼邐」Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ逡逑＼邋＼ｉｓｖ－Ａ２邐＾邐／Ｔｅ（ｌｌｌ）－Ａｎｇｕｉｂａｃｔ＞ｃｉ邋＼Ｖ邐ＴＡＦ邐ＪＪ逡逑Ｏｕｔｅｒ邋ｍｅｍｂｒａｎｅ逡逑噶邋Ｆｅｔ邋電邋＾ｊｇａｓｍｉｃ逡逑Ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ邋ｍｅｍｂｒａｎｅ逡逑Ｑ邐Ｃｅｌｌ邋ｃｙｔｏｓｏｌ逡逑圖１．２邋ｐＪＭｌ示意圖及鐵攝取系統(tǒng)模型１１６１逡逑Ｆｉｇ．邋１．２邐（Ａ）邋Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ邋ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋Ｋ邋ａｎｇｕｉｌｌａｒｕｍ邋ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ邋ｐｌａｓｍｉｄ邋ｐＪＭｌ；邋（Ｂ）邋Ｍｏｄｅｌ邋ｏｆ逡逑ｐＪＭｌ－ｍｅｄｉａｔｅｄ邋ｉｒｏｎ邋ｕｐｔａｋｅ邋ｓｙｓｔｅｍ邋ｉｎ邋Ｖ．邋ａｎｇｕｉｌｌａｍｍ．逡逑在對ｐＪＭｌ及其類似大質(zhì)粒研究發(fā)現(xiàn)，該類質(zhì)粒攜帶有鐵攝取系統(tǒng)相關(guān)基因，如鐵逡逑載體合成、運輸?shù)缺匦杌�。通過ｐＪＭｌ的質(zhì)粒序列分析，質(zhì)粒上存在鐵載體合成基因逡逑ａｗｇＧ１、ａｗｇｉＶ和洲ｇＭ等及鐵運輸基因為＾４、加和加１＿Ｄ，并且這逡逑

環(huán)狀染色體和若干個環(huán)狀質(zhì)粒。通過微生物的基因組序列可以了解編碼序列編碼的開放逡逑閱讀框（Ｏｐｅｎ邋ｒｅａｄｉｎｇ邋ｆｒａｍｅ，邋ＯＲＦｓ）、基因島（Ｇｅｎｏｍｅ邋ｉｓｌａｎｄｓ）、ＧＣ邋ｓｋｅｗｓ、ｒＲＮＡ邋操縱子逡逑等信息（圖１．６）。微生物基因組相對其他高等動物基因組而言，具有較高的編碼編碼密度，逡逑可達到９０％以上，平均每個基因大約為１０００邋ｂｐ。逡逑１．５．２微生物比較基因組學(xué)逡逑微生物比較基因組學(xué)是比較各微生物的全基因組序列，鑒定編碼序列（Ｃｏｄｉｎｇ逡逑ｓｅｑｕｅｎｃｅ，邋ＣＤＳ）、非編碼調(diào)控序列及物種的一些特定序列。通過基因組之間的序列比對，逡逑可以了解不同微生物在核苷酸組成、同線性關(guān)系和基因順序方面的差異，進而分析基因逡逑的預(yù)測、定位，可得到生物系統(tǒng)發(fā)生學(xué)上的進化關(guān)系等方面的信息。微生物中同一種屬逡逑的基因組數(shù)據(jù)一般具有較高的同源性，但是種內(nèi)基因組信息還是可能存在差異，主要表逡逑現(xiàn)在堿基的插入、刪除或突變。高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展產(chǎn)生了浩瀚的基因組數(shù)據(jù)

本實驗采用邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ邋旗下邋ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ邋公司的邋ｐＷＥＢ－ＴＮＣ邋Ｃｏｓｍｉｄ邋Ｃｌｏｎｉｎｇ邋Ｋｉｔ邋構(gòu)建逡逑ｃｏｓｍｉｄ文庫。ｐＷＥＢ－ＴＮＣ大小為５８１２ｂｐ，含有５ａｗＨＩ、五ｃｏＲＩ、Ａ＾Ｉ等酶切位點和氨逡逑芐青霉素抗性基因。Ｃｏｓｍｉｄ文庫構(gòu)建的技術(shù)路線如圖２．１。提取待測目的生物的基因組逡逑并純化獲得高質(zhì)量的基因組，ＤＮＡ隨機打斷后采用修復(fù)酶進行末端修復(fù)，通過低熔點逡逑的瓊脂糖包埋，進行脈沖場電泳篩選出３０？４５邋ｋｂ的ＤＮＡ片段并回收，加入ｐＷＥＢ－ＴＮＣ逡逑載體，經(jīng)過噬菌體包裝，涂氨芐青霉素抗性平板篩選單克隆保存于９６孔深孔板中。逡逑ｃｋ＞偷９，Ｒｅａ＾ｙ逡逑ＰＷＥＢ－ＨＶＩＣ邋＾逡逑ｆ魯？舍冷—逡逑Ｐｕｒｉｆｙ邋Ｇｅｎｏｍｔｃ邋ＲａｍｉｏｍＳｙ邋Ｓｈｅａｒ邋＆邐ＤＮＡ邋ｏｆ邋Ｃｏｉｒｅｃｔ邋Ｓｉｚｅ邋Ｐｅｒｆｏｍ？邋Ｉｎ－Ｇｅｌ邐Ｐａｃｋａｇｅ邋＆邐Ｓｃｒｅｅｎ逡逑ＤＮＡ邐Ｅｎｄ－Ｒｅｐａｉｒ邋ＤＭＡ邐Ｃｏ＾ｎｔｒａｔｅ邋Ｓｓｍｐｆｅ邐Ｌｉｇａｔｔｏｎ邐Ｔ敝逡逑圖２．１邋ｐＷＥＢ－ＴＮＣ邋Ｃｏｓｍｉｄ文庫構(gòu)建技術(shù)路線逡逑Ｆｉｇ．邋２．１邋Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ邋ｏｆ邋ａ邋ｃｏｓｍｉｄ邋ｌｉｂｒａｒｙ邋ｕｓｉｎｇ邋ｔｈｅ邋ｐＷＥＢ－ＴＮＣ邋Ｃｏｓｍｉｄ邋Ｃｌｏｎｉｎｇ邋Ｋｉｔ．逡逑２．３．５．２邐Ｃｏｓｍｉｄ邋文庫篩選逡逑根據(jù)前期對目的片段區(qū)域序列考察，設(shè)計了邋３對特異性引物，ＰＣＲ產(chǎn)物大小不一，逡逑用于篩選ｃｏｓｍｉｄ單克隆，命名為篩選引物Ｓ１Ｆ／Ｒ、Ｓ２Ｆ／Ｒ、Ｓ３Ｆ／Ｒ。將每塊９６孔板的每逡逑排各吸�。担板澹熬褐翜缇模牛泄苤�

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6 陳吉祥,于德華,李筠;魚類病原鰻弧菌致病相關(guān)因子及分子生物學(xué)[J];海洋科學(xué);2003年08期

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8 湯雪梅,丁彥懷,李玉,王濤;對蝦病原體鰻弧菌抗血清制備及其血清反應(yīng)[J];遼寧大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);1997年04期

9 孫承文;李杰;賴迎迢;江小燕;黃志斌;陶家發(fā);;大菱鲆鰻弧菌滅活疫苗原液發(fā)酵條件的優(yōu)化[J];微生物學(xué)雜志;2018年06期

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本文編號：2747773