【摘要】：金槍魚類(Tunas)是高度洄游的大洋魚類,一般是指金槍魚族(Thunnini)魚類,在分類學(xué)上隸屬于鱸形目(Perciformes),鯖科(Scombridae)。本研究測定了圓舵鰹、扁舵鰹、長鰭金槍魚和黃鰭金槍魚的線粒體基因組的全序列,其中,選取長鰭金槍魚線粒體全基因組序列作具體結(jié)構(gòu)分析,并基于13種金槍魚類的全序列作系統(tǒng)進(jìn)化分析,為金槍魚類的系統(tǒng)分類和物種鑒定提供新的科學(xué)依據(jù)。另外,鰹(Katsuwonus pelamis),作為重要的經(jīng)濟(jì)金槍魚之一,本研究還通過Cytb基因和控制區(qū)序列對12個鰹群體進(jìn)行分析,以期為漁業(yè)的有效管理提供重要的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。1鰹的遺傳多樣性研究:線粒體Cytb基因分析本研究通過Sanger測序得到92個鰹個體的Cytb基因序列,與Gen Bank數(shù)據(jù)庫中的139個個體序列一起作分析,共獲得205個單倍型;種群S17、HN、S19、NSX、S21單倍型多樣性最高,S1最低;核苷酸多樣性最低的是NSA群體,最高的是HN群體;Cytb基因序列的第1017個堿基為G,則其第1020個堿基為A的概率較高;Kimura雙參數(shù)模型評估種群間和種群內(nèi)的遺傳進(jìn)化分歧,S19的進(jìn)化分歧最大;NJ樹顯示,12個群體分為兩個類群,其中,S19群體形成一個單系類群,其他群體共同構(gòu)成另一個單系類群;Tajima’s D中性檢驗(yàn)顯示,群體S19、KS、S14、NSF顯著偏離平衡;Fu's Fs檢驗(yàn)顯示,11個群體(HN群體除外)均顯著偏離中性平衡;錯配分布圖均呈多峰,表明這11個鰹群體(HN群體除外)均未經(jīng)歷過近期的種群擴(kuò)張。2鰹的遺傳多樣性研究:線粒體D-loop序列分析本研究共測得92尾鰹的控制區(qū)序列,將之與NCBI下載的139個個體序列一起作分析。結(jié)果顯示,共有238個單倍型;核苷酸多樣性S14最高;KS群體遠(yuǎn)遠(yuǎn)偏離擬合h-S的方程曲線,且在曲線下方;種群內(nèi)進(jìn)化分歧S14群體最大,HN最小,種群間遺傳距離最大的是S14與S21以及S11與S14;NJ樹顯示,S14群體單獨(dú)成一支,其他11個群體為一支;錯配分布圖均呈多峰,說明這11個鰹群體近期均未經(jīng)歷種群擴(kuò)張。3長鰭金槍魚線粒體全基因組序列的測定和結(jié)構(gòu)分析設(shè)計13對引物測得長鰭金槍魚的線粒體序列全長16527bp,包括13個編碼蛋白質(zhì)或蛋白亞單位的基因、2個編碼r RNA基因,22個編碼t RNA基因,2個非編碼區(qū);各堿基含量分別是:A為28.37%,G為16.69%,T為25.46%,C為29.49%,堿基G的含量相對較低,有反G偏倚現(xiàn)象;各編碼蛋白質(zhì)或亞基基因的序列和控制區(qū)序列中,G堿基含量為11.90%(ATP8)~18.50%(COXI),G堿基含量明顯偏低;編碼蛋白質(zhì)或亞單位的基因序列、編碼t RNA的基因序列、編碼r RNA基因序列以及D-loop區(qū)序列都具有明顯的AT偏好性,特別是D-loop區(qū)序列,AT含量高達(dá)62.08%;編碼蛋白質(zhì)或亞單位的基因中,僅COXI基因的起始密碼子為GTG,其他均為ATG。終止密碼子有3種:有9個基因的終止密碼子為TAA;有2個基因(COXII,ND4)是不完全密碼子T;有一個基因(ND6)的終止密碼子為TAG;序列中存在明顯的基因重疊現(xiàn)象;與另一長鰭金槍魚序列比對,統(tǒng)計兩條序列的差異位點(diǎn)共95個,主要分布于D-loop區(qū)序列、編碼16S r RNA的基因序列和12個編碼蛋白質(zhì)或蛋白亞單位的基因序列(不包括ATP8基因),差異比最大的是D-loop區(qū)的序列。4基于線粒體全基因組序列對金槍魚類系統(tǒng)進(jìn)化的研究本研究測得圓舵鰹、扁舵鰹、長鰭金槍魚、黃鰭金槍魚四種金槍魚mt DNA全序列,又從Gen Bank數(shù)據(jù)庫下載了其他9種金槍魚線粒體基因組全序列一起分析,發(fā)現(xiàn)G+C含量高于47%的四種魚,均生活在熱帶水域;其中,生活在溫帶水域的南方藍(lán)鰭金槍魚,G+C含量僅為46%。熱帶和亞熱帶魚G+C含量較高,可能與它們的生活環(huán)境有關(guān)。基于GTR+G+I的最適模型構(gòu)建的ML系統(tǒng)進(jìn)化樹,和基于Kimura雙參數(shù)模型構(gòu)建的NJ樹,均表明這13種金槍魚類可分為2個大支,其中,金槍魚屬8種魚類構(gòu)成一支,支持率為100%;鮪屬、鰹屬和舵鰹屬構(gòu)成另外一支,支持率為100%;長鰭金槍魚和太平洋藍(lán)鰭金槍魚互為姐妹種,置信度為100%。
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S917.4
【圖文】：

鰹的采集位點(diǎn)Fig.2-1ThesamplingsitesofK.pelamis

部分鰹個體總DNA提取結(jié)果的電泳圖

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本文編號：2735847