【摘要】：近年來(lái),我省冷水魚養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速,然而疫病問(wèn)題也日益突出。類志賀鄰單胞菌是淡水環(huán)境及魚和多種哺乳動(dòng)物腸道中的常見細(xì)菌,常引起水產(chǎn)動(dòng)物發(fā)病死亡,對(duì)水產(chǎn)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)危害愈趨嚴(yán)重。本實(shí)驗(yàn)室前期調(diào)查發(fā)現(xiàn),類志賀鄰單胞菌感染是導(dǎo)致冷水魚養(yǎng)殖場(chǎng)鱘魚發(fā)病死亡的重要病原菌之一。因此,本研究擬采用高通量測(cè)序技術(shù)開展類志賀鄰單胞菌感染對(duì)鱘脾臟轉(zhuǎn)錄組和腸道菌群結(jié)構(gòu)的影響研究,以期為鱘魚類志賀鄰單胞菌感染的預(yù)防與控制提供科學(xué)依據(jù)。1.類志賀鄰單胞菌感染對(duì)鱘脾臟轉(zhuǎn)錄組的影響選取健康鱘30條,隨機(jī)分為2組即實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組,隔離馴養(yǎng)一周后,實(shí)驗(yàn)組鱘腹腔注射類志賀鄰單胞菌液,對(duì)照組注射滅菌PBS液;注射后24 h時(shí)采集鱘脾臟樣本,提取組織mRNA,采用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,結(jié)果顯示:與對(duì)照組比較,實(shí)驗(yàn)組鱘脾臟差異表達(dá)基因?yàn)?4069個(gè),其中上調(diào)基因?yàn)?0099個(gè),下調(diào)基因?yàn)?970個(gè)。GO分析發(fā)現(xiàn),鱘脾臟差異表達(dá)基因顯著性富集到生物學(xué)過(guò)程的主要有免疫效應(yīng)過(guò)程、小分子代謝過(guò)程、防御反應(yīng)等;顯著性富集到分子功能的主要有G蛋白偶聯(lián)受體活性、肽受體活性、肽鏈內(nèi)切酶活性等;顯著性富集到細(xì)胞組分的主要有:胞外區(qū)、胞外區(qū)組成部分、細(xì)胞骨架等。KEGG分析發(fā)現(xiàn),鱘脾臟差異表達(dá)基因參與的免疫信號(hào)通路有:RIG-I樣受體信號(hào)通路(RIG-I-like receptor signaling pathway)、Toll樣受體信號(hào)通路(Toll-like receptor signaling pathway)、細(xì)胞溶質(zhì)DNA傳感途徑(Cytosolic DNA-sensing pathway)。2.類志賀鄰單胞菌感染對(duì)鱘腸道轉(zhuǎn)錄組的影響采集上述處理鱘的腸道組織,提取組織mRNA樣本,采用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,結(jié)果顯示:與對(duì)照組比較,實(shí)驗(yàn)組鱘腸道差異表達(dá)基因?yàn)?6091個(gè),其中上調(diào)基因?yàn)?2828個(gè),下調(diào)基因分別為3263個(gè);GO分析發(fā)現(xiàn),鱘腸道差異表達(dá)基因顯著性富集到生物學(xué)過(guò)程的主要有免疫系統(tǒng)過(guò)程、免疫效應(yīng)過(guò)程、刺激反應(yīng)等;顯著性富集到分子功能的主要有:DNA結(jié)合、信號(hào)受體活性、核酸轉(zhuǎn)錄因子活性等;顯著性富集到細(xì)胞組分的主要是胞外區(qū)、胞外區(qū)組成部分、細(xì)胞膜等。KEGG分析發(fā)現(xiàn),鱘腸道差異表達(dá)基因參與的免疫信號(hào)通路有:RIG-I樣受體信號(hào)通路(RIG-I-like receptor signaling pathway)、Toll樣受體信號(hào)通路(Toll-like receptor signaling pathway)、細(xì)胞溶質(zhì)DNA傳感途徑(Cytosolic DNA-sensing pathway)。3.類志賀鄰單胞菌感染對(duì)鱘腸道菌群結(jié)構(gòu)的影響采集上述處理鱘的腸道內(nèi)容物,提取內(nèi)容物DNA樣本,采用細(xì)菌多樣性測(cè)序技術(shù)進(jìn)行測(cè)序分析,結(jié)果顯示:實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組鱘腸道菌群的主要分布于梭桿菌門(Fusobacteria)、擬桿菌門(Bacteriodia)、厚壁菌門(Firmicute)和變形菌門(Proteobacteria),豐度從大到小依次是梭桿菌門(50.5%)、變形菌門(32.77%)、擬桿菌門(11.69%)和厚壁菌門(4.98%);與對(duì)照組比較,實(shí)驗(yàn)組鱘腸道擬桿菌門豐度顯著降低,變形菌門豐度上升,梭桿菌門及厚壁菌門豐度差異不顯著,其中為變形菌門下的鄰單胞菌屬為優(yōu)勢(shì)菌群;感染組鱘腸道細(xì)菌多樣性指數(shù)Chao1、ACE、Shannon、observed_species和Simpson均低于對(duì)照組,說(shuō)明類志賀鄰單胞菌感染,能導(dǎo)致鱘腸道菌群結(jié)構(gòu)失調(diào);組間物種差異性分析發(fā)現(xiàn),實(shí)驗(yàn)組差異物種分布在變形菌門和放線菌門,特別地,放線菌門只由分枝桿菌屬、分枝桿菌科、以及棒狀桿菌屬構(gòu)成,提示這可能是類志賀單胞菌感染導(dǎo)致的特殊菌群特征。綜上所述,類志賀鄰單胞菌感染可導(dǎo)致鱘脾臟和腸道鱘轉(zhuǎn)錄組發(fā)生改變,同時(shí)引起鱘腸道菌群結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,這為鱘類志賀鄰單胞菌感染的預(yù)防與控制提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)資料。
【學(xué)位授予單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S943
【圖文】：

轉(zhuǎn)錄本的長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)

圖 3-2 Unigene COG 功能注釋分類統(tǒng)計(jì)圖Figure 3-2 Classification chart of unigene COG function annotation3.1.3.3 Unigene 序列 Gene Ontology 注釋利用 Blast2GO 軟件對(duì)注釋序列進(jìn)行 GO 分類。分類結(jié)果顯示，21884 條

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本文編號(hào)：2712845