【摘要】：斜帶石斑魚(Epinephelus coioides)是印度洋,紅海,北太平洋,西太平洋和東南亞海域有價(jià)值的重要海水魚類,也是我國(guó)主要的海水養(yǎng)殖品種之一。由于無(wú)節(jié)制的捕撈、水域污染等人為因素影響,斜帶石斑魚野生種群資源量急劇下降,一直以來(lái)我們多用人工增殖放流的方式增加其資源量,但沒(méi)能對(duì)放流水域種質(zhì)資源進(jìn)行甄別與遺傳評(píng)估。本文以微衛(wèi)星即簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSRs)為遺傳分子標(biāo)記進(jìn)行親子關(guān)系鑒定,準(zhǔn)確區(qū)分人工放流群體與野生群體,建立斜帶石斑魚混合群體的判別技術(shù)體系,并對(duì)將要放流子一代群體進(jìn)行遺傳多樣性評(píng)估,從而為人工增殖放流提供技術(shù)支撐和基礎(chǔ)理論依據(jù)。本研究中,我們基于全基因組測(cè)序開發(fā)的77個(gè)高多態(tài)性SSR標(biāo)記,構(gòu)建2套斜帶石斑魚親子鑒定體系,對(duì)群體遺傳多樣性進(jìn)行分析,研究結(jié)果表明:(1)基于本實(shí)驗(yàn)室Illumina二代全基因組測(cè)序分析得到的77條2-4堿基重復(fù)微衛(wèi)星序列,我們篩選出7個(gè)三堿基SSR、5個(gè)四堿基SSR,這些微衛(wèi)星標(biāo)記擴(kuò)增穩(wěn)定、高度多態(tài)性、高雜合度,且具有相同退火溫度58℃。通過(guò)對(duì)條件的不斷優(yōu)化,我們建立了2套多重?zé)晒釶CR體系,并使用全同胞、混交家系進(jìn)行驗(yàn)證,鑒定準(zhǔn)確率均達(dá)100%,且擴(kuò)增穩(wěn)定;(2)構(gòu)建一個(gè)混交家系,其中親本27個(gè)(雌性15個(gè),雄性12個(gè)),子代F1有226個(gè)。另從海南、大亞灣選取兩個(gè)野生群體,分別有38個(gè)、41個(gè),與養(yǎng)殖混交群體子代F1混合,用于模擬增殖放流群體,進(jìn)一步驗(yàn)證親子鑒定體系準(zhǔn)確性。結(jié)果顯示,僅有4個(gè)體鑒定錯(cuò)誤,準(zhǔn)確率達(dá)98.68%,可用于斜帶石斑魚群體甄別;(3)運(yùn)用已建立的2套親子鑒定體系共12個(gè)SSR標(biāo)記對(duì)將要放流子一代群體進(jìn)行遺傳多樣性分析,與海南、廣東地區(qū)2個(gè)野生群體相比發(fā)現(xiàn)了明顯的遺傳分化,說(shuō)明養(yǎng)殖子一代群體不適合進(jìn)行放流活動(dòng)。本研究建立了2套分辨率極高的斜帶石斑魚親子鑒定體系,該體系可應(yīng)用于斜帶石斑魚人工增殖和放流工作,并且可為遺傳育種等研究奠定基礎(chǔ)和提供理論依據(jù)。
【圖文】：

從而確定親緣關(guān)系，如圖1-1。親子鑒定在各種分子生態(tài)學(xué)和進(jìn)化學(xué)中扮演著十分重要的角色，例如性別選擇[28-29]，遷徙和洄游結(jié)構(gòu)分析[30-31]，數(shù)量遺傳參數(shù)的評(píng)估[32-33]等方面都有極大貢獻(xiàn)。親子鑒定依然是一個(gè)相對(duì)年輕的學(xué)科，自 1989 年發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星標(biāo)記以來(lái)，，逐漸迎來(lái)了當(dāng)今親緣關(guān)系鑒定的黃金時(shí)期，雖然 SNP、AFLPs 均可用于親子鑒定[34]，但是微衛(wèi)星標(biāo)記以其無(wú)可替代的優(yōu)勢(shì)在親權(quán)關(guān)系鑒定方面是許多研究的優(yōu)先選擇[35]。微衛(wèi)星親子鑒定隨著技術(shù)的不斷革新，現(xiàn)今親子鑒定已經(jīng)可以主要分為 6大原則：排除法（Exclusion）、完全分配（Categorical Allocation）、部分分配（Fractional Allocation）、親本親緣重建（Parental Reconstruction）、完全概率親子 分 析 （ Full Probability Parentage Analysis ） 、 同 胞 親 緣 重 建 （ SibshipReconstruction）

8圖 1-2 分子標(biāo)記親子鑒定方法流程 流程圖來(lái)自：Yue and Xia, 2014Fig. 1-2 Work flow to optimize molecular parentage analysis Flowchart from: Yue and Xia, 2
【學(xué)位授予單位】：中山大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2663341