【摘要】：隨著海洋魚類貿易的發(fā)展和加工水平的提高,近年來魚類錯誤標簽和以次充好的現(xiàn)象頻頻發(fā)生,嚴重影響食品安全和貿易秩序。因此準確的物種鑒定在海洋漁業(yè)貿易中至關重要。DNA條形碼(DNA barcoding)是依據(jù)對一段短的、標準化的基因序列分析進行物種鑒定,現(xiàn)已成為生物物種鑒定的新方向。本研究以大黃魚(Larimichthy crocea)、小黃魚(Larimichthy polyactis)、黃姑魚(Nibea albiflor)和棘頭梅童魚(Collichthys lucudus)為研究對象,對四種石首科魚類進行DNA條形碼構建,主要研究結果如下:1.從GenBank數(shù)據(jù)庫比對結果來看,線粒體細胞色素c氧化酶亞基I(COI)、線粒體細胞色素b氧化酶(Cytb)、線粒體16S rRNA(16S rRNA)和線粒體控制區(qū)(D-loop)四種基因均可作為DNA條形碼,用于大黃魚、小黃魚、黃姑魚和棘頭梅童魚的鑒定;結合K2P遺傳距離分布、種內種間遺傳距離差異以及分子系統(tǒng)進化樹,同時考慮四種基因在數(shù)據(jù)庫中的應用范圍,篩選得到用于四種魚類鑒定的最適DNA條形為COI基因。并且利用COI基因對大黃魚和小黃魚的魚肉制品進行分析鑒定,發(fā)現(xiàn)市場中標記為小黃魚的樣本多為白姑魚或大頭白姑魚假冒。2.利用COI基因對洞頭、大連、舟山和連云港四個采樣點的大黃魚、小黃魚和棘頭梅童魚進行遺傳多樣性分析,結果顯示不同地理種群的群體內和群體間遺傳距離差異不大;構建同一物種不同地理種群的系統(tǒng)進化樹,發(fā)現(xiàn)大黃魚、小黃魚并不因為地理位置的不同而形成單獨的分支,棘頭梅童魚形成兩個不同世系。3.利用PCR-RFLP技術,選取Vsp I、Hae II、Nhe I和Hinf I四種限制性內切酶對大黃魚、小黃魚、黃姑魚和棘頭梅童魚四種魚類的COI基因進行限制性酶切,發(fā)現(xiàn)Vsp I、Hae II、Nhe I三種內切酶能分別對大黃魚、棘頭梅童魚和黃姑魚進行鑒定,Hinf I能同時鑒定四種魚類;另外,比對小黃魚和黃姑魚的COI序列,設計特異性引物并進行物種特異性PCR,結果顯示黃姑魚有特異性條帶產生。這兩種方法能對這幾種石首魚科魚類進行快速準確鑒定。
【圖文】：

中國計量大學碩士學位論文些位點的堿基固定，但是由于密碼子第三位堿基的簡并性，所以當序列長度達到 45 bp 時就能夠產生 10 億種可供選擇的代碼序列[25]。因此利用 COI 基因 5’端650 bp左右的DNA序列片段對絕大多數(shù)動物物種進行鑒定完全足夠[26]。DNA條形碼鑒定的主要步驟如圖 1.1 所示[27]：

中國計量大學碩士學位論文遺傳差異應該彼此獨立，不存在重疊，形成最小種間遺傳距距離之間的差異（Barcoding Gap）[31,34]，如圖 1.2 所示。比較對物種的鑒定能力也是評價不同序列有效性的標準之一。研ST1 和最近的遺傳距離法（Nearest genetic distance）兩種方法術檢測物種的可靠性[35]。BLAST1 方法基于數(shù)據(jù)庫中查詢序定樣本的物種名，，并且匹配的 E 值（E-value）必須小于小 value）。相比之下，最近的遺傳距離法則根據(jù)數(shù)據(jù)庫中與查傳距離的序列來確定樣本的物種名[36]。
【學位授予單位】：中國計量大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：S917.4

【參考文獻】

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本文編號：2633115