【摘要】：1、兩種茴魚的線粒體全基因組序列特征及系統(tǒng)發(fā)育分析通過PCR擴(kuò)增、測序和拼接技術(shù)測定了新疆北極茴魚和蒙古茴魚的線粒體基因組全序列,對其序列特征、結(jié)構(gòu)組成和密碼子的使用等進(jìn)行研究。結(jié)合已有的11種茴魚屬魚類線粒體基因組(mtDNA)全序列,分析編碼基因的非同義突變率與同義突變率的比值(Ka/Ks)和遺傳距離,并用鄰接法(NJ法)和最大似然法(ML法)構(gòu)建進(jìn)化樹,研究茴魚屬的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,結(jié)果顯示:新疆北極茴魚和蒙古茴魚線粒體基因組全長分別為16,658 bp和16,652 bp,由2個rRNA基因、13個蛋白質(zhì)編碼基因、22個tRNA基因和1個控制區(qū)組成,AT含量高于CG含量。在蛋白質(zhì)編碼基因中,NADH脫氫酶亞基1基因(ND1)和ATP合酶Fo亞基6(ATP6)的Ka/Ks較低,而ATP合酶Fo亞基8(ATP8)和細(xì)胞色素C氧化酶亞基Ⅱ基因(COX2)比率較高,新疆北極茴魚的線粒體基因組組成結(jié)構(gòu)特征與蒙古茴魚基本一致。新疆北極茴魚和蒙古茴魚的遺傳距離最近(0.008),與北極茴魚為0.039,已達(dá)到種間的分化程度(0.038~0.058),與蒙古茴魚遠(yuǎn)低于屬內(nèi)種間的分化程度,應(yīng)該是同一物種不同群體間的變異。系統(tǒng)發(fā)育樹均顯示新疆北極茴魚和蒙古茴魚聚為一小支,親緣關(guān)系最近,北極茴魚和堪察加茴魚聚為一小支。上述結(jié)果證明新疆北極茴魚并不是真正的北極茴魚,而和蒙古茴魚是同一個種。2、鮭科魚類系統(tǒng)發(fā)育分析利用測得的兩種茴魚以及從GenBank中下載40種鮭科魚類的mtDNA全序列,通過生物信息學(xué)的方法分析其結(jié)構(gòu)組成和變異特點(diǎn),評估不同基因在研究系統(tǒng)發(fā)育時的適用性,并基于NADH脫氫酶亞基4基因(ND4)、ND1和細(xì)胞色素b(Cytb)構(gòu)建進(jìn)化樹來探討鮭科魚類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,結(jié)果顯示:鮭科魚類線粒體基因組的結(jié)構(gòu)和基因排列順序和其它硬骨魚類的相同,其全長為16,526 bp~16,997 bp,AT含量高于GC。在所有編碼基因中,NADH脫氫酶亞基2基因(ND2)的序列變異程度和遺傳距離最大,16S rRNA的變異程度最小,12S rRNA的遺傳距離最小。從進(jìn)化樹可以看出白鮭亞科位于祖先的位置,是最早出現(xiàn)分化的一枝,鮭亞科和茴魚亞科親緣關(guān)系較近,互為姐妹群,拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)表明同屬的魚都可以單獨(dú)聚為一類,是單系起源。3、魁蚶中國群體的分類地位測定了魁蚶中國群體的細(xì)胞色素C氧化酶亞基Ⅰ基因(COX1)和12S rRNA基因,并結(jié)合蚶科27種貝類的同源序列,分析其序列特征和遺傳距離,以貽貝為外群,用ML法和NJ法構(gòu)建蚶科貝類的分子系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果表明:魁蚶中國群體的COX1和12S rRNA基因長度為1,584 bp和673 bp,其堿基組成、密碼子使用率及變異位點(diǎn)等與魁蚶日本群體和粗飾蚶屬的Anadara sativa相似,且遺傳距離最小(0.000);進(jìn)化樹中魁蚶中國群體、魁蚶日本群體和粗飾蚶屬的Anadara sativa聚為一支,再與毛蚶聚類,親緣關(guān)系很近,初步確定魁蚶中國群體的分類地位和魁蚶日本群體的一致。4、雙殼貝類系統(tǒng)發(fā)育分析測定了魁蚶中國群體的ND1、COX1和Cytb基因,并下載了雙殼綱65個種類的同源序列進(jìn)行分析,用ML法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,研究雙殼綱貝類線粒體基因變異規(guī)律及其分子系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。結(jié)果顯示:雙殼貝類ND1、COX1和Cytb序列有插入/缺失序列,存在明顯的長度多態(tài)性,AT含量都高于GC,具有明顯的AT偏好。目內(nèi)科間遺傳距離在0.169~0.468之間,目間遺傳距離在0.323~2.557之間。ML樹表明雙殼綱的所有種類都形成了單系發(fā)生的進(jìn)化枝,不同基因構(gòu)建的進(jìn)化樹中翼形亞綱的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系不一致,異齒亞綱表現(xiàn)為單系性,部分簾蛤目和海螂目的種類彼此嵌套,沒有完全聚到所屬支系,縫棲蛤科從海螂目中分離出來。蟶螂目位于進(jìn)化樹的基部,古異齒亞綱和古列齒亞綱聚為一支,親緣關(guān)系可能較近。
【圖文】：

編碼基因、2 個 rRNA 基因（12S rRNA和 16S rRNA））, 1 個主要的非編碼控制區(qū)（D-loop）和 1 個輕鏈復(fù)制起始區(qū)組成（圖1-1）。13 個蛋白編碼基因分別為 ATP 合成酶的 2 個亞基（ATPase6 和 ATPase8），細(xì)胞色素 b（Cytb），細(xì)胞色素 c 氧化酶（Cytc）的 3 個亞基（COX1-COX3），氫化輔酶 I（NADH）脫氫酶的 7 個亞基（ND1-6 和 ND4L），它們是與線粒體內(nèi)膜相結(jié)合的酶復(fù)合體的亞單位[37]。mtDNA 在堿性氯化艷密度梯度離心中因密度不同而分為重鏈（Heavy chain, H-鏈，G+T 含量高）和輕鏈（Light chain, L-鏈，，G+T 含量低）[27,36]。魚類 mtDNA 中的基因分布呈不均一性，除 ND6 及 8 個 tRNA 基因（tRNA-Tyr、Cys、Pro、Ala、Glu、Gln、Ser（UCN）和 Asn）由輕鏈編碼外, 其它都由重鏈編碼[52]。研究發(fā)現(xiàn)

新疆北極茴魚形態(tài)圖
【學(xué)位授予單位】：煙臺大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

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7 程漢良;周e

本文編號：2630609