【摘要】：黃鱔不僅肉質(zhì)細(xì)膩,營(yíng)養(yǎng)豐富,蛋白質(zhì)含量高而脂肪和膽固醇的含量極少,而且還擁有極高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,是我國(guó)一種重要的水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)養(yǎng)殖動(dòng)物。目前黃鱔養(yǎng)殖所需苗種主要依賴(lài)于野生苗種,而隨著野生資源的減少,很多形成地理隔離的地方黃鱔品種開(kāi)始相互流通。調(diào)查黃鱔的遺傳結(jié)構(gòu)、保護(hù)黃鱔的遺傳多樣性勢(shì)在必行。但目前黃鱔育種主要以引種和選種為主,遺傳改良進(jìn)程緩慢、優(yōu)良品種缺乏,因此在品種選育初期通過(guò)早期鑒定和準(zhǔn)確選擇目標(biāo)性狀提高育種效率就顯得尤為重要。本研究選取河南、安徽、湖南和湖北地區(qū)8個(gè)比較具有明顯性狀優(yōu)勢(shì)的黃鱔品種進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)的調(diào)查,同時(shí)選擇河南與巢湖地區(qū)黃鱔品種進(jìn)行雜交繁殖試驗(yàn),為選育黃鱔優(yōu)良品種提供理論基礎(chǔ)。具體結(jié)果如下:(1)本研究通過(guò)生物信息學(xué)分析進(jìn)行試驗(yàn)方案的系統(tǒng)設(shè)計(jì),選取223份野生黃鱔作為試驗(yàn)材料,以水稻基因組為參照,通過(guò)高通量測(cè)序獲得SLAF標(biāo)簽,最后在多態(tài)性SLAF標(biāo)簽上開(kāi)發(fā)大量特異性SNP位點(diǎn)。結(jié)果顯示:試驗(yàn)共獲得430,983個(gè)SLAF標(biāo)簽,其中多態(tài)性SLAF標(biāo)簽193,378個(gè);通過(guò)序列分析,共開(kāi)發(fā)得到1,992,507個(gè)SNP,篩選得到93,112個(gè)高一致性的群體SNP。隨后運(yùn)用數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,對(duì)8份黃鱔個(gè)體完成系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)、群體結(jié)構(gòu)、PCA分析,發(fā)現(xiàn)這8個(gè)地點(diǎn)的黃鱔可能來(lái)源于四個(gè)不同的祖先,由于地理位置的影響使得這8個(gè)地點(diǎn)的黃鱔在生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中發(fā)生了遺傳分化。通過(guò)系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)發(fā)現(xiàn)分布在安徽的黃鱔有較近的親緣關(guān)系,分布在松滋、公安和長(zhǎng)湖的黃鱔具有較近的親緣關(guān)系。(2)選取安徽巢湖自交鱔苗、河南固始自交鱔苗、安徽巢湖與河南固始雜交鱔苗、湖北荊州自交鱔苗進(jìn)行生長(zhǎng)試驗(yàn),采用玻璃鋼小網(wǎng)箱養(yǎng)殖,經(jīng)過(guò)8周的投喂,對(duì)4種黃鱔苗種的生長(zhǎng)指標(biāo)進(jìn)行分析。結(jié)果顯示:固始與巢湖雜交F1代鱔苗生長(zhǎng)速度最快,體長(zhǎng)由6月8號(hào)的4.23cm增長(zhǎng)到12.66cm,體重達(dá)到1.9780g;在自交群體中,固始自交F1代鱔苗體增長(zhǎng)和體增重達(dá)到最大,分別為7.31cm和8.4607g,而其存活率最低,僅為68%。
【圖文】：

100ng 每毫升，OD260/280 的值于 1.8-1.9 中。使用 1.0％的凝膠電泳檢測(cè)基因DNA 的完整性。瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)基因組 DNA 的步驟如下：① 取瓊脂糖 0.35 克，加入 1X TAE 緩沖液 25 毫升，放在微波爐中加熱溶至溶液透明。② 使瓊脂糖溶液降溫到至 60℃后，然后立即加入 Goldview 核酸染料 1 微混合均勻后，倒入有梳子的載膠板中，待冷卻半個(gè)小時(shí)凝固后，拔掉梳子。③ 將瓊脂糖凝固后的膠拿出，緩慢的放在電泳槽的一端，與端線(xiàn)平行放置然后加入緩沖液至淹沒(méi)凝膠 1cm 左右。④ 取 4ul 的需要檢查的 DNA 用 1ul 的緩沖液充分混合，然后將混合液移入泳孔里面，在中間的孔中加 DNAMarker。⑤ 將電泳電壓電流調(diào)至 120 伏和 100mA，條帶跑到一半時(shí)取出瓊脂塊放入像系統(tǒng)，觀(guān)察條帶的情況�；蚪M DNA 通過(guò) 1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后結(jié)果如圖所示，結(jié)果顯示條帶整正常，可以進(jìn)行后續(xù)相關(guān)試驗(yàn)。

（一） 酶切方案設(shè)計(jì)利用百邁克自主研發(fā)的電子酶切預(yù)測(cè)軟件對(duì)參考基因組進(jìn)行酶切預(yù)測(cè)，根據(jù)所獲得的SLAF 標(biāo)簽數(shù)量及其他試驗(yàn)要求，選擇最適酶切方案，選擇原則如下：（1）酶切片段是位于重復(fù)序列上的比例越小越好；（2）酶切片段在基因組上分布要均勻；（3）酶切片段長(zhǎng)度與具體實(shí)驗(yàn)體系盡量要吻合；（4）酶切片段（SLAF 標(biāo)簽）的數(shù)量要滿(mǎn)足預(yù)期標(biāo)簽數(shù)。（二） 基因組測(cè)序根據(jù)前面試驗(yàn)所得最佳酶切方案，，對(duì)符合酶切要求的各樣品基因組 DNA 分別進(jìn)行酶切。對(duì)得到的酶切片段（SLAF 標(biāo)簽）依次進(jìn)行 3′端加A 處理、連接 Dual-index測(cè)序接頭、PCR 擴(kuò)增、純化、混樣、切膠選取目的片段，隨后使用 Illumina 平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序。另外，為評(píng)估酶切試驗(yàn)的準(zhǔn)確性，本試驗(yàn)選用水稻日本晴作為對(duì)照進(jìn)行測(cè)序。流程圖如下
【學(xué)位授予單位】：長(zhǎng)江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：S917.4

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本文編號(hào)：2628636