水稻是主要的糧食作物之一,它的籽粒是主要的經濟產品,其粒型既影響水稻產量,也影響稻米品質。挖掘粒長基因,可以為水稻產量的提高、稻米品質的改善提供理論基礎。本研究利用小粒矮稈野生稻品系S18和長粒栽培稻品系KJ01組配雜種F₁,構建分離群體F₂。對F₂群體構建極端短粒與極端長粒DNA混合池,然后進行BSA(Bulked Segregant Analysis,群體分離分析法)分析及候選基因的生物信息學分析。研究結果如下:(1)F₁表現(xiàn)為中間型偏短粒,F₂群體的籽粒長度頻率近似呈正態(tài)連續(xù)分布。說明粒長屬于典型的數(shù)量性狀,該群體中存在控制粒長性狀的主效基因。(2)DNA混合池高通量測序結果表明:四個樣品共獲得100.22Gbp(Clean Data),Q30達到93.88%以上。樣品與參考基因組的平均比對率為96.64%,平均覆蓋深度為55X,基因組覆蓋度為96.51%。通過與參考基因組比較,長粒混合池和短�；旌铣胤謩e檢測到2136482個SNP、2216645個SNP,其中轉換和顛換...

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 水稻粒長基因的研究進展
        1.1.1 數(shù)量性狀研究方法的進展
        1.1.2 粒長基因的QTL定位
        1.1.3 水稻粒長基因克隆及其功能分析
        1.1.4 水稻粒長基因在分子育種中的應用
    1.2 研究目的和技術路線
        1.2.1 研究目的和意義
        1.2.2 技術路線
2 材料與方法
    2.1 材料
    2.2 試驗方法
        2.2.1 主要試劑配置
        2.2.2 粒長極端混池的構建
            2.2.2.1 水稻粒長測量
            2.2.2.2 DNA的提取
        2.2.3 Illumina測序及數(shù)據(jù)分析
            2.2.3.1 Illumina測序流程
            2.2.3.2 測序數(shù)據(jù)質量分布和過濾
            2.2.3.3 SNP結果注釋
            2.2.3.4 DNA水平的變異基因功能注釋
        2.2.4 BSA分析方法
            2.2.4.1 SNP-index方法原理
            2.2.4.2 歐氏距離方法原理
        2.2.5 RT-PCR
            2.2.5.1 所需引物
            2.2.5.2 幼穗的采集
            2.2.5.3 總RNA的提取
            2.2.5.4 候選基因cDNA的合成
            2.2.5.5 RT-PCR
3 結果與分析
    3.1 親本及其F2群體的農藝性狀調查
    3.2 測序數(shù)據(jù)質量
    3.3 SNP檢測與注釋
        3.3.1 SNP檢測
        3.3.2 SNP注釋
    3.4 BSA關聯(lián)分析
        3.4.1 SNP-index方法關聯(lián)結果
        3.4.2 ED方法關聯(lián)結果
    3.5 關聯(lián)區(qū)域基因功能注釋
        3.5.1 候選區(qū)域內SNP功能注釋
        3.5.2 非同義突變基因功能注釋
    3.6 候選基因表達量分析
    3.7 長粒親本的RNA表達分析
4 討論與結論
    4.1 討論
        4.1.1 BSA技術的應用
        4.1.2 粒長候選基因篩選
    4.2 結論
致謝
參考文獻
附錄A
附錄B



本文編號：3901886