糜子(Panicum miliaceum L.),也稱為黍、稷,是最古老的和首批被馴化作物之一,主要分布在亞洲和歐洲的半干旱地區(qū)。作為短日照C4作物,糜子具有很多優(yōu)異農(nóng)藝性狀,比如高產(chǎn),生長季比較短,需水量低,適合在各種土壤上生長,尤其是在貧瘠的沙壤土上,因此能夠很好地適應(yīng)比較極端環(huán)境。RNA-seq主要是基于NGS(Next generation sequencing)技術(shù),可以高質(zhì)量、高數(shù)量地普查所有轉(zhuǎn)錄元件(如轉(zhuǎn)錄組),包括mRNAs,小RNAs(small RNAs)和其他非編碼RNAs(non-coding RNAs)。其轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)普查結(jié)果為不同生理狀態(tài)下的器官、組織或者是細胞基因表達模式和調(diào)節(jié)原件等情況及時作出描述,這對進一步了解生物發(fā)展和病害發(fā)生過程十分重要。密碼子使用偏好性(CUB)是由于同義密碼子在機體內(nèi)外的使用頻率存在差異,其是生物體重要的進化特征,對研究物種進化、基因功能及其外源基因表達具有重要意義。本研究將提取的Yumi 2和Yumi 3 RNA樣品進行RNA-seq測序,對數(shù)據(jù)進行過濾、分析,對部分候選差異表達基因還進行RT-PCR驗證。與此同時,還利用Mob...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 糜子概述
        1.1.1 糜子栽培歷史及其分布
        1.1.2 糜子糯性以及豐富營養(yǎng)含量
        1.1.3 糜子遺傳多樣性研究
        1.1.4 糜子抗逆性研究進展
    1.2 轉(zhuǎn)錄組研究進展
        1.2.1 研究轉(zhuǎn)錄組基因方法
        1.2.2 RNA-seq基本原理及其優(yōu)勢
        1.2.3 RNA-seq測序平臺
        1.2.4 RNA-Seq主要用途
        1.2.5 RNA-seq生物信息學(xué)分析過程（無參考基因組）
        1.2.6 RNA-Seq面臨的挑戰(zhàn)與展望
        1.2.7 研究意義和目的
    1.3 葉綠體基因組密碼子使用偏好型研究
        1.3.1 密碼子偏好性概述
        1.3.2 密碼子偏好性理論基礎(chǔ)
        1.3.3 研究密碼子偏好性的參數(shù)
        1.3.4 研究意義
第二章 基于RNA-seq測序的糜子轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
    2.1 實驗材料和方法
        2.1.1 實驗材料準(zhǔn)備
        2.1.2 組織樣品總RNA提取
        2.1.3 文庫構(gòu)建及Illumina測序
        2.1.4 序列數(shù)據(jù)分析及從頭組裝
        2.1.5 功能注釋
        2.1.6 SSRs和SNPs標(biāo)記篩選
        2.1.7 差異表達基因注釋及分析
        2.1.8 qRT-PCR分析
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)測序和組裝
        2.2.2 糜子轉(zhuǎn)錄組注釋和功能特征
        2.2.3 SSRs和SNPs位點鑒定
        2.2.4 差異表達基因鑒定與發(fā)現(xiàn)(DEGs)
        2.2.5 差異表達基因qRT-PCR驗證
    2.3 討論
第三章 糜子葉綠體基因組密碼子使用偏好性分析
    3.1 實驗材料和方法
        3.1.1 編碼序列的獲得
        3.1.2 密碼子使用偏好性參數(shù)
        3.1.3 統(tǒng)計分析工具
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 糜子葉綠體基因核苷酸含量分布
        3.2.2 糜子葉綠體基因組相對同義密碼子使用度分析
        3.2.3 基于ENC值密碼子偏好性分析
        3.2.4 PR2繪圖分析
        3.2.5 對應(yīng)性分析
        3.2.6 最優(yōu)密碼子
    3.3 討論
第四章 結(jié)論與展望
參考文獻
附錄
致謝
作者簡介



本文編號：3786836