低氮脅迫下玉米氮高效利用單片段代換系的轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時(shí)間:2023-04-04 21:59
本研究通過(guò)對(duì)前期篩選的含有氮利用高效QTL的玉米單片段代換系SSSL10.04和其輪回親本許178在低氮(LN)和高氮(HN)條件下進(jìn)行培養(yǎng),并對(duì)其葉片和根系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。分別比較兩個(gè)材料葉片和根系中對(duì)低氮脅迫反應(yīng)的差異基因,并探討這些差異與材料間不同氮利用效率的關(guān)系,揭示玉米氮高效利用的分子機(jī)理。主要研究結(jié)果如下:1、在低氮條件下SSSL10.04比許178有更高的生物量和氮積累量,且地上部有更高的氮利用效率。SSSL10.04根系的根長(zhǎng)、根表面積和根體積均大于許178。2、測(cè)序得到純化后的序列數(shù)量為2126177735651871,有69.98%76.19%的序列可以定位到玉米B73的基因組上。以HN處理為對(duì)照,將LN處理玉米材料基因表達(dá)量上調(diào)或下調(diào)倍數(shù)大于等于2,且p<0.05作為差異基因的篩選條件。SSSL10.04葉片和根系分別得到3933和2122個(gè)差異基因,許178葉片和根系中分別得到3516和2278個(gè)差異基因。3、對(duì)SSSL10.04和許178中總體差異基因進(jìn)行GO和KEGG分析結(jié)果表明,低氮脅迫對(duì)SSSL10.04...
【文章頁(yè)數(shù)】:55 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
致謝
摘要
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 植物對(duì)氮的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)、同化及再利用
1.1.1 植物對(duì)氮的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.1.1 植物對(duì)NO3
-的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.1.2 植物對(duì)NH4
+的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.2 植物對(duì)氮的同化
1.1.3 植物對(duì)氮的再利用
1.2 氮對(duì)玉米生長(zhǎng)的影響
1.2.1 氮對(duì)玉米光合作用的影響
1.2.2 氮對(duì)玉米根系的影響
1.2.3 氮對(duì)玉米氮轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的影響
1.2.4 氮對(duì)玉米氮同化酶的影響
1.3 高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1.3.2 數(shù)據(jù)過(guò)濾和序列拼接
1.3.3 基因表達(dá)量及差異基因分析
1.3.4 差異基因注釋
1.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在作物氮響應(yīng)研究中的應(yīng)用
2 引言
3 材料與方法
3.1 玉米材料
3.2 玉米幼苗的培養(yǎng)
3.3 玉米指標(biāo)測(cè)定及計(jì)算公式
3.4 轉(zhuǎn)錄測(cè)序
3.4.1 RNA提取與質(zhì)量檢測(cè)
3.4.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及數(shù)據(jù)分析
3.4.3 差異基因注釋及富集分析
3.5 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)分析
4 結(jié)果與分析
4.1 SSSL10.04和許178表型分析
4.1.1 植株生物量、氮含量、氮積累量及氮利用效率
4.1.2 植株根系性狀分析
4.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果與質(zhì)量評(píng)估
4.3 比對(duì)信息統(tǒng)計(jì)
4.4 差異基因數(shù)量
4.5 差異基因GO注釋分析
4.5.1 SSSL10.04與許178中差異基因的GO注釋和富集分析
4.5.2 SSSL10.04與許178中特異上調(diào)的差異基因GO注釋分析
4.6 差異基因KEGG注釋分析
4.6.1 SSSL10.04與許178中差異基因的KEGG注釋和富集分析
4.6.2 SSSL10.04與許178中特異上調(diào)的差異基因KEGG注釋分析
4.7 SSS10.04代換片段區(qū)間內(nèi)差異基因分析
4.7.1 SSSL10.04葉片中代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
4.7.2 SSSL10.04根系中代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
5 討論與結(jié)論
5.1 SSSL10.04與許178表型比較
5.2 SSSL10.04與許178轉(zhuǎn)錄組結(jié)果分析比較
5.2.1 SSSL10.04與許178葉片對(duì)低氮脅迫反應(yīng)
5.2.2 SSSL10.04與許178根系對(duì)低氮脅迫反應(yīng)
5.2.3 SSSL10.04與許178葉片特異上調(diào)基因分析
5.2.4 SSSL10.04與許178根系特異上調(diào)基因分析
5.2.5 SSSL10.04代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
5.3 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
ABSTRACT
本文編號(hào):3782126
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【學(xué)位級(jí)別】:碩士
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致謝
摘要
1 文獻(xiàn)綜述
1.1 植物對(duì)氮的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)、同化及再利用
1.1.1 植物對(duì)氮的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.1.1 植物對(duì)NO3
-的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.1.2 植物對(duì)NH4
+的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)
1.1.2 植物對(duì)氮的同化
1.1.3 植物對(duì)氮的再利用
1.2 氮對(duì)玉米生長(zhǎng)的影響
1.2.1 氮對(duì)玉米光合作用的影響
1.2.2 氮對(duì)玉米根系的影響
1.2.3 氮對(duì)玉米氮轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的影響
1.2.4 氮對(duì)玉米氮同化酶的影響
1.3 高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1.3.2 數(shù)據(jù)過(guò)濾和序列拼接
1.3.3 基因表達(dá)量及差異基因分析
1.3.4 差異基因注釋
1.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在作物氮響應(yīng)研究中的應(yīng)用
2 引言
3 材料與方法
3.1 玉米材料
3.2 玉米幼苗的培養(yǎng)
3.3 玉米指標(biāo)測(cè)定及計(jì)算公式
3.4 轉(zhuǎn)錄測(cè)序
3.4.1 RNA提取與質(zhì)量檢測(cè)
3.4.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及數(shù)據(jù)分析
3.4.3 差異基因注釋及富集分析
3.5 實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)分析
4 結(jié)果與分析
4.1 SSSL10.04和許178表型分析
4.1.1 植株生物量、氮含量、氮積累量及氮利用效率
4.1.2 植株根系性狀分析
4.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果與質(zhì)量評(píng)估
4.3 比對(duì)信息統(tǒng)計(jì)
4.4 差異基因數(shù)量
4.5 差異基因GO注釋分析
4.5.1 SSSL10.04與許178中差異基因的GO注釋和富集分析
4.5.2 SSSL10.04與許178中特異上調(diào)的差異基因GO注釋分析
4.6 差異基因KEGG注釋分析
4.6.1 SSSL10.04與許178中差異基因的KEGG注釋和富集分析
4.6.2 SSSL10.04與許178中特異上調(diào)的差異基因KEGG注釋分析
4.7 SSS10.04代換片段區(qū)間內(nèi)差異基因分析
4.7.1 SSSL10.04葉片中代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
4.7.2 SSSL10.04根系中代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
5 討論與結(jié)論
5.1 SSSL10.04與許178表型比較
5.2 SSSL10.04與許178轉(zhuǎn)錄組結(jié)果分析比較
5.2.1 SSSL10.04與許178葉片對(duì)低氮脅迫反應(yīng)
5.2.2 SSSL10.04與許178根系對(duì)低氮脅迫反應(yīng)
5.2.3 SSSL10.04與許178葉片特異上調(diào)基因分析
5.2.4 SSSL10.04與許178根系特異上調(diào)基因分析
5.2.5 SSSL10.04代換片段區(qū)間內(nèi)特異上調(diào)基因分析
5.3 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
ABSTRACT
本文編號(hào):3782126
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