甘藍型油菜是世界第二大油料作物,在長期馴化栽培過程中產生了廣泛的變異。根據(jù)油菜開花對低溫的需求將其分為3種生態(tài)類型:冬性油菜（WORs）、春性油菜（SORs）和半冬性油菜（SWORs）,其生態(tài)型分化的基礎尚不明確。甘藍型油菜是異源四倍體物種,基因組復雜,盡管已發(fā)布多個品種基因組草圖,但其質量和代表性不足以滿足功能基因組研究和品種改良的需求。本研究中,我們結合多種測序技術對中雙11（ZS11）等代表3種不同生態(tài)型的8個甘藍型油菜品系進行了測序和de novo組裝,得到了的8個高質量參考基因組,鑒定了開花相關基因及相關的PAV,并結合開花期全基因組關聯(lián)分析（GWAS）及8個油菜品系春化前后共5個時期葉片的轉錄組測序,確定了調控油菜開花期的關鍵基因,初步揭示了甘藍型油菜生態(tài)型分化的遺傳基礎。主要研究結果如下:1.8個甘藍型油菜品系包括2個冬油菜品種（Quinta和Tapidor）、2個春性油菜品種（Westar和No2127）和4個半冬性油菜品系（ZS11、Gangan、浙油7號、勝利油菜）。分別對這8個品系進行Pac Bio和Illumina測序及de novo組裝,并以Hi C測序輔助組... 

【文章頁數(shù)】：141 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1 文獻綜述
    1.1 甘藍型油菜簡介及其基因組研究進展
        1.1.1 甘藍型油菜生態(tài)型分化
        1.1.2 甘藍型油菜基因組測序研究進展
        1.1.3 結構變異對作物主要農藝性狀具有重要作用
    1.2 擬南芥開花調控研究進展
    1.3 甘藍型油菜開花調控研究進展
    1.4 本研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實驗材料
    2.2 材料種植及主要農藝性狀表型考察
    2.3 DNA的提取方法
    2.4 DNA測序及基因組組裝、注釋
    2.5 ZS11基因組中開花基因鑒定
    2.6 關聯(lián)分析群體基因型分析
    2.7 轉錄組測序分析
    2.8 轉錄組測序分析
    2.9 轉錄組測序分析
    2.10 序列分析及統(tǒng)計分析
3 結果與分析
    3.1 8 個甘藍型油菜自交系的主要農藝性狀
    3.2 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
    3.3 8 個甘藍型油菜基因組組裝
    3.4 8 個甘藍型油菜基因組比較分析
    3.5 ZS11基因組中開花相關基因的鑒定
    3.6 關聯(lián)分析鑒定甘藍型油菜中開花期相關位點
    3.7 8 個甘藍型油菜參考基因組中開花相關基因的PAV挖掘
    3.8 甘藍型油菜中FLC和 FT基因PAV變異鑒定及分析
        3.8.1 甘藍型油菜中FLC基因PAV變異鑒定及分析
        3.8.2 油菜中FT基因結構變異鑒定及分析
    3.9 Bna.FT和 Bna.FLC基因在甘藍型油菜開花調控及生態(tài)型分化中的作用
        3.9.1 2 018-2019年油菜生育期田間環(huán)境溫度統(tǒng)計
        3.9.2 5個Bna.FLC和3個Bna.FT基因春化過程中m RNA轉錄水平變化
        3.9.3 4個Bna.FLC與甘藍型油菜生態(tài)型分化
        3.9.4 Bna A10.FLC、Bna A02.FLC和 Bna C02.FLC對油菜開花期的影響
4 討論
    4.1 8 個甘藍型油菜基因組為遺傳學研究及育種提供了資源
    4.2 PAV等結構變異在基因組中普遍存在,對表型有重要影響
    4.3 4個Bna.FLC基因與甘藍型油菜開花調控
    4.4 甘藍型油菜中其它開花相關基因挖掘
5.展望
參考文獻
附錄 Ⅰ 附表及附圖
附錄 Ⅱ 作者簡介及發(fā)表文章
致謝



本文編號：3707733