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水稻抗壞血酸氧化酶基因家族生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2022-10-18 17:35
  抗壞血酸氧化酶(ascorbic acid oxidase, AAO)是多銅氧化酶家族中的一員,在植物生長發(fā)育過程中起重要作用。為深入研究水稻AAO基因家族的功能特征及表達(dá)模式,采用生物信息學(xué)從Phytozome的水稻數(shù)據(jù)庫鑒定出14個AAO成員,并對其染色體定位、蛋白理化性質(zhì)及二級結(jié)構(gòu)、基因結(jié)構(gòu)、保守基序、系統(tǒng)發(fā)生樹和表達(dá)模式等方面進(jìn)行預(yù)測分析。結(jié)果顯示,14個OsAAO不均勻地分布在8條染色體上,多為堿性蛋白;蛋白二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲為主要組成部分;基因結(jié)構(gòu)和保守基序分析表明,OsAAO內(nèi)含子數(shù)目變化差異較大,但氨基酸序列具有較強(qiáng)的保守性;系統(tǒng)發(fā)生樹可分為3個亞家族,OsAAOs與玉米、高粱簇在一起,親緣關(guān)系較近;另外表達(dá)模式分析發(fā)現(xiàn),OsAAO在不同的組織部位表達(dá)水平具有差異,這表明其行使功能不同。這些結(jié)果為今后研究該基因家族的生物學(xué)功能和培育耐旱品種提供理論依據(jù)。 

【文章頁數(shù)】:9 頁

【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
    1.1 OsAAO基因家族鑒定及染色體定位分析
    1.2 OsAAO蛋白結(jié)構(gòu)分析
        1.2.1 蛋白理化性質(zhì)分析
        1.2.2 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析
    1.3 OsAAO基因結(jié)構(gòu)與保守基序分析
    1.4 OsAAO系統(tǒng)發(fā)生樹分析
    1.5 OsAAO基因表達(dá)模式分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 OsAAO基因家族的搜索與鑒定
    3.2 OsAAO蛋白結(jié)構(gòu)分析
    3.3 OsAAO基因結(jié)構(gòu)與保守基序分析
    3.4 OsAAO基因家族系統(tǒng)進(jìn)化分析
    3.5 OsAAO基因表達(dá)譜分析
作者貢獻(xiàn)


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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[3]植物非生物脅迫信號轉(zhuǎn)導(dǎo)及應(yīng)答[J]. 朱健康,倪建平.  中國稻米. 2016(06)
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[6]水稻AT-hook基因家族生物信息學(xué)分析[J]. 張貴慰,曾玨,郭維,羅瓊.  植物學(xué)報. 2014(01)
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博士論文
[1]干旱下氮素營養(yǎng)對不同穗型小麥苗期耐旱性的影響機(jī)制[D]. 王秀波.中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院教育部水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心) 2018



本文編號:3692756

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