中胚軸的長度決定了幼苗的頂土能力,長中胚軸的水稻（Oryza sativa）品種在直播條件下出苗率更高。GY1基因從水稻突變體高腰（gaoyao1）中鑒定并命名。GY1 （LOC_Os01g67430）是控制中胚軸長度的主效基因之一,相比來自短中胚軸品種’日本晴’（O. sativa ssp. japonica cv. Nipponbare）的顯性GY1^Nip,’卡薩拉斯’（O. sativa ssp. indica cv. Kasalath）來源的隱性gy1^Kasa的編碼區(qū)的第376 bp處發(fā)生了G→T突變,導(dǎo)致了中胚軸變長。為了促進(jìn)gy1^Kasa在直播稻育種中的運(yùn)用,本研究以GY1的功能單核苷酸多態(tài)性（functional nucleotide polymorphism, FNP）為靶標(biāo),使用擴(kuò)增受阻突變系統(tǒng)（amplification refractory mutation system,ARMS）開發(fā)分子標(biāo)記。該分子標(biāo)記（gy1fnp）包含4條引物,分別命名為gy1fnpbf、gy1fnpbr... 

【文章來源】：農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2020,28(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

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gy1fnp分子標(biāo)記引物設(shè)計(jì)

隨著勞動(dòng)力成本的提高，直播將會(huì)得到越來越廣泛的運(yùn)用。只要在育種時(shí)就有針對性地解決直播所具備的劣勢，直播稻完全可以同移栽稻產(chǎn)量相當(dāng)。例如，草害可以通過培育轉(zhuǎn)基因抗除草劑水稻品種，搭配滅生性除草劑來解決(肖國櫻等,2018);出苗不齊可以通過降低水稻品種的休眠性(Wang et al.,2018)和提高水稻品種的出土率來解決；容易倒伏可以通過深播來解決，這同樣需要水稻品種具備更強(qiáng)的出土能力。水稻幼苗的出土能力和中胚軸長度正相關(guān)。為了提高水稻的出土能力，育種家需要利用能賦予水稻品種長中胚軸特性的基因。當(dāng)前已有2個(gè)中胚軸長度基因得到了克隆，即OsGSK2(LOC＿Os05g11730)(Sun et al.,2018)和GY1(LOC＿Os01g67430)(Xiong et al.,2017)。其中，GY1存在SNP376的G/T自然變異，來自"卡薩拉斯"的SNP376T型的gy1Kasa基因型為長中胚軸基因型。相比來自"日本晴"的GY1Nip,gy1Kasa為隱性基因型，分離群體中具備長中胚軸表型的家系理論上應(yīng)攜帶純合的gy1Kasa。但水稻中胚軸長度是多基因控制的數(shù)量性狀，存在潛在的上位性效應(yīng)，且表型鑒定極易受環(huán)境影響，因此僅根據(jù)表型特征推測基因型有出現(xiàn)偏差的可能性。為滿足育種家的需求，能夠直接篩選GY1基因型的方法意義重大。

水稻幼苗的出土能力和中胚軸長度正相關(guān)。為了提高水稻的出土能力，育種家需要利用能賦予水稻品種長中胚軸特性的基因。當(dāng)前已有2個(gè)中胚軸長度基因得到了克隆，即OsGSK2(LOC＿Os05g11730)(Sun et al.,2018)和GY1(LOC＿Os01g67430)(Xiong et al.,2017)。其中，GY1存在SNP376的G/T自然變異，來自"卡薩拉斯"的SNP376T型的gy1Kasa基因型為長中胚軸基因型。相比來自"日本晴"的GY1Nip,gy1Kasa為隱性基因型，分離群體中具備長中胚軸表型的家系理論上應(yīng)攜帶純合的gy1Kasa。但水稻中胚軸長度是多基因控制的數(shù)量性狀，存在潛在的上位性效應(yīng)，且表型鑒定極易受環(huán)境影響，因此僅根據(jù)表型特征推測基因型有出現(xiàn)偏差的可能性。為滿足育種家的需求，能夠直接篩選GY1基因型的方法意義重大。圖3 梯度PCR檢測gy1fnp分子標(biāo)記

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]論湖南水稻育種的主攻方向和技術(shù)策略[J]. 肖國櫻,陳芬,孟秋成,周浩,李錦江,于江輝,鄧力華,翁綠水.  雜交水稻. 2015(04)
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[5]水稻稻瘟病抗性基因Pi-ta的SNP檢測方法[J]. 張羽,張曉娟,楊鳳嬌,馮志峰.  中國水稻科學(xué). 2013(03)
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