玉米是全球種植面積與產(chǎn)量均列首位的重要作物,對其基因組的深度解析具有重要意義。本論文由兩部分工作組成:采用ChIA-PET研究的玉米三維基因組學(xué),研究細(xì)胞核內(nèi)與特異蛋白相關(guān)的遠(yuǎn)程互作;及基于GBS的著眼于群體的農(nóng)藝性狀的解析。本文開發(fā)出可應(yīng)用于玉米幼苗與幼穗的三維基因組學(xué)技術(shù)ChIA-PET,并針對不同組蛋白修飾H3K4me3與H3K27ac介導(dǎo)的染色質(zhì)遠(yuǎn)程互作進行全基因組水平分析。輔以多組學(xué)ChIP-seq、RNA-seq及4C-seq數(shù)據(jù),在幼穗與幼苗中鑒定到三類互作,啟動子-啟動子、啟動子-增強子及增強子-增強子互作。這些互作絕大部分均屬于染色體內(nèi)互作。幼穗與幼苗兩個組織中,H3K4me3的peaks數(shù)目都在26,500左右,H3K27ac的peaks數(shù)目都在56,730左右。在H3K4me3介導(dǎo)的互作中,幼穗和幼苗中分別鑒定12,224與16,054個互作;在H3K27ac介導(dǎo)的互作中,幼穗和幼苗中分別鑒定18,995與17,578個互作。在兩個組織不同組蛋白修飾介導(dǎo)的互作中,染色體內(nèi)的互作比例均超過86%。本人對傳統(tǒng)4C-seq方法做了改良,并采用改良后4C-seq分別驗證C... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：126 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１－ｈ三維基因組學(xué)的研究方法［１６］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－１：?Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ?ｉｎ?ｔｈｅ?３Ｄ?ｇｅｎｏｍｉｃｓ［１６］??

在不同生物細(xì)胞內(nèi)的進一步研究的深入，將會涌現(xiàn)更多激動人心的掲示染色質(zhì)真實結(jié)??構(gòu)與功能的結(jié)果＿。筆者將十年（２００９？２０１８）來３Ｄ技術(shù)的主要進展［２２’３１４６］繪制成??下圖（圖１－２）：??Ｍｍｅｌ／ＥｃｏＰ１５ｌ?ＣｈｌＡ－ＰＥＴ?＿?ＲＩＣｈ－ＰＥＴ??ＣｈｌＡ－ＰＥＴ?Ｌｏｎｇ－ｒｅａｄ?ＣｈｌＡ－ＰＥＴ?—?Ｍｕｌｔｉ－ＣｈＩＡ??ＨｉＣｈＩＰ?（ｏｒ?ＰＬＡＣ－ｓｅｑ，?ＣｈｌＡ－Ｄｒｏｐ??ｉｎ－ｓｒｔｕ?ＣｈｌＡ－ＰＥＴ）??Ｔａｒｇｅｔｅｄ?ＤＮａｓｅ?Ｈｉ－Ｃ??ＲＩＣＣ－ｓｅｑ?（３０ｎｍ?ｆｉｂｅｒ）??ＴＣＣ?Ｈｉ－Ｃ?２．０??Ｈｌ〇ＸｉｍＨ＾ｔＵ９ａｔｉ〇ｎ＇?Ｍｉｃｒｏ－ＣＸＬ?／ｎ－伽?ＤＮａｓｅ?Ｈｉ－Ｃ??ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ?＜??ＴＬＡ?Ｓｉｎｇｌｅ?ｃｅｌｌ?Ｈｉ－Ｃ??ＣＡＰＴＵＲＥ－Ｃ?Ｓｉｎｇｌｅ?ｎｕｃｌｅｕｓ?Ｈｉ－Ｃ??ＯＣＥＡＮ－Ｃ?Ｂｒｉｄｇｅ－ｌｉｎｋｅｒ?ｉｎ－ｓｉｔｕ?Ｈｉ－Ｃ??￣?ｉｎ－ｓｉｔｕ?Ｈ＼－Ｃ?＿?Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ－Ｌｉｇａｔｉｏｎ－Ｏｎｌｙ?Ｈｉ－Ｃ??Ｅａｓｙ?ＨｈＣ??ＧＥＭ?Ｌｏｗ－Ｃ??Ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ?Ｌｉｇａｔｉｏｎ－?＾??ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ?—?ＳＰＲＩＴＥ?Ｄ｜Ｐ＊Ｃ??ＧＲＩＤ－ｓｅｑ??Ｔｒａｃ－ｌｏｏｐｉｎｇ??ＣｈＡＲ－ｓｅｑ??３Ｄ－ＳＴＯＲＭ??ＰＡＬＭ??Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ?—?Ｖｉｓｕ

’Ｎｏｎ－ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ??ｇｅｎｅｓ??圖１－３：雌激素Ａｌｐｈａ受體結(jié)合的染色質(zhì)互作與轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)機制［１９］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３：?Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ?ｏｆ?ｅｓｔｒｏｇｅｎ－ａｌｐｈａ?ｒｅｃｅｐｔｏｒ?ｂｏｕｎｄ?ｃｈｒｏｍａｔｉｎ?ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ??ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ。９］??遠(yuǎn)程雌激素ａｌｐｈａ受體結(jié)合位點與近程位點互作，形成染色質(zhì)環(huán)。錨定基因（綠色與??藍(lán)色）緊靠互作錨區(qū)域，具有濃縮的活躍轉(zhuǎn)錄機器（紅色陰影區(qū)）。距離互作中心（灰??色）遠(yuǎn)的基因沒有或少有活性。??原位訊－（：［４７，４８］的研究結(jié)果表明，一維線性序列可排列成許多個染色質(zhì)環(huán)，環(huán)的大??小不一，一般都是數(shù)百Ｋｂ。環(huán)的錨定位點是由ＣＴＣＦ轉(zhuǎn)錄因子以成對的聚合方向固??定起來的［４９，５（）］。??３??


本文編號：3408510