大豆微核心種質(zhì)群體產(chǎn)量相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時間:2021-06-16 02:32
大豆[Glycine Max(L.)Merr.]是我國非常重要的糧油兼用作物,其產(chǎn)量的高低與大多數(shù)農(nóng)藝性狀有著間接或者直接聯(lián)系,如:株高、主莖節(jié)數(shù)、分枝等。目前大豆相比于水稻、小麥等高產(chǎn)作物,產(chǎn)量偏低,育種進(jìn)程相對緩慢。而借助分子標(biāo)記與目標(biāo)性狀間的關(guān)聯(lián),深入剖析性狀表型變異的遺傳基礎(chǔ),對產(chǎn)量相關(guān)性狀進(jìn)行基因定位,不僅為分子標(biāo)記輔助選擇和基因克隆奠定基礎(chǔ),而且大大提高大豆高產(chǎn)育種的效率。大豆微核心種質(zhì)(minicorecollection)代表了我國2.3萬余份栽培大豆種質(zhì)資源大約63.5%的遺傳多樣性,是用于大豆基因挖掘和品種改良的優(yōu)異材料。本研究以224份大豆微核心種質(zhì)為試驗材料,并對表型數(shù)據(jù)進(jìn)行了描述性統(tǒng)計分析和方差分析,探討了產(chǎn)量相關(guān)性狀之間的相互關(guān)系。利用覆蓋全基因組1749個單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記,對株高、主莖節(jié)數(shù)、分枝、莖粗、平均節(jié)間長和有效莢數(shù)等6個性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。在此基礎(chǔ)上,對兩種模型共同定位到的產(chǎn)量相關(guān)性狀SNP位點(diǎn)進(jìn)行優(yōu)異等位變異的挖掘以及優(yōu)異種質(zhì)的篩選。通過對大豆產(chǎn)量相關(guān)性狀緊密關(guān)聯(lián)的SNPs進(jìn)行全基因組的鑒定研究,為下一步進(jìn)行大豆產(chǎn)量相關(guān)候選基因...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-1大豆微核心種質(zhì)群體產(chǎn)量相關(guān)性狀頻率分布圖??Fig?2-1?Frequency?distributions?of?yeil?
Note:?(A)?MAF?(B)?PIC?(C)?H?(D)?GeneDiversity??1.4.2連鎖不平衡分析??參考本課題組黃婧博士研宄結(jié)果(圖3-2,圖3-3):通過計算標(biāo)記兩兩之間的連??鎖不平衡,共獲得SNPs組合1145341對。標(biāo)記的LD程度用等位基因親率相關(guān)系數(shù)r2來??表示。所有SNPs位點(diǎn)間的r2均值為0.013,連鎖SNP和非連鎖SNP的r2平均值分別為??0.031、0.012。存在顯著連鎖不平衡的SNPs位點(diǎn)間/*2均值為0.128,而存在強(qiáng)連鎖不平??衡(?>0.33)的SNPs位點(diǎn)有1173對,完全連鎖(Z=l)的SNP標(biāo)記共60對。由LD值衰??減曲線得出其衰減距離為249.20Kb。??28??
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【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]廣西水稻地方品種耐冷性鑒定及相關(guān)分析[J]. 夏秀忠,張宗瓊,楊行海,農(nóng)保選,曾宇,劉開強(qiáng),鄧國富,李丹婷. 植物遺傳資源學(xué)報. 2016(06)
[2]栽培大豆農(nóng)藝性狀的關(guān)聯(lián)分析及優(yōu)異等位變異挖掘[J]. 楊勝先,牛遠(yuǎn),李夢,魏世平,劉曉芬,呂海燕,章元明. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(20)
[3]大豆全基因組分枝相關(guān)基因發(fā)掘及與QTL共定位[J]. 譚冰,郭勇,邱麗娟. 遺傳. 2013(06)
[4]分子標(biāo)記技術(shù)及其研究進(jìn)展[J]. 許洹瑞. 黑龍江環(huán)境通報. 2013(01)
[5]大豆分枝數(shù)和葉柄夾角的相關(guān)野生片段分析[J]. 王吳彬,何慶元,楊紅燕,向仕華,趙團(tuán)結(jié),邢光南,蓋鈞鎰. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(23)
[6]多環(huán)境條件下大豆倒伏性相關(guān)形態(tài)性狀的QTL分析[J]. 范冬梅,楊振,馬占洲,曾慶力,杜翔宇,蔣洪蔚,劉春燕,韓冬偉,欒懷海,裴宇峰,陳慶山,胡國華. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(15)
[7]運(yùn)用關(guān)聯(lián)分析定位栽培大豆蛋白11S、7S組分的相關(guān)基因位點(diǎn)[J]. 簡爽,文自翔,李海朝,袁道華,李金英,張輝,葉永忠,盧為國. 作物學(xué)報. 2012(05)
[8]大豆品質(zhì)及農(nóng)藝性狀的QTL分析[J]. 蔣春志,裴翠娟,荊慧賢,張孟臣,王濤,邸銳,劉兵強(qiáng),閆龍. 華北農(nóng)學(xué)報. 2011(05)
[9]分子標(biāo)記技術(shù)及其在水稻基因定位上的應(yīng)用[J]. 孫正文,黃興奇,李維蛟,鐘巧芳,余騰瓊,郭怡卿,李定琴,殷富有,程在全. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2011(01)
[10]大豆產(chǎn)量有關(guān)性狀QTL的檢測[J]. 黃中文,趙團(tuán)結(jié),喻德躍,陳受宜,蓋鈞鎰. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2009(12)
博士論文
[1]大豆對大豆疫霉根腐病抗性基因和QTL的定位[D]. 黃婧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]大豆種質(zhì)遺傳多樣性及表型性狀關(guān)聯(lián)位點(diǎn)發(fā)掘與優(yōu)異位點(diǎn)序列分析[D]. 李強(qiáng).內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]大豆產(chǎn)量相關(guān)性狀QTL的關(guān)聯(lián)分析及候選基因GmGA3ox單倍型鑒定[D]. 郝德榮.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
碩士論文
[1]大豆品種群體株高、分枝數(shù)、主莖節(jié)數(shù)、莖粗和單株莢數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[D]. 楊勝先.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[2]新型特早熟春性甘藍(lán)型油菜的遺傳多樣性及其雜種優(yōu)勢的研究[D]. 姚艷梅.青海大學(xué) 2008
[3]不同發(fā)育時期玉米籽粒品質(zhì)性狀的QTLs動態(tài)分析[D]. 趙素貞.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[4]若干玉米自交系雜種優(yōu)勢群劃分的研究[D]. 劉;.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
本文編號:3232180
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:80 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖2-1大豆微核心種質(zhì)群體產(chǎn)量相關(guān)性狀頻率分布圖??Fig?2-1?Frequency?distributions?of?yeil?
Note:?(A)?MAF?(B)?PIC?(C)?H?(D)?GeneDiversity??1.4.2連鎖不平衡分析??參考本課題組黃婧博士研宄結(jié)果(圖3-2,圖3-3):通過計算標(biāo)記兩兩之間的連??鎖不平衡,共獲得SNPs組合1145341對。標(biāo)記的LD程度用等位基因親率相關(guān)系數(shù)r2來??表示。所有SNPs位點(diǎn)間的r2均值為0.013,連鎖SNP和非連鎖SNP的r2平均值分別為??0.031、0.012。存在顯著連鎖不平衡的SNPs位點(diǎn)間/*2均值為0.128,而存在強(qiáng)連鎖不平??衡(?>0.33)的SNPs位點(diǎn)有1173對,完全連鎖(Z=l)的SNP標(biāo)記共60對。由LD值衰??減曲線得出其衰減距離為249.20Kb。??28??
0一工0一15Q‘20一25Q一30350一40.450_50‘550一60.650一70.75住80.85D一90一951K加翻峋
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]廣西水稻地方品種耐冷性鑒定及相關(guān)分析[J]. 夏秀忠,張宗瓊,楊行海,農(nóng)保選,曾宇,劉開強(qiáng),鄧國富,李丹婷. 植物遺傳資源學(xué)報. 2016(06)
[2]栽培大豆農(nóng)藝性狀的關(guān)聯(lián)分析及優(yōu)異等位變異挖掘[J]. 楊勝先,牛遠(yuǎn),李夢,魏世平,劉曉芬,呂海燕,章元明. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(20)
[3]大豆全基因組分枝相關(guān)基因發(fā)掘及與QTL共定位[J]. 譚冰,郭勇,邱麗娟. 遺傳. 2013(06)
[4]分子標(biāo)記技術(shù)及其研究進(jìn)展[J]. 許洹瑞. 黑龍江環(huán)境通報. 2013(01)
[5]大豆分枝數(shù)和葉柄夾角的相關(guān)野生片段分析[J]. 王吳彬,何慶元,楊紅燕,向仕華,趙團(tuán)結(jié),邢光南,蓋鈞鎰. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(23)
[6]多環(huán)境條件下大豆倒伏性相關(guān)形態(tài)性狀的QTL分析[J]. 范冬梅,楊振,馬占洲,曾慶力,杜翔宇,蔣洪蔚,劉春燕,韓冬偉,欒懷海,裴宇峰,陳慶山,胡國華. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(15)
[7]運(yùn)用關(guān)聯(lián)分析定位栽培大豆蛋白11S、7S組分的相關(guān)基因位點(diǎn)[J]. 簡爽,文自翔,李海朝,袁道華,李金英,張輝,葉永忠,盧為國. 作物學(xué)報. 2012(05)
[8]大豆品質(zhì)及農(nóng)藝性狀的QTL分析[J]. 蔣春志,裴翠娟,荊慧賢,張孟臣,王濤,邸銳,劉兵強(qiáng),閆龍. 華北農(nóng)學(xué)報. 2011(05)
[9]分子標(biāo)記技術(shù)及其在水稻基因定位上的應(yīng)用[J]. 孫正文,黃興奇,李維蛟,鐘巧芳,余騰瓊,郭怡卿,李定琴,殷富有,程在全. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2011(01)
[10]大豆產(chǎn)量有關(guān)性狀QTL的檢測[J]. 黃中文,趙團(tuán)結(jié),喻德躍,陳受宜,蓋鈞鎰. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2009(12)
博士論文
[1]大豆對大豆疫霉根腐病抗性基因和QTL的定位[D]. 黃婧.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]大豆種質(zhì)遺傳多樣性及表型性狀關(guān)聯(lián)位點(diǎn)發(fā)掘與優(yōu)異位點(diǎn)序列分析[D]. 李強(qiáng).內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]大豆產(chǎn)量相關(guān)性狀QTL的關(guān)聯(lián)分析及候選基因GmGA3ox單倍型鑒定[D]. 郝德榮.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
碩士論文
[1]大豆品種群體株高、分枝數(shù)、主莖節(jié)數(shù)、莖粗和單株莢數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[D]. 楊勝先.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
[2]新型特早熟春性甘藍(lán)型油菜的遺傳多樣性及其雜種優(yōu)勢的研究[D]. 姚艷梅.青海大學(xué) 2008
[3]不同發(fā)育時期玉米籽粒品質(zhì)性狀的QTLs動態(tài)分析[D]. 趙素貞.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[4]若干玉米自交系雜種優(yōu)勢群劃分的研究[D]. 劉;.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
本文編號:3232180
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