寒脅迫下ncRNA調(diào)控冬小麥6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶表達特性的研究
發(fā)布時間：2021-03-07 06:09
農(nóng)作物在正常生長的過程中會遇到很多逆境脅迫,低溫脅迫對小麥作物影響巨大,會導致小麥生長發(fā)育遲緩,產(chǎn)量減少。東農(nóng)冬麥1號（Dn1）是我國可在黑龍江省高寒區(qū)安全越冬強抗寒（可耐-30℃低溫）冬小麥品種,是耐寒研究珍貴材料。microRNA（miRNA）與冬小麥的抗寒性有密切的關(guān)系,miRNA調(diào)控其靶基因啟動抗寒應答;而lncRNA通過與miRNA的互作,影響了miRNA對其靶基因表達,進而使冬小麥的抗寒性產(chǎn)生變化。在強抗寒的冬小麥品種Dn1中進行篩檢分析,發(fā)現(xiàn)了與其抗寒有關(guān)的miRNA及l(fā)ncRNA。本研究通過KEGG通路發(fā)現(xiàn)了miRNA調(diào)控下表達差異顯著的Ta6PGL,依據(jù)實驗室此前建立的不同低溫環(huán)境下的miRNA和lncRNA數(shù)據(jù)庫,從miRNA數(shù)據(jù)庫中找到可調(diào)控Ta6PGL表達差異顯著的miRNA是tae-miRNA5049-3p,進而又從lncRNA數(shù)據(jù)庫中找到與tae-miRNA5049-3p互作的lncRNA,應用RT-PCR和轉(zhuǎn)基因技術(shù)檢測三者的表達規(guī)律。構(gòu)建tae-lncRNA-0310的植物表達載體,浸花法侵染擬南芥,并對T2代植株表型觀察并進行植株...
【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學黑龍江省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：48 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
Ta6PGL同源序列比對Fig.3-1Ta6PGLHomologoussequencealignment
圖 3-2 6PGL 進化樹Fig.3-2 6PGL phylogenetic tree3.1.2 lncRNAs 的生物信息學分析根據(jù)前期在 5℃、-10℃和-25℃下取樣東農(nóng)冬麥 1 號分蘗節(jié)、提取 RNA，經(jīng) RNA-seq建“東農(nóng)冬麥 1 號”寒脅迫相關(guān)高質(zhì)量的 lncRNA 文庫，從中篩選出調(diào)控 PPP 途徑相關(guān)的合 ceRNA 假說的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶，6PGL）。表 3-1 構(gòu)建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 關(guān)聯(lián)關(guān)系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預測使用軟件 RNAfold 檢測了 lncRNA 的二級結(jié)構(gòu)，得到結(jié)構(gòu)如下圖 3-3 所示，可以看lncRNAs 的二級結(jié)構(gòu)具有明顯的頸環(huán)結(jié)構(gòu)，其中，tae-lncRNA-0150 二級結(jié)構(gòu)較為復雜，具lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
3.1.2 lncRNAs 的生物信息學分析根據(jù)前期在 5℃、-10℃和-25℃下取樣東農(nóng)冬麥 1 號分蘗節(jié)、提取 RNA，經(jīng) RNA-seq 構(gòu)建“東農(nóng)冬麥 1 號”寒脅迫相關(guān)高質(zhì)量的 lncRNA 文庫，從中篩選出調(diào)控 PPP 途徑相關(guān)的符合 ceRNA 假說的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1）-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶，6PGL）。表 3-1 構(gòu)建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 關(guān)聯(lián)關(guān)系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預測使用軟件 RNAfold 檢測了 lncRNA 的二級結(jié)構(gòu)，得到結(jié)構(gòu)如下圖 3-3 所示，可以看出lncRNAs 的二級結(jié)構(gòu)具有明顯的頸環(huán)結(jié)構(gòu)，其中，tae-lncRNA-0150 二級結(jié)構(gòu)較為復雜，具有較多的配對堿基數(shù)，但其大環(huán)狀結(jié)構(gòu)也相對更多。lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
本文編號：3068537
【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學黑龍江省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：48 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
Ta6PGL同源序列比對Fig.3-1Ta6PGLHomologoussequencealignment
圖 3-2 6PGL 進化樹Fig.3-2 6PGL phylogenetic tree3.1.2 lncRNAs 的生物信息學分析根據(jù)前期在 5℃、-10℃和-25℃下取樣東農(nóng)冬麥 1 號分蘗節(jié)、提取 RNA，經(jīng) RNA-seq建“東農(nóng)冬麥 1 號”寒脅迫相關(guān)高質(zhì)量的 lncRNA 文庫，從中篩選出調(diào)控 PPP 途徑相關(guān)的合 ceRNA 假說的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶，6PGL）。表 3-1 構(gòu)建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 關(guān)聯(lián)關(guān)系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預測使用軟件 RNAfold 檢測了 lncRNA 的二級結(jié)構(gòu)，得到結(jié)構(gòu)如下圖 3-3 所示，可以看lncRNAs 的二級結(jié)構(gòu)具有明顯的頸環(huán)結(jié)構(gòu)，其中，tae-lncRNA-0150 二級結(jié)構(gòu)較為復雜，具lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
3.1.2 lncRNAs 的生物信息學分析根據(jù)前期在 5℃、-10℃和-25℃下取樣東農(nóng)冬麥 1 號分蘗節(jié)、提取 RNA，經(jīng) RNA-seq 構(gòu)建“東農(nóng)冬麥 1 號”寒脅迫相關(guān)高質(zhì)量的 lncRNA 文庫，從中篩選出調(diào)控 PPP 途徑相關(guān)的符合 ceRNA 假說的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1）-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶，6PGL）。表 3-1 構(gòu)建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 關(guān)聯(lián)關(guān)系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預測使用軟件 RNAfold 檢測了 lncRNA 的二級結(jié)構(gòu)，得到結(jié)構(gòu)如下圖 3-3 所示，可以看出lncRNAs 的二級結(jié)構(gòu)具有明顯的頸環(huán)結(jié)構(gòu)，其中，tae-lncRNA-0150 二級結(jié)構(gòu)較為復雜，具有較多的配對堿基數(shù)，但其大環(huán)狀結(jié)構(gòu)也相對更多。lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸內(nèi)酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
本文編號：3068537
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