棉花是世界上重要的經(jīng)濟(jì)作物之一,其棉纖維不僅是紡織工業(yè)的原材料,而且可以作為纖維能源應(yīng)用于工業(yè)發(fā)展,研究纖維發(fā)育機(jī)理對于棉纖維改良具有重要意義。本研究收集了278份棉花品系材料組成自然群體,利用簡化基因組（SLAF-seq）技術(shù)開發(fā)單核苷酸多態(tài)性（SNP）標(biāo)記,基于SNP標(biāo)記進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）和全基因組單體域（LD Block）及單體型（Haplotype）分析。同時結(jié)合生物信息方法學(xué)和實(shí)時熒光定量實(shí)驗(yàn),分析棉花四個物種全基因組纖維素合成酶基因的進(jìn)化情況及其在纖維發(fā)育過程中的表達(dá)模式,這些為進(jìn)一步改良棉花纖維育種工作和解析纖維發(fā)育分子機(jī)制奠定了一定的基礎(chǔ)。利用簡化基因組測序（SLAF-seq）技術(shù)共開發(fā)到SNP標(biāo)記3,464,561個,在完整度0.85,最小等位基因頻率0.05水平上過濾得到SNP標(biāo)記54,541個。在此基礎(chǔ)上,分別進(jìn)行了群體的群體結(jié)構(gòu)、主成分分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果表明該群體可以分為三個亞群,這三個亞群在纖維強(qiáng)度上差異達(dá)到極顯著（p<0.01）。通過全基因組關(guān)聯(lián)分析,共關(guān)聯(lián)（p<9.46e-8）到分別與纖維強(qiáng)度（FS）、纖維長度（FL）、纖維馬... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

濃度為1.0%瓊脂糖凝膠DNA電泳檢測結(jié)果

圖 2-2 SLAF-seq 技術(shù)流程（陶紅霞，2015）Figure 2-2 the process of SLAF-seq technology流程識別原始數(shù)據(jù)，得到每個樣品的讀長。去除 reads 接的數(shù)據(jù)來評估 HaeIII+SspI-HF 的酶切效率，從而判信息學(xué)分析，在群體中開發(fā)全基因組范圍的 SNP 標(biāo)行群體多態(tài)性分析。具體生物信息分析流程見下圖（

圖 2-2 SLAF-seq 技術(shù)流程（陶紅霞，2015）Figure 2-2 the process of SLAF-seq technology息分析流程l-index 識別原始數(shù)據(jù)，得到每個樣品的讀長。去除 reads 接頭，評估照物種的數(shù)據(jù)來評估 HaeIII+SspI-HF 的酶切效率，從而判斷 SLA據(jù)生物信息學(xué)分析，在群體中開發(fā)全基因組范圍的 SNP 標(biāo)記，利用 SNP 進(jìn)行群體多態(tài)性分析。具體生物信息分析流程見下圖（圖 2-3）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Population genetic structure and diversity of high value vulnerable medicinal plant Acorus calamus in India using RAPD and chloroplast microsatellite markers[J]. H. S. Ginwal,Neha Mittal,Arvind Tomar,V. K. Varshney.  Journal of Forestry Research. 2011(03)
[2]人類基因組單核苷酸多態(tài)性和單體型的分析及應(yīng)用[J]. 李婧,潘玉春,李亦學(xué),石鐵流.  遺傳學(xué)報(bào). 2005(08)
[3]分子標(biāo)記在食用蕈菌遺傳育種中的應(yīng)用[J]. 馬富英,羅信昌.  菌物系統(tǒng). 2002(01)

碩士論文
[1]基于SLAF標(biāo)記的蘋果遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D]. 陶紅霞.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015



本文編號：3021104