玉米自交系昌7-2與鄭58重測序數(shù)據(jù)分析
發(fā)布時間:2021-01-24 05:27
玉米自交系昌7-2和鄭58是玉米育種的核心基礎(chǔ)材料,本研究應(yīng)用生物信息學(xué)分析法對兩個自交系重測序數(shù)據(jù)在基因組上的差異進(jìn)行分析,并對SNP和In Del差異位點(diǎn)進(jìn)行注釋,在基因組上找到兩個自交系的差異基因并注釋,這些差異基因為后續(xù)分子標(biāo)記和育種工作奠定了基礎(chǔ)。主要結(jié)論如下:1普通玉米自交系昌7-2重測序數(shù)據(jù)為57G,測序深度為27.6X,共生成3.99億條reads,與參考序列B73比對上54G,reads比對上3.79億條,覆蓋度達(dá)94.92%;鄭58重測序數(shù)據(jù)為60G,重測深度為28.74X,共得到4.16億條reads,與B73比對上54G,reads比對上3.96億條,覆蓋度為95.12%。2自交系昌7-2重測序數(shù)據(jù)與B73比對分析,共發(fā)現(xiàn)810.65萬個差異位點(diǎn),SNP位點(diǎn)有732.55萬個,In DEL位點(diǎn)有78.08萬個。在732.55萬個SNP中,有702.52萬個在基因上,38.89萬個在內(nèi)含子上;在編碼區(qū)引起氨基酸變化的SNP有30.74萬個;純合的SNP有686.02萬個,雜合的有38.63萬個。78.08萬個In Del中,在基因上有69.49萬個,內(nèi)含子上有30...
【文章來源】:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
測序及分析流程圖
圖 2-2 可視化圖Figure 2-2 Visualizations(4)比對后的結(jié)果統(tǒng)計:#統(tǒng)計覆蓋度和測序深度:nohup time samtools mpileup Z58_v4.sorted.bam |perl -alne'{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}"foreach sort keys %pos}' 1>coverage_depth.txt 2>coverage_depth.log &#查看染色體的長度samtools view -H Z58_v4.sorted.bam#查看比對的效率samtools flagstat Z58_v4.sorted.bam#結(jié)果的可視化samtools stats -r Zea_mays.AGPv4.DNA.chromosome.fa Z58_v4.sorted.bam >Z58_v4.sort.bam.statsplot-bamstats -p bam.stats Z58_v4.sort.bam.stats(5)對比對的結(jié)果進(jìn)行過濾
圖 2-3 昌 7-2 測序質(zhì)量Figure 2-3 The quality for inbred Chang7-2a 和 b:昌 7-2 質(zhì)量檢說明;c 和 d:質(zhì)量檢測生成的 reads 質(zhì)量由圖 2-3 可知:a 和 b 是 read1 和 read2 的質(zhì)量檢測的說明,從中可知昌 7-2 質(zhì)量檢測的序列為 1.9 億條,每個序列的長度為 150bp,檢測的 GC 含量為 46%。c 和 d 是檢測的 read1和 read2 的測序質(zhì)量。由圖可知,read1 的全部序列都在黃色背景之上,所以 read1 的全部序列都可以用;read2 的質(zhì)量檢測值的前 118bp 的測序質(zhì)量值都落黃色背景之上,故 reads2的前 118bp 可用;紅色背景中的數(shù)據(jù)質(zhì)量較低,故在分析過程中去取。后續(xù)對昌 7-2 的分析都是在去除質(zhì)量低的數(shù)據(jù)后進(jìn)行的。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]玉米穗行數(shù)全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張煥欣,翁建峰,張曉聰,劉昌林,雍洪軍,郝轉(zhuǎn)芳,李新海. 作物學(xué)報. 2014(01)
[2]DNA測序技術(shù)及其應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 劉朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2012(10)
[3]第三代測序基本原理[J]. 李明爽,趙敏. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2012(10)
[4]高等植物基因組測序回顧與展望[J]. 劉蓉蓉. 生物技術(shù)通報. 2011(05)
[5]DNA測序技術(shù)的發(fā)展歷史與最新進(jìn)展[J]. 解增言,林俊華,譚軍,舒坤賢. 生物技術(shù)通報. 2010(08)
[6]鄭單958的價值及改良[J]. 王紹新,郭貴峰,馮健英,張國良. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(02)
[7]DNA測序技術(shù)與儀器的發(fā)展[J]. 聶志揚(yáng),肖飛,郭健. 中國醫(yī)療器械信息. 2009(10)
[8]DNA高速測序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 黃彥. 生命科學(xué)儀器. 2008(02)
[9]玉米雜交種鄭單958的選育與應(yīng)用[J]. 堵純信,曹春景,曹青,畢蒙蒙,董戰(zhàn)鯤,張發(fā)林. 玉米科學(xué). 2006(06)
[10]優(yōu)良高配合力玉米自交系昌7-2的選育及其利用[J]. 申為民,王衛(wèi)民,趙愛蓮,張?zhí)? 種子. 2004(12)
本文編號:2996661
【文章來源】:河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
測序及分析流程圖
圖 2-2 可視化圖Figure 2-2 Visualizations(4)比對后的結(jié)果統(tǒng)計:#統(tǒng)計覆蓋度和測序深度:nohup time samtools mpileup Z58_v4.sorted.bam |perl -alne'{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}"foreach sort keys %pos}' 1>coverage_depth.txt 2>coverage_depth.log &#查看染色體的長度samtools view -H Z58_v4.sorted.bam#查看比對的效率samtools flagstat Z58_v4.sorted.bam#結(jié)果的可視化samtools stats -r Zea_mays.AGPv4.DNA.chromosome.fa Z58_v4.sorted.bam >Z58_v4.sort.bam.statsplot-bamstats -p bam.stats Z58_v4.sort.bam.stats(5)對比對的結(jié)果進(jìn)行過濾
圖 2-3 昌 7-2 測序質(zhì)量Figure 2-3 The quality for inbred Chang7-2a 和 b:昌 7-2 質(zhì)量檢說明;c 和 d:質(zhì)量檢測生成的 reads 質(zhì)量由圖 2-3 可知:a 和 b 是 read1 和 read2 的質(zhì)量檢測的說明,從中可知昌 7-2 質(zhì)量檢測的序列為 1.9 億條,每個序列的長度為 150bp,檢測的 GC 含量為 46%。c 和 d 是檢測的 read1和 read2 的測序質(zhì)量。由圖可知,read1 的全部序列都在黃色背景之上,所以 read1 的全部序列都可以用;read2 的質(zhì)量檢測值的前 118bp 的測序質(zhì)量值都落黃色背景之上,故 reads2的前 118bp 可用;紅色背景中的數(shù)據(jù)質(zhì)量較低,故在分析過程中去取。后續(xù)對昌 7-2 的分析都是在去除質(zhì)量低的數(shù)據(jù)后進(jìn)行的。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]玉米穗行數(shù)全基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張煥欣,翁建峰,張曉聰,劉昌林,雍洪軍,郝轉(zhuǎn)芳,李新海. 作物學(xué)報. 2014(01)
[2]DNA測序技術(shù)及其應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 劉朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2012(10)
[3]第三代測序基本原理[J]. 李明爽,趙敏. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2012(10)
[4]高等植物基因組測序回顧與展望[J]. 劉蓉蓉. 生物技術(shù)通報. 2011(05)
[5]DNA測序技術(shù)的發(fā)展歷史與最新進(jìn)展[J]. 解增言,林俊華,譚軍,舒坤賢. 生物技術(shù)通報. 2010(08)
[6]鄭單958的價值及改良[J]. 王紹新,郭貴峰,馮健英,張國良. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2010(02)
[7]DNA測序技術(shù)與儀器的發(fā)展[J]. 聶志揚(yáng),肖飛,郭健. 中國醫(yī)療器械信息. 2009(10)
[8]DNA高速測序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 黃彥. 生命科學(xué)儀器. 2008(02)
[9]玉米雜交種鄭單958的選育與應(yīng)用[J]. 堵純信,曹春景,曹青,畢蒙蒙,董戰(zhàn)鯤,張發(fā)林. 玉米科學(xué). 2006(06)
[10]優(yōu)良高配合力玉米自交系昌7-2的選育及其利用[J]. 申為民,王衛(wèi)民,趙愛蓮,張?zhí)? 種子. 2004(12)
本文編號:2996661
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/nzwlw/2996661.html
最近更新
教材專著