玉米自交系昌7-2和鄭58是玉米育種的核心基礎(chǔ)材料,本研究應(yīng)用生物信息學(xué)分析法對兩個自交系重測序數(shù)據(jù)在基因組上的差異進(jìn)行分析,并對SNP和In Del差異位點(diǎn)進(jìn)行注釋,在基因組上找到兩個自交系的差異基因并注釋,這些差異基因為后續(xù)分子標(biāo)記和育種工作奠定了基礎(chǔ)。主要結(jié)論如下:1普通玉米自交系昌7-2重測序數(shù)據(jù)為57G,測序深度為27.6X,共生成3.99億條reads,與參考序列B73比對上54G,reads比對上3.79億條,覆蓋度達(dá)94.92%;鄭58重測序數(shù)據(jù)為60G,重測深度為28.74X,共得到4.16億條reads,與B73比對上54G,reads比對上3.96億條,覆蓋度為95.12%。2自交系昌7-2重測序數(shù)據(jù)與B73比對分析,共發(fā)現(xiàn)810.65萬個差異位點(diǎn),SNP位點(diǎn)有732.55萬個,In DEL位點(diǎn)有78.08萬個。在732.55萬個SNP中,有702.52萬個在基因上,38.89萬個在內(nèi)含子上;在編碼區(qū)引起氨基酸變化的SNP有30.74萬個;純合的SNP有686.02萬個,雜合的有38.63萬個。78.08萬個In Del中,在基因上有69.49萬個,內(nèi)含子上有30... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

測序及分析流程圖

圖 2-2 可視化圖Figure 2-2 Visualizations（4）比對后的結(jié)果統(tǒng)計：#統(tǒng)計覆蓋度和測序深度：nohup time samtools mpileup Z58_v4.sorted.bam |perl -alne'{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}"foreach sort keys %pos}' 1>coverage_depth.txt 2>coverage_depth.log &#查看染色體的長度samtools view -H Z58_v4.sorted.bam#查看比對的效率samtools flagstat Z58_v4.sorted.bam#結(jié)果的可視化samtools stats -r Zea_mays.AGPv4.DNA.chromosome.fa Z58_v4.sorted.bam >Z58_v4.sort.bam.statsplot-bamstats -p bam.stats Z58_v4.sort.bam.stats（5）對比對的結(jié)果進(jìn)行過濾

圖 2-3 昌 7-2 測序質(zhì)量Figure 2-3 The quality for inbred Chang7-2a 和 b:昌 7-2 質(zhì)量檢說明；c 和 d:質(zhì)量檢測生成的 reads 質(zhì)量由圖 2-3 可知：a 和 b 是 read1 和 read2 的質(zhì)量檢測的說明，從中可知昌 7-2 質(zhì)量檢測的序列為 1.9 億條，每個序列的長度為 150bp,檢測的 GC 含量為 46%。c 和 d 是檢測的 read1和 read2 的測序質(zhì)量。由圖可知，read1 的全部序列都在黃色背景之上，所以 read1 的全部序列都可以用；read2 的質(zhì)量檢測值的前 118bp 的測序質(zhì)量值都落黃色背景之上，故 reads2的前 118bp 可用；紅色背景中的數(shù)據(jù)質(zhì)量較低，故在分析過程中去取。后續(xù)對昌 7-2 的分析都是在去除質(zhì)量低的數(shù)據(jù)后進(jìn)行的。

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：2996661