木豆MATE基因抗金屬脅迫作用解析
【圖文】:
為了探索木豆中CcMATEs在染色體上的物理關(guān)系,使用Map邋Draw工具繪制木逡逑豆所有MATE蛋白的染色體位置(Liu邋et邋al,2003),最后對于獲得的圖進行修改和整理逡逑(圖2.1)。圖中顯示共有51個MATE基因位于木豆的8條染色體上。然而,還有16逡逑個MATE基因在木豆的任何染色體上都沒有發(fā)現(xiàn),因此將它們放在了未知染色體上。逡逑木豆中有許多MATE基因未映射到染色體,這種現(xiàn)象可能是由于NCBI中木豆的基逡逑因組不完整。結(jié)果發(fā)現(xiàn),7號染色體15個基因,分別是CcM47EWcM47^J7,這個逡逑染色體是具有MATE基因最高數(shù)量的染色體;3號和5號染色體上的基因數(shù)量最少,逡逑分別只有一個基因這種現(xiàn)象可能是由于MATE家族和木豆基因組的擴增引起的逡逑(Jacquemin邋et邋al,邋2014)0逡逑剩下的34個CcMATE基因中
邐木豆MATE基因家族的生物信息學(xué)分析邐逡逑2.2.4木豆MATE蛋白基序分析逡逑利用在線網(wǎng)站Pfam和NCBI進行蛋白結(jié)構(gòu)域分析鑒定,通過MEME網(wǎng)站(Bailey逡逑et邋al,,2009)預(yù)測木豆MATE蛋白基序。將所有67個MATE蛋白的序列提交,并選擇逡逑傳統(tǒng)模式,設(shè)定最大基序數(shù)10。對獲得的數(shù)據(jù),進行整理并制作木豆中67個MATE逡逑基序結(jié)構(gòu)預(yù)測圖。在木豆MATE蛋白中預(yù)測出10個保守基序(圖2.3)。逡逑Logo邐Name邐Ait.邋Width逡逑Nam?逡逑
【學(xué)位授予單位】:北京林業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號】:X173;S567.19
【相似文獻】
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本文編號:2669764
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