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粳糯谷子籽粒灌漿期轉(zhuǎn)錄組測序和差異表達(dá)基因分析

發(fā)布時間:2020-04-12 03:56
【摘要】:谷子糯性影響小米的蒸煮食味品質(zhì),本研究依據(jù)灌漿期GBSSI、SSS和SBE酶活性動態(tài)變化,利用高通量測序技術(shù)Illumina Hiseq4000對糯谷公谷68(灌漿期第1和5天)和粳谷赤谷4號(灌漿期第1和10天)未成熟籽粒進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。結(jié)果表明:1.三種酶活性均呈現(xiàn)低—高—低的變化趨勢,其中GBSSI、SSS和SBE活性在灌漿第5天、10天和3天分別達(dá)到最大。2.Unigene注釋到eggNOG和KEGG數(shù)據(jù)庫的同源比對信息分別為73752和37785條,其中eggNOG依其功能約分為24類,KEGG依其功能注釋到有機(jī)系統(tǒng)、新陳代謝、遺傳信息處理、環(huán)境信息處理和細(xì)胞進(jìn)程的Unigene序列依次分別為2457、20382、10214、2259和2473個。GO功能分類將345137條Unigene分到生物過程、細(xì)胞組分和分子功能三大本體,分別含25、15和10個GO子類別。3.GBSSI活性最高和最低時,糯谷差異基因數(shù)量較少,上調(diào)較下調(diào)表達(dá)基因多431個;粳谷差異基因數(shù)量較多,上調(diào)較下調(diào)表達(dá)基因多97個。說明糯谷籽粒形成過程中差異基因個數(shù)變化不大,且上調(diào)基因為主導(dǎo)因素,粳谷籽粒形成過程中差異基因個數(shù)變化較大。4.灌漿前期糯谷差異表達(dá)基因GO富集最大的是種子油體生物發(fā)生功能,粳谷是光合作用、光系統(tǒng)中的光捕獲I和色素結(jié)合功能;灌漿前期粳糯谷GO富集程度最大的是芳香族化合物生物合成。5.粳糯谷差異表達(dá)基因KEGG富集在植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑變化均較明顯;粳谷在植物-病原體相互作用途徑變化顯著,但糯谷不顯著。6.篩選出表達(dá)量(TPM值)較高且差異較大的差異基因10個。比較組A2-VS-A1中,差異基因SSII-3和PHO1在A2中為下調(diào)表達(dá),在A1中為上調(diào)表達(dá);差異基因AS在A2中為上調(diào)表達(dá),在A1中為下調(diào)表達(dá)。比較組B2-VS-B1中,差異基因PHO1-1、AGP16和WAXY在B2中為下調(diào)表達(dá),在B1中為上調(diào)表達(dá);差異基因AS在B2中為上調(diào)表達(dá),在B1中為下調(diào)表達(dá)。比較組B1-VS-A1中,差異基因GT7在B1中為上調(diào)表達(dá),在A1中為下調(diào)表達(dá);差異基因CESA1在B1中為上調(diào)表達(dá),在A1中為下調(diào)表達(dá)。在比較組B2-VS-A2中,差異基因CESA7在B2中為下調(diào)表達(dá),在B1中為上調(diào)表達(dá)。7.以Actin(Si001873)為內(nèi)參基因,將10個粳糯相關(guān)的差異基因進(jìn)行qRT-PCR驗證,與轉(zhuǎn)錄組結(jié)果相吻合,證明所挑選出的10個差異基因確實與谷子粳糯性相關(guān)。
【圖文】:

粳糯谷子籽粒灌漿期轉(zhuǎn)錄組測序和差異表達(dá)基因分析


圖1邋顆粒結(jié)合型淀粉合成酶(GBSSI)活性動態(tài)變化逡逑Figure.邋1邋Dynamic邋changes邋of邋particle-bound邋starch邋synthase邋(GBSSI)邋activity逡逑

粳糯谷子籽粒灌漿期轉(zhuǎn)錄組測序和差異表達(dá)基因分析


圖2邋可溶性淀粉合成酶(SSS)活性動態(tài)變化逡逑Figure.2邋Dynamic邋changes邋of邋soluble邋starch邋synthase邋(SSS)邋activity逡逑
【學(xué)位授予單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號】:R515;Q78

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號:2624242

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