發(fā)布時(shí)間：2024-03-04 00:23

　　采用Illumina Hiseq^TM分別對黏蟲取食的玉米葉片及對照組材料進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,鑒定和分析響應(yīng)黏蟲取食基因的可變剪接事件。結(jié)果表明,對照組中鑒定出15 701個(gè)基因?qū)?yīng)79 363個(gè)可變剪接事件,黏蟲取食組中鑒定到11 791個(gè)基因的39 385個(gè)可變剪接事件。2組玉米基因組在不同的可變剪接類型中,均是以第1個(gè)外顯子可變剪切、最后1個(gè)外顯子可變剪切、單內(nèi)含子滯留和可變5′或3′端剪切4種類型為主。對2組發(fā)生可變剪接事件的基因進(jìn)行比對發(fā)現(xiàn),黏蟲處理組新增加了1 121個(gè)可變剪接基因,差異表達(dá)分析鑒定出177個(gè)表達(dá)顯著差異的可變剪接基因。GO功能富集分析表明,發(fā)生可變剪接的差異基因主要富集于氧化還原酶活性、轉(zhuǎn)移酶活性、DNA結(jié)合、ATP結(jié)合、代謝過程、以DNA為模板的轉(zhuǎn)錄及調(diào)控相關(guān)的功能,表明這些可變剪接差異表達(dá)基因參與了玉米的抗蟲響應(yīng)過程。

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【部分圖文】：

圖1可變剪接事件的分類

使用HISAT2將質(zhì)控后的測序序列與參考基因組進(jìn)行比對,再運(yùn)用Cufflinks軟件[24-25]預(yù)測基因模型,使用ASprofile分析[26],并根據(jù)每個(gè)樣本預(yù)測出來的基因模型,對可變剪切事件進(jìn)行分類。ASprofile分析存在12種可變剪接事件類型(圖1),即單外顯子跳....

圖2RNA凝膠電泳

在不同的可變剪接事件類型中,M0以TSS,TTS,IR,AE4種類型為主,數(shù)量分別為21148,18805,10252,8283,占所有可變剪接事件的26.65%,23.69%,12.92%,10.44%,其他的8種類型占比為1.2%～5.7%。在經(jīng)黏蟲取食后,M12....

圖3M0與M12中各類型可變剪接事件所占比例

表1M0與M12基因組中鑒定的可變剪接事件Table1AlternativesplicingeventsidentifiedinM0andM12個(gè)組別AEIRMIRMSKIPSKIPTSSTTSXAEXIRXMIRXMSKIPXSKI....

圖4M0和M12共有和特有發(fā)生可變剪接基因數(shù)量

2.4可變剪接基因GO注釋及功能富集分析圖5差異基因的聚類熱圖

本文編號(hào)：3918591