AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族在植物應(yīng)對(duì)逆境脅迫時(shí)發(fā)揮重要作用,為進(jìn)一步了解大豆胞囊線蟲病3號(hào)生理小種抗性相關(guān)AP2/EREBP家族轉(zhuǎn)錄因子生物學(xué)功能,研究利用"東農(nóng)L-10"轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果,篩選得到14個(gè)與抗性相關(guān)AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子序列,并對(duì)其開展在線生物信息學(xué)預(yù)測(cè)和分析。結(jié)果表明,14個(gè)轉(zhuǎn)錄因子多數(shù)為酸性等電點(diǎn),均屬于親水性蛋白;通過與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子作多序列比對(duì)和系譜進(jìn)化樹分析可知,AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子根據(jù)其保守結(jié)構(gòu)域特點(diǎn)分為AP2、ERF和DREB等3個(gè)亞族,且可分為B3、B5、A2和A5亞類。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果顯示AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮重要作用的位置依次為細(xì)胞核、線粒體、葉綠體;蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)中氨基酸序列以無規(guī)則卷曲為主要組成,α-螺旋次之,β-折疊和β-轉(zhuǎn)角則散布于蛋白質(zhì)序列中,同一亞族蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)之間無明顯差異,而不同亞族之間差異顯著,表明大豆胞囊線蟲病相關(guān)AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子在遺傳進(jìn)化過程中高度保守,其結(jié)構(gòu)和功能可能具有相似性。

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【部分圖文】：

圖3AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

2.6.2蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)在3個(gè)亞家族中選取代表性序列，利用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)，AP2、ERF和DREB分別以AP2-3、ERF-1和DREB-1為代表，與擬南芥蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)模型比對(duì)，AP2亞族有兩個(gè)相同AP2結(jié)構(gòu)域，而ERF和DREB亞族含1個(gè)A....

圖4AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

在3個(gè)亞家族中選取代表性序列，利用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)，AP2、ERF和DREB分別以AP2-3、ERF-1和DREB-1為代表，與擬南芥蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)模型比對(duì)，AP2亞族有兩個(gè)相同AP2結(jié)構(gòu)域，而ERF和DREB亞族含1個(gè)AP2結(jié)構(gòu)域。結(jié)果表明，大豆胞囊....

圖1大豆胞囊線蟲與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構(gòu)域比對(duì)

通過在線軟件MEGA5.05和GeneDoc對(duì)大豆胞囊線蟲14個(gè)AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子和擬南芥結(jié)構(gòu)域作序列比對(duì)。結(jié)果表明，兩者存在差異，但以YRG元件、RAYD元件、WLG基序?yàn)楹诵牡谋Ｊ亟Y(jié)構(gòu)域保守性高（見圖1）。序列ERF-2和DREB-1含有FIG元件，序列ERF-8和....

圖2大豆胞囊線蟲與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子系統(tǒng)發(fā)生樹

2.6蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)2.6.1蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

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