AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族在植物應對逆境脅迫時發(fā)揮重要作用,為進一步了解大豆胞囊線蟲病3號生理小種抗性相關AP2/EREBP家族轉(zhuǎn)錄因子生物學功能,研究利用"東農(nóng)L-10"轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,篩選得到14個與抗性相關AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子序列,并對其開展在線生物信息學預測和分析。結(jié)果表明,14個轉(zhuǎn)錄因子多數(shù)為酸性等電點,均屬于親水性蛋白;通過與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子作多序列比對和系譜進化樹分析可知,AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子根據(jù)其保守結(jié)構域特點分為AP2、ERF和DREB等3個亞族,且可分為B3、B5、A2和A5亞類。亞細胞定位預測結(jié)果顯示AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮重要作用的位置依次為細胞核、線粒體、葉綠體;蛋白質(zhì)二級結(jié)構中氨基酸序列以無規(guī)則卷曲為主要組成,α-螺旋次之,β-折疊和β-轉(zhuǎn)角則散布于蛋白質(zhì)序列中,同一亞族蛋白質(zhì)三級結(jié)構之間無明顯差異,而不同亞族之間差異顯著,表明大豆胞囊線蟲病相關AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子在遺傳進化過程中高度保守,其結(jié)構和功能可能具有相似性。

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

圖3AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白質(zhì)二級結(jié)構預測

2.6.2蛋白質(zhì)三級結(jié)構預測在3個亞家族中選取代表性序列，利用SWISS-MODEL預測蛋白質(zhì)三級結(jié)構，AP2、ERF和DREB分別以AP2-3、ERF-1和DREB-1為代表，與擬南芥蛋白質(zhì)三級結(jié)構預測模型比對，AP2亞族有兩個相同AP2結(jié)構域，而ERF和DREB亞族含1個A....

圖4AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子家族蛋白質(zhì)三級結(jié)構預測

在3個亞家族中選取代表性序列，利用SWISS-MODEL預測蛋白質(zhì)三級結(jié)構，AP2、ERF和DREB分別以AP2-3、ERF-1和DREB-1為代表，與擬南芥蛋白質(zhì)三級結(jié)構預測模型比對，AP2亞族有兩個相同AP2結(jié)構域，而ERF和DREB亞族含1個AP2結(jié)構域。結(jié)果表明，大豆胞囊....

圖1大豆胞囊線蟲與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構域比對

通過在線軟件MEGA5.05和GeneDoc對大豆胞囊線蟲14個AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子和擬南芥結(jié)構域作序列比對。結(jié)果表明，兩者存在差異，但以YRG元件、RAYD元件、WLG基序為核心的保守結(jié)構域保守性高（見圖1）。序列ERF-2和DREB-1含有FIG元件，序列ERF-8和....

圖2大豆胞囊線蟲與擬南芥AP2/EREBP轉(zhuǎn)錄因子系統(tǒng)發(fā)生樹

2.6蛋白質(zhì)結(jié)構預測2.6.1蛋白質(zhì)二級結(jié)構預測

本文編號：3890998