野生東北虎(Panthera tigris altaica)、東北豹(Panthera pardus orientalis)是我國(guó)珍貴瀕危保護(hù)動(dòng)物,寄生蟲病是危害野生動(dòng)物健康的常見(jiàn)疾病。本研究首先利用顯微鏡觀察法對(duì)寄生蟲蟲卵的形態(tài)進(jìn)行初步觀察與鑒定,其次采用傳統(tǒng)PCR方法擴(kuò)增貓弓首蛔蟲、獅弓蛔蟲的ITS-1、5.8S部分基因序列及貓類圓線蟲的18S部分基因序列,并進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析。本研究同時(shí)利用宏基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)野生東北虎、東北豹及圈養(yǎng)東北虎在不同寄生蟲感染強(qiáng)度下的腸道微生物進(jìn)行測(cè)定,進(jìn)而比較區(qū)系特征。本試驗(yàn)結(jié)果表明,野生東北虎感染8種寄生蟲,東北豹感染7種寄生蟲。分子進(jìn)化樹(shù)的結(jié)果表明在貓科動(dòng)物中,野生東北虎源貓弓首蛔蟲與家貓?jiān)簇埞谆紫x親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。獅弓蛔蟲,本試驗(yàn)擴(kuò)增出的序列與已知其他虎源的序列聚為一枝,說(shuō)明虎源獅弓蛔蟲間的親緣關(guān)系較近。貓類圓線蟲的進(jìn)化樹(shù)表明野生東北虎源的貓類圓線蟲與貉源貓類圓線蟲親緣關(guān)系最近。此外,野生東北虎糞便中寄生蟲感染份數(shù)及感染率最大的是貓弓首蛔蟲(51/68,75%),其次是鞭蟲(16/68,23.5%);野生東北豹糞便中感染份數(shù)最大的寄生蟲是貓...

【文章頁(yè)數(shù)】：58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 引言
    1.2 寄生蟲病的簡(jiǎn)介
        1.2.1 線蟲的特點(diǎn)
        1.2.2 絳蟲的特點(diǎn)
        1.2.3 吸蟲的特點(diǎn)
        1.2.4 原蟲的特點(diǎn)
    1.3 腸道微生物與寄生蟲相互關(guān)系的簡(jiǎn)介
        1.3.1 分子測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.3.2 腸道微生物與寄生蟲關(guān)系的研究
    1.4 研究目的與意義
2 野生東北虎、東北豹糞便寄生蟲的研究
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 試驗(yàn)試劑
        2.1.2 主要儀器
        2.1.3 試驗(yàn)樣品
    2.2 寄生蟲形態(tài)學(xué)及分子鑒定試驗(yàn)方法
        2.2.1 蟲卵的形態(tài)學(xué)觀察
        2.2.2 蟲卵核酸的提取
        2.2.3 PCR反應(yīng)及條件
        2.2.4 膠回收
        2.2.5 感受態(tài)細(xì)胞的制備
        2.2.6 18S、ITS-1和5.8S基因與pMD-18T載體的連接
        2.2.7 連接產(chǎn)物的轉(zhuǎn)化
    2.3 試驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 野生東北虎、東北豹腸道寄生蟲蟲卵種類統(tǒng)計(jì)與形態(tài)學(xué)觀察
        2.3.2 野生東北虎糞便中寄生蟲PCR反應(yīng)結(jié)果
        2.3.3 野生東北虎糞便中寄生蟲的測(cè)序結(jié)果
        2.3.4 基于部分18S、ITS-1及5.8S序列的同源性比較及進(jìn)化分析
        2.3.5 野生東北虎、東北豹腸道寄生蟲蟲卵的平均感染強(qiáng)度及感染率
        2.3.6 討論
3 野生東北虎、豹腸道寄生蟲與腸道微生物區(qū)系特征研究
    3.1 試驗(yàn)材料
    3.2 腸道微生物樣品的預(yù)處理
        3.2.1 核酸的提取
        3.2.2 PCR擴(kuò)增
        3.2.3 DNA純化回收
        3.2.4 定量混合
    3.3 數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)和分析方法
        3.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理
        3.3.2 數(shù)據(jù)優(yōu)化統(tǒng)計(jì)
        3.3.3 去除嵌合體及靶區(qū)域外序列
        3.3.4 操作分類單元(OTU)分類
        3.3.5 賦予物種分類單元
        3.3.6 主成分分析PCA
        3.3.7 非度量多維尺度分析NMDS
        3.3.8 Uni Frac分析
        3.3.9 基于Uni Frac的heatmap圖
        3.3.10 相似性分析 (Anosim)
    3.4 試驗(yàn)結(jié)果
        3.4.1 測(cè)序基本數(shù)據(jù)分析
        3.4.2 OTU豐度等基本信息分析
        3.4.3 Alpha多樣性分析
        3.4.4 細(xì)菌組成分析
            3.4.4.1 細(xì)菌門（Phylum）的組成與豐富度
            3.4.4.2 細(xì)菌門分類下綱（Class）的組成及豐富度
            3.4.4.3 細(xì)菌門分類下目（Order）的組成及豐富度
            3.4.4.4 細(xì)菌門分類下科（Family）的組成及豐富度
            3.4.4.5 細(xì)菌門分類下屬（Genus）的組成及豐富度
        3.4.5 Beta多樣性分析
            3.4.5.1 主成分分析（PCA）
            3.4.5.2 非度量多維尺度分析（NMDS）
            3.4.5.3 基于UniFrac分析樣品距離矩陣及距離熱圖
        3.4.6 討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3867338