CO2是植物進行光合作用必不可少的底物,目前大氣CO2濃度逐漸升高,必定會對植物的生長產(chǎn)生影響,而對植物病害發(fā)生的影響研究甚少。因此,為明確高濃度CO2對病害發(fā)生程度以及對植物與病原物互作的影響,本研究以番茄為供試材料,調(diào)查了普通環(huán)境和高濃度CO2環(huán)境下病害的發(fā)生情況,在此基礎(chǔ)上對發(fā)生嚴重的病害進行了轉(zhuǎn)錄組分析,結(jié)果如下:1、CO2濃度升高不僅會加強植株的生長,而且對番茄葉霉病、番茄灰霉病、番茄早疫病、番茄花葉病毒病的發(fā)病率及病情指數(shù)都有所改善,而對番茄枯萎病的發(fā)病情況無明顯變化。并且在相同的生長環(huán)境中,番茄花葉病毒病較其他病害發(fā)生較重。2、進行了普通環(huán)境下正常植株(Cl、C2、C3)、普通環(huán)境下接種TMV植株(T1、T2、T3)高濃度CO2環(huán)境下正常植株(CC1、CC2、CC3)高濃度C02環(huán)境下接種TMV植株(TC1、TC2、TC3)12個樣品的轉(zhuǎn)錄組測序分析,共獲得84.92Gb Clean Data,各樣品Clean Data均達到6.73Gb,Q30堿基百分比在91.37%及以上。分別將各樣品的Clean Reads與指定的參考基因組進行序列比對,比對效率從85.79%到94...

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 高濃度CO₂對植物的影響
        1.2.1 高濃度CO₂對植物生長的影響
        1.2.2 高濃度CO₂對植物光合作用的影響
        1.2.3 CO₂濃度升高對植物呼吸作用的影響
    1.3 高濃度CO₂對植物與病原物互作的影響
        1.3.1 高濃度CO₂對植物病原物的影響
        1.3.2 植物的抗病機制
        1.3.3 病原菌的致病機制
        1.3.4 植物與病原物互作
    1.4 轉(zhuǎn)錄組高通量測序技術(shù)研究進展
        1.4.1 轉(zhuǎn)錄組測序概況
        1.4.2 測序分析
            1.4.2.1 基因表達分析
            1.4.2.2 單核苷酸多態(tài)性
            1.4.2.3 差異表達基因
            1.4.2.4 差異表達基因GO分類
            1.4.2.5 差異表達基因KEGG注釋
        1.4.3 轉(zhuǎn)錄組測序在植物與病原互作中的應用
    1.5 研究目的與意義
    1.6 本研究的技術(shù)路線
第二章 高濃度CO₂環(huán)境條件下番茄病害調(diào)查
    2.1 供試材料
        2.1.1 供試植株和處理設(shè)計
        2.1.2 供試病原物
    2.2 試驗方法
        2.2.1 病原菌接種
            2.2.1.1 TMV接種
            2.2.1.2 番茄葉部病害接種
            2.2.1.3 番茄根部病害接種
        2.2.2 病害調(diào)查方法
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 普通環(huán)境和高濃度CO₂環(huán)境下植株表觀變化
        2.3.2 普通環(huán)境和高濃度CO₂環(huán)境下病害調(diào)查
    2.4 結(jié)論與討論
        2.4.1 結(jié)論
        2.4.2 討論
第三章 高濃度CO₂對番茄響應TMV影響的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.1 供試材料
        3.1.1 供試植株
        3.1.2 供試毒源
        3.1.3 試驗所用軟件及數(shù)據(jù)庫
    3.2 試驗方法
        3.2.1 實驗流程
            3.2.1.1 樣品的準備
            3.2.1.2 RNA檢測
            3.2.1.3 鏈特異性文庫構(gòu)建
            3.2.1.4 上機測序
        3.2.2 數(shù)據(jù)分析流程
            3.2.2.1 測序數(shù)據(jù)過濾
            3.2.2.2 與參考基因組比對
            3.2.2.3 測序文庫整體質(zhì)量評估
            3.2.2.4 新轉(zhuǎn)錄本預測及功能注釋
            3.2.2.5 SNP和Indel分析
            3.2.2.6 基因表達定量
            3.2.2.7 基因差異表達分析
            3.2.2.8 差異表達基因KEGG注釋
            3.2.2.9 差異表達基因蛋白互作網(wǎng)絡
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 樣品總RNA提取質(zhì)量分析
        3.3.2 原始序列數(shù)據(jù)
        3.3.3 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
        3.3.4 與參考基因組比對結(jié)果
        3.3.5 基因結(jié)構(gòu)分析
            3.3.5.1 可變剪接分析
            3.3.5.2 SNP、Indel分析
        3.3.6 基因表達分析
            3.3.6.1 基因表達定量
            3.3.6.2 樣品基因表達量總體分布
        3.3.7 基因差異表達分析
            3.3.7.1 差異表達基因篩選
            3.3.7.2 差異表達基因數(shù)目統(tǒng)計
            3.3.7.3 差異表達基因聚類分析
        3.3.8 差異表達基因功能注釋及富集分析
            3.3.8.1 差異表達基因KEGG注釋及富集分析
            3.3.8.2 差異表達基因GO注釋及富集分析
    3.4 結(jié)論與討論
        3.4.1 結(jié)論
        3.4.2 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻
Abstract
致謝



本文編號：3838275