CO2是植物進(jìn)行光合作用必不可少的底物,目前大氣CO2濃度逐漸升高,必定會(huì)對(duì)植物的生長(zhǎng)產(chǎn)生影響,而對(duì)植物病害發(fā)生的影響研究甚少。因此,為明確高濃度CO2對(duì)病害發(fā)生程度以及對(duì)植物與病原物互作的影響,本研究以番茄為供試材料,調(diào)查了普通環(huán)境和高濃度CO2環(huán)境下病害的發(fā)生情況,在此基礎(chǔ)上對(duì)發(fā)生嚴(yán)重的病害進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析,結(jié)果如下:1、CO2濃度升高不僅會(huì)加強(qiáng)植株的生長(zhǎng),而且對(duì)番茄葉霉病、番茄灰霉病、番茄早疫病、番茄花葉病毒病的發(fā)病率及病情指數(shù)都有所改善,而對(duì)番茄枯萎病的發(fā)病情況無(wú)明顯變化。并且在相同的生長(zhǎng)環(huán)境中,番茄花葉病毒病較其他病害發(fā)生較重。2、進(jìn)行了普通環(huán)境下正常植株(Cl、C2、C3)、普通環(huán)境下接種TMV植株(T1、T2、T3)高濃度CO2環(huán)境下正常植株(CC1、CC2、CC3)高濃度C02環(huán)境下接種TMV植株(TC1、TC2、TC3)12個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,共獲得84.92Gb Clean Data,各樣品Clean Data均達(dá)到6.73Gb,Q30堿基百分比在91.37%及以上。分別將各樣品的Clean Reads與指定的參考基因組進(jìn)行序列比對(duì),比對(duì)效率從85.79%到94...

【文章頁(yè)數(shù)】：62 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 高濃度CO₂對(duì)植物的影響
        1.2.1 高濃度CO₂對(duì)植物生長(zhǎng)的影響
        1.2.2 高濃度CO₂對(duì)植物光合作用的影響
        1.2.3 CO₂濃度升高對(duì)植物呼吸作用的影響
    1.3 高濃度CO₂對(duì)植物與病原物互作的影響
        1.3.1 高濃度CO₂對(duì)植物病原物的影響
        1.3.2 植物的抗病機(jī)制
        1.3.3 病原菌的致病機(jī)制
        1.3.4 植物與病原物互作
    1.4 轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)展
        1.4.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序概況
        1.4.2 測(cè)序分析
            1.4.2.1 基因表達(dá)分析
            1.4.2.2 單核苷酸多態(tài)性
            1.4.2.3 差異表達(dá)基因
            1.4.2.4 差異表達(dá)基因GO分類
            1.4.2.5 差異表達(dá)基因KEGG注釋
        1.4.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在植物與病原互作中的應(yīng)用
    1.5 研究目的與意義
    1.6 本研究的技術(shù)路線
第二章 高濃度CO₂環(huán)境條件下番茄病害調(diào)查
    2.1 供試材料
        2.1.1 供試植株和處理設(shè)計(jì)
        2.1.2 供試病原物
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 病原菌接種
            2.2.1.1 TMV接種
            2.2.1.2 番茄葉部病害接種
            2.2.1.3 番茄根部病害接種
        2.2.2 病害調(diào)查方法
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 普通環(huán)境和高濃度CO₂環(huán)境下植株表觀變化
        2.3.2 普通環(huán)境和高濃度CO₂環(huán)境下病害調(diào)查
    2.4 結(jié)論與討論
        2.4.1 結(jié)論
        2.4.2 討論
第三章 高濃度CO₂對(duì)番茄響應(yīng)TMV影響的轉(zhuǎn)錄組分析
    3.1 供試材料
        3.1.1 供試植株
        3.1.2 供試毒源
        3.1.3 試驗(yàn)所用軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)
    3.2 試驗(yàn)方法
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)流程
            3.2.1.1 樣品的準(zhǔn)備
            3.2.1.2 RNA檢測(cè)
            3.2.1.3 鏈特異性文庫(kù)構(gòu)建
            3.2.1.4 上機(jī)測(cè)序
        3.2.2 數(shù)據(jù)分析流程
            3.2.2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)過濾
            3.2.2.2 與參考基因組比對(duì)
            3.2.2.3 測(cè)序文庫(kù)整體質(zhì)量評(píng)估
            3.2.2.4 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)及功能注釋
            3.2.2.5 SNP和Indel分析
            3.2.2.6 基因表達(dá)定量
            3.2.2.7 基因差異表達(dá)分析
            3.2.2.8 差異表達(dá)基因KEGG注釋
            3.2.2.9 差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 樣品總RNA提取質(zhì)量分析
        3.3.2 原始序列數(shù)據(jù)
        3.3.3 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
        3.3.4 與參考基因組比對(duì)結(jié)果
        3.3.5 基因結(jié)構(gòu)分析
            3.3.5.1 可變剪接分析
            3.3.5.2 SNP、Indel分析
        3.3.6 基因表達(dá)分析
            3.3.6.1 基因表達(dá)定量
            3.3.6.2 樣品基因表達(dá)量總體分布
        3.3.7 基因差異表達(dá)分析
            3.3.7.1 差異表達(dá)基因篩選
            3.3.7.2 差異表達(dá)基因數(shù)目統(tǒng)計(jì)
            3.3.7.3 差異表達(dá)基因聚類分析
        3.3.8 差異表達(dá)基因功能注釋及富集分析
            3.3.8.1 差異表達(dá)基因KEGG注釋及富集分析
            3.3.8.2 差異表達(dá)基因GO注釋及富集分析
    3.4 結(jié)論與討論
        3.4.1 結(jié)論
        3.4.2 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
Abstract
致謝



本文編號(hào)：3838275