小麥與小麥孢囊線蟲互作早期的轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時間:2023-05-19 05:16
小麥孢囊線蟲Heterodera avenae會被小麥根所吸引然后開始侵染小麥,但是這個階段小麥和線蟲間的互作過程尚有很多是未知的。本研究通過mRNA轉(zhuǎn)錄組測序的方法分析了吸引階段小麥和H avenae的轉(zhuǎn)錄應(yīng)答反應(yīng);采用qPCR的方法對篩選的差異表達(dá)基因進(jìn)行了表達(dá)量變化趨勢的驗證;通過煙草(Nicotiana benthamiana 瞬時表達(dá)系統(tǒng),對H.avenae 差異基因中的預(yù)測效應(yīng)因子基因進(jìn)行了植物防御抑制性檢驗。與它們各自的活動性一致,不移動的寄主小麥根有93個差異表達(dá)基因(27個上調(diào),66個下調(diào)),而活動的植物寄生線蟲H.avenae反應(yīng)比較活躍,共有879個差異表達(dá)基因(867個上調(diào),12個下調(diào))。其中,相當(dāng)數(shù)量的小麥差異表達(dá)基因(大部分是下調(diào)基因)參與生物脅迫通路,而線蟲的差異基因中有若干個預(yù)測效應(yīng)因子基因上調(diào)表達(dá)。其中的一個預(yù)測的類幾丁質(zhì)酶效應(yīng)因子基因可以抑制BAX激發(fā)的煙草葉片細(xì)胞的程序性壞死。這些實驗結(jié)果表明在線蟲寄生的吸引階段,H.avenae比小麥反應(yīng)更活躍。線蟲的應(yīng)答反應(yīng)主要涉及基因的上調(diào)表達(dá),其中包括至少一個抑制植物防御的預(yù)測效應(yīng)因子基因(類幾丁質(zhì)酶基因)...
【文章頁數(shù)】:70 頁
【學(xué)位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 小麥孢囊線蟲病概述
1.1.1 小麥孢囊線蟲病的分布和危害
1.1.2 小麥孢囊線蟲的生活習(xí)性
1.1.3 小麥孢囊線蟲的防治概況
1.2 吸引階段線蟲-寄主的互作研究
1.3 轉(zhuǎn)錄組測序在H.avenae研究中的應(yīng)用
1.4 植物寄生線蟲效應(yīng)因子對寄主防御反應(yīng)的影響
1.4.1 植物寄生線蟲效應(yīng)因子概述
1.4.2 植物寄生線蟲效應(yīng)因子對寄主防御反應(yīng)的影響
1.5 煙草BT-PCD的抑制篩選體系在效應(yīng)因子功能研究中的應(yīng)用
1.6 本研究的目的與意義
第二章 材料與方法
2.1 試驗材料及試劑
2.2 試驗方法
2.2.0 小麥根尖對線蟲的吸引
2.2.1 植物組織內(nèi)線蟲染色
2.2.2 總RNA提取及檢測
2.2.3 RNA文庫構(gòu)建、質(zhì)控及上機(jī)測序
2.2.4 生物信息學(xué)分析
2.2.5 差異表達(dá)基因驗證
2.2.6 線蟲效應(yīng)因子預(yù)測
2.2.7 BT-PCD的抑制性檢測
第三章 結(jié)果與討論
3.1 小麥根對線蟲的吸引
3.2 小麥根組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
3.2.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3.2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與參考基因組序列比對
3.2.3 小麥差異表達(dá)基因分析
3.3 線蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
3.3.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3.3.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)組裝
3.3.3 測序數(shù)據(jù)與組裝結(jié)果的比對統(tǒng)計
3.3.4 Havenae差異表達(dá)基因分析
3.4 討論
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡歷
本文編號:3819726
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【學(xué)位級別】:博士
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摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 小麥孢囊線蟲病概述
1.1.1 小麥孢囊線蟲病的分布和危害
1.1.2 小麥孢囊線蟲的生活習(xí)性
1.1.3 小麥孢囊線蟲的防治概況
1.2 吸引階段線蟲-寄主的互作研究
1.3 轉(zhuǎn)錄組測序在H.avenae研究中的應(yīng)用
1.4 植物寄生線蟲效應(yīng)因子對寄主防御反應(yīng)的影響
1.4.1 植物寄生線蟲效應(yīng)因子概述
1.4.2 植物寄生線蟲效應(yīng)因子對寄主防御反應(yīng)的影響
1.5 煙草BT-PCD的抑制篩選體系在效應(yīng)因子功能研究中的應(yīng)用
1.6 本研究的目的與意義
第二章 材料與方法
2.1 試驗材料及試劑
2.2 試驗方法
2.2.0 小麥根尖對線蟲的吸引
2.2.1 植物組織內(nèi)線蟲染色
2.2.2 總RNA提取及檢測
2.2.3 RNA文庫構(gòu)建、質(zhì)控及上機(jī)測序
2.2.4 生物信息學(xué)分析
2.2.5 差異表達(dá)基因驗證
2.2.6 線蟲效應(yīng)因子預(yù)測
2.2.7 BT-PCD的抑制性檢測
第三章 結(jié)果與討論
3.1 小麥根對線蟲的吸引
3.2 小麥根組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
3.2.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3.2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與參考基因組序列比對
3.2.3 小麥差異表達(dá)基因分析
3.3 線蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
3.3.1 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3.3.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)組裝
3.3.3 測序數(shù)據(jù)與組裝結(jié)果的比對統(tǒng)計
3.3.4 Havenae差異表達(dá)基因分析
3.4 討論
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